江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金(2009HS12)
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 相关作者：徐启华申欣耿帅李晓阎斌伦更多>>
- 相关机构：淮海工学院中国矿业大学中国科学院更多>>
- 发文基金：江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术天文地球更多>>
- 日本鼓虾线粒体基因组:真虾下目内部的基因重排与系统发育被引量：2
- 2012年
- 在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上,结合现有线粒体基因组数据,全面揭示了真虾类线粒体基因组的基本特征.日本鼓虾线粒体基因组全长16487bp,包含37个基因,与后生动物线粒体基因组的标准基因组成一致.4个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾Macrobrachium lanchesteri和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列完全相同,过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象.然而,鼓虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnE)的易位和反转,这种基因排列方式在其他甲壳动物线粒体基因组中未见报道.同时,脊尾白虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnP或trnT)的易位.分别统计了2种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾M.lanchesteri)13个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(Ka/Ks),发现鼓虾和沼虾所有线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks均小于1,显示出强烈的纯化选择.基于线粒体基因组的系统发育分析结果,强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群,并且其在科级的亲缘关系为:(长臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100,BPP=100).
- 申欣李晓沙忠利阎斌伦徐启华
- 关键词：十足目线粒体基因组基因排列系统发育
- 基于SVM的甲壳动物线粒体基因分析方法
- 2015年
- 甲壳动物线粒体基因组蕴涵了物种进化历程中重要的遗传信息,如何有效地利用这些保留在基因组中的基因序列和基因顺序信息,是甲壳动物线粒体基因组研究的一个重点方向。为了进一步探讨甲壳动物稳定、可靠的系统发育关系,本文利用支持向量机的分类功能实现了甲壳动物线粒体基因组基因区与基因间区、编码区与非编码区的准确分类和预测,同时为了提高分类学习机的泛化能力,使用了交叉验证方法和粒子群算法优化选取支持向量机相关训练参数。通过MATLAB仿真分析的方法,对10种甲壳动物线粒体基因组序列的基因区和基因间区进行分类,以及对5种甲壳动物进行线粒体基因组序列中编码区和非编码区的分类,获得了较好的分类准确率。仿真结果表明本文方法是可行的和有效的,能够出色地应用于甲壳动物线粒体基因组序列的研究分析。
- 徐启华耿帅肖晓申欣
- 关键词：甲壳动物线粒体基因分析粒子群算法
- 基于Matlab的甲壳动物线粒体DNA的点突变检测方法被引量：1
- 2012年
- 近年来对基因突变检测的研究越来越受到人们的重视,很多基因突变仅是由于单碱基替换所致,如何快速简便地进行检测、发现该点突变具有重要意义。甲壳动物的线粒体基因组蕴含了物种进化历程中重要的遗传信息,针对甲壳动物线粒体基因序列,提出一种基于Matlab的检测基因序列点突变的简单方法。仿真实验证明,该方法对甲壳动物线粒体基因序列的突变检测和突变基因位置的定位是有效可行的。
- 耿帅韩磊孟娇
- 关键词：MATLABGUI基因序列点突变
