江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金(2009HS13)
- 作品数：19 被引量：44H指数：5
- 相关作者：申欣孟学平程汉良田美阎斌伦更多>>
- 相关机构：淮海工学院中国科学院南京农业大学更多>>
- 发文基金：江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学天文地球更多>>
- 文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨被引量：2
- 2011年
- 线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物，在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列，全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因，文昌鱼线粒体基因组共有3种基因排列方式，其中文昌鱼属和侧殖丈昌鱼属共有的基因排列与脊椎动物线粒体基因组的典型排列相比最为接近。因此，文昌鱼属和侧殖文昌鱼属线粒体基因组的基因排列方式代表了文昌鱼原始的基因排列方式。与此相比，偏文昌鱼属的3个物种发生了基因重排。文昌鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因的Ka／Ks值均远远低于1（0～0．3363），显示出较强的纯化（负）选择。文昌鱼线粒体基因组种问和种内基因变异分析表明，在文昌鱼群体遗传的研究中，nad5、nad4和nad2基因是理想的分子标记，可以作为coxl基因辅助的分子标记，用于分析丈昌鱼不同群体之间的遗传多样性，为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多基础资料。
- 申欣田美孟学平程汉良
- 关键词：线粒体基因组分子标记
- 鲸类线粒体基因组特征分析及分子标记探讨被引量：2
- 2011年
- 综合分析鲸类32个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示了鲸类线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。鲸类线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。绝大多数鲸类线粒体基因组的基因排列顺序完全相同,而且与脊椎动物线粒体基因组的典型排列一致。4个类群(真露脊鲸属、须鲸属、原海豚属和宽吻海豚属)线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值介于0和0.587 7之间,均低于1,显示为纯化(负)选择。其中,cox3基因的Ka/Ks均值最低,其次为cox1,cox2和cob基因,说明这些基因承受较强的选择压力和功能束缚;而nad6基因的Ka/Ks均值最高,其次为atp8,nad2和atp6基因,说明这些基因的选择压力较弱。从32种鲸类物种间和属内(真露脊鲸属、须鲸属、原海豚属和宽吻海豚属)线粒体基因组主编码基因(13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因)和D-loop区的变异位点分析显示,在鲸类群体遗传的研究中,nad5,nad4和nad2基因是理想的分子标记,可以作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析鲸类不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及其生物资源的合理利用提供参考。
- 田美申欣孟学平程汉良
- 关键词：鲸目线粒体基因组分子标记
- 日本鼓虾线粒体基因组:真虾下目内部的基因重排与系统发育被引量：2
- 2012年
- 在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上,结合现有线粒体基因组数据,全面揭示了真虾类线粒体基因组的基本特征.日本鼓虾线粒体基因组全长16487bp,包含37个基因,与后生动物线粒体基因组的标准基因组成一致.4个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾Macrobrachium lanchesteri和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列完全相同,过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象.然而,鼓虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnE)的易位和反转,这种基因排列方式在其他甲壳动物线粒体基因组中未见报道.同时,脊尾白虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnP或trnT)的易位.分别统计了2种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾M.lanchesteri)13个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(Ka/Ks),发现鼓虾和沼虾所有线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks均小于1,显示出强烈的纯化选择.基于线粒体基因组的系统发育分析结果,强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群,并且其在科级的亲缘关系为:(长臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100,BPP=100).
- 申欣李晓沙忠利阎斌伦徐启华
- 关键词：十足目线粒体基因组基因排列系统发育
- 双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生分析5
- 纲(Bivalvia)为软体动物门的一个纲,全世界约有2 万种.我国有8 个目.生态及形态上极具多样性,在我国,双壳贝类分类工作已有几十年的历史,双壳类种类繁多,分类困难,目前,以形态学资料为依据的分类结果常出现分岐.
- 孟学平申欣程汉良田美
- 对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析被引量：3
- 2010年
- 通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列。结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征。6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致。对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因。因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考。
- 申欣
- 关键词：对虾科线粒体基因组分子标记
- 10种软骨鱼线粒体基因组特征分析被引量：5
- 2011年
- 综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1（0.019 1~0.156 4）,显示出较强的纯化（负）选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支：全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为：{[（真鲨目＋鼠鲨目）＋须鲨目）]＋虎鲨目}＋角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点分析表明,在软骨鱼群体遗传的研究中,nad5和nad4基因是理想的分子标记,可以作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析软骨鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障。
- 申欣田美孟学平程汉良
- 关键词：线粒体基因组系统发育分子标记
- 海胆纲线粒体基因组特征及基因差异位点分析被引量：6
- 2011年
- 研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为nad4基因和cox1基因。因此,在海胆纲和球海胆群体遗传学的研究中,nad5、nad4和cox1基因是理想的分子标记,用于分析海胆内部不同群体之间的遗传多样性。
- 田美申欣孟学平程汉良
- 关键词：海胆纲线粒体基因组分子标记
- 西施舌Cyt b基因核苷酸差异分析被引量：5
- 2010年
- 从线粒体DNA水平对我国沿海西施舌进行了遗传差异和系统发育研究,为其保护和可持续利用提供理论依据。对4个不同地理群体西施舌Cyt b基因片段进行了扩增、测序,利用MEGA4.1进行序列比对分析,以文蛤和中华文蛤为外类群,构建系统进化树。结果获得394 bp的Cyt b基因片段,其T、C、A、G含量分别为38.4%、16.9%、23.6%、21.1%,A+T含量明显高于G+C含量。在394 bp比对位点中,有318个保守碱基,76个变异位点。其中,70个简约信息位点。长乐与其他3个群体之间的遗传距离为0.194～0.209。氨基酸序列比对结果显示长乐群体与3个非长乐群体有7个位点的氨基酸差异,遗传距离为0.053。由此可见长乐群体是一个具有明显分子遗传特征的独立群体。
- 孟学平申欣张波程汉良田美郑雯雯
- 关键词：西施舌CYT
- 头足纲线粒体基因组结构分析被引量：3
- 2013年
- 用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306bp,基因组编码链的A+T含量为59.58%～78.12%,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致。
- 赵娜娜孟学平申欣程汉良阎斌伦郑立波朱笑琳刘兆普
- 关键词：头足纲线粒体基因组基因特征
- 星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较被引量：2
- 2012年
- 综合利用通用引物PCR和长PCR扩增,获得可口革囊星虫的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法获得可口革囊星虫的线粒体基因组。比较可口革囊星虫与方格星虫线粒体基因组,所有的37个基因均在同一条链上编码。2个星虫动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始、终止密码子及氨基酸长度存在差异。2个星虫动物的线粒体基因组,存在6个保守的基因区块:(1)nad6-cob-P-S2-C-M,(2)I-K-nad3-F,(3)nad4L-nad4-L2,(4)nad1-W-atp6,(5)nad5-S1及(6)nad2-cox1。去除转运RNA而仅比较蛋白质编码基因和核糖体RNA,则2个星虫动物线粒体基因组主编码基因的基因排列完全一致,均为:cox1-cox2-atp8-cox3-nad6-cob-srRNA-lrRNA-nad3-nad4L-nad4-nad1-atp6-nad5-nad2。星虫动物、环节动物和螠虫动物线粒体基因组共有5个保守区块:(1)cox1-cox2-atp8,(2)nad4L-nad4,(3)srRNA-lrRNA,(4)cox3-nad6-cob,(5)atp6-nad5。在15个主编码基因中,nad5基因和nad4基因变异位点数最多,因此可作为备选的分子标记,用于分析星虫动物不同物种和群体之间的生物多样性。
- 申欣
- 关键词：线粒体基因组基因排列分子标记
