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化学生物传感与计量学国家重点实验室开放基金(05-12-1): 作品数：10 被引量：26H指数：4; 相关作者：李志良周鹏田菲菲仝建波张生万更多>>; 相关机构：重庆大学山西大学教育部更多>>; 发文基金：化学生物传感与计量学国家重点实验室开放基金教育部“春晖计划”重庆市应用基础研究项目更多>>; 相关领域：理学医药卫生化学工程自动化与计算机技术更多>>

基于定量序效模型的计算机辅助虚拟疫苗库设计: 2006年; 给出了基于定量序效模型(QSAM)的计算机辅助虚拟疫苗库设计方案,并以此为基础成功组建了一个合理规模的HLA-A*0201限制性CTL表位库,其实现流程如下:(1)从天然氨基酸516种理化性质经主成分分析(PCA)得到一种新的氨基酸描述子:氨基酸综合性质得分(SP-score);(2)基于SP-score结合遗传-偏最小二乘(GA-PLS)技术建立QSAM模型;(3)利用QSAM模型作为评价工具采用遗传算法(GA)优化CTL表位种群;(4)统计优秀种群中20种氨基酸分别在抗原肽序列不同位置出现频率f;(5)保留f>F(F为平均出现概率,对于任意氨基酸为1/20)的氨基酸作为该位置的有利残基类型参与虚拟组合库的构建.; 周鹏李志良田菲菲张梦军; 关键词：CTL表位遗传算法

分子电性作用矢量法定量预测单质子化肽段离子迁移谱碰撞截面被引量：10: 2006年; 基于分子二维图形特征得到了一种新的结构参数化方法:分子电性作用矢量(MEIV)。将其应用于113个单质子化肽段样本集的结构表征及离子迁移谱碰撞截面模拟和预测当中,通过严格检验所得到3个回归模型的复相关系数Rcum及交叉验证Q分别为:0.984、0.981、0.980和0.979、0.979、0.978。结果表明MEIV对有机分子结构及其性质具有良好的表达和预测能力。; 周鹏田菲菲王娇娜李志良; 关键词：离子迁移谱碰撞截面定量构谱关系

萘系衍生物核磁共振碳谱模拟研究: 2007年; 从分子二维拓扑结构出发,应用原子电性作用矢量(AEIV)和原子杂化状态指数(AHSI)对35种萘系衍生物共计375个等价碳原子进行结构表征,分别以多元线性回归和逐步回归方法建立13C核磁共振化学位移定量结构波谱关系模型,通过严格检验,所得2个回归模型的复相关系数R分别为:0.978、0.978,留一法交互检验复相关系数Rcv分别为:0.977、0.978。结果表明,AEIV和AHSI具有表征能力强、物化意义明确等优点,所建模型具有良好的稳定性和估计能力。; 何留李志良; 关键词：原子电性作用矢量精细化工中间体

一种新三维描述子用于Nevirapine类抗艾滋病药物定量构效关系的研究被引量：5: 2006年; 运用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对33个Nevirapine类抗艾滋病药物进行了定量构效关系(QSAR)研究。采用偏最小二乘回归(PLSR)建立定量构效关系模型,同时采用内部及外部双重验证的方法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验,所建模型的复相关系数(Rcum2)、留一法(LOO)交互校验(CV)复相关系数(Qcum2)和外部样本校验复相关系数(Qext2)分别为0·835、0·530和0·518。结果表明,3D-HoVAIF能较好表征Nevirapine类抗艾滋病药物分子结构信息,且所建模型具有较好稳定性能和预测能力。; 仝建波周鹏张生万李志良; 关键词：三维全息原子场作用矢量 NEVIRAPINE 抗艾滋病药物定量构效关系

一种基于遗传算法的肽/蛋白质结合模式虚拟筛选建模技术被引量：4: 2006年; “合理”QSAR模型是指在了解配体与受体相互作用模式的前提下建立定量构效关系,这样避开了传统做法仅仅依靠样本集分子自身信息来构建预测模型的诸多弊端.本文将此思想应用于肽/蛋白质亲和活性的研究当中,借助于遗传算法作为虚拟受体结合靶点及相互作用模式的筛选手段得到了一种新的建模技术:肽/蛋白质结合模式遗传虚拟筛选(geneticvirtualscreeningofcombinativemodeforpeptide/protein,GVSC).该法成功解决了“合理”QSAR研究中的难题,即大多数情况下受体结构未知而难以了解配基与之发生的结合方式.分别使用58个血管紧张素转化酶,18个Camel抗体蛋白cAb-lys3双位点突变残基对GVSC加以检验,其结果表明GVSC能够较好地阐明配基与受体之间的作用机理,并能得到优于传统方法的QSAR模型.; 周鹏田菲菲李波吴世容李志良; 关键词：定量构效关系遗传算法偏最小二乘回归

支持向量机用于高分子聚合物的折射率预测被引量：1: 2006年; 引入支持向量机(SVM)技术对95个高聚物的折射率进行定量构性相关(QSPR)研究,并将其与多元线性回归(MLR)、神经网络(ANN)进行了比较。结果表明,对于小样本非线性问题支持向量机具较强稳定性及泛化能力,多数情况优于传统方法。所得模型复相关系数r2、交叉检验q2及对外部样本预测能力q2ext分别为0.943、0.938和0.919。; 周鹏梅虎田菲菲李志良; 关键词：支持向量机高聚物折射率

一种新的比较分子／虚拟受体相互作用分析法被引量：1: 2006年; 将虚拟受体的概念与比较分子场法有机结合起来,得到了一种新颖的3D-QSAR研究方法:比较分子／虚拟受体相互作用分析法(CoMPIA)．该方法通过定义受体原子探针并利用遗传算法优化探针在药物分子周围的最佳分布情况来找寻模型最优解和虚拟受体模式,从而有效提高了建模的质量和结果的可解释性．使用CoMPIA对31个经典甾体化合物进行了系统的QSAR研究,所得模型拟合复相关系数R2、交叉检验Q2以及对测试集预测结果的均方根误差RMSEF,分别为0．940,0．868和0．502,该结果优于多数文献报道．; 周鹏仝建波田菲菲李志良; 关键词：定量构效关系遗传算法甾体

甾族化合物^(13)CNMR谱化学位移定量构谱关系的研究被引量：5: 2007年; 利用原子电性距离矢量(Atomic Electro-negativity Distance Vector,AEDV)和原子杂化状态指数(Atomic Hybridization State Index,AHSI)对203个甾族化合物中4434个碳原子进行结构表征并与其核磁共振碳谱(13CNMR)建立多元线性定量结构波谱相关(QSSR)模型,同时运用逐步回归结合统计检测对模型变量进行筛选,最后采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验,建模计算值、留一法(leave-one-out,LOO)交互校验(cross-validation,CV)预测值和外部样本预测值的复相关系数(R)分别为0.9574、0.9571和0.9537.其结果表明,AEDV,AHSI与13CNMR谱化学位移显著相关.; 仝建波张生万周鹏李志良; 关键词：甾族化合物 ^13CNMR

吖啶酮生物碱的核磁共振碳谱模拟研究被引量：1: 2008年; 采用表征分子内部化学微环境及原子所处杂化状态的结构描述子:原子电性作用矢量(AEIV)和原子杂化状态指数(AHSI),对42个吖啶酮生物碱分子792个共振碳原子进行结构表征,以多元线性回归技术建立13C核磁共振化学位移定量结构波谱关系模型,所得回归模型的复相关系数为R=0.957,标准偏差为SD=12.247.采用留一法交互检验的结果为Rcv=0.956,标准偏差SDcv=12.331.对外部样本集预测结果表明,AEIV和AHSI具有表征能力强、物化意义明确等优点,所建模型具有良好的稳定性和估计能力.; 何留梅虎李志良; 关键词：原子电性作用矢量吖啶酮

雄甾烯酮^(13)CNMR谱化学位移的QSSR研究被引量：1: 2006年; 用原子电性距离矢量(atom ic electronegativity d istance vector,AEDV)和原子杂化状态指数(atom ic hybrid i-zation state index,AHSI)对13个雄甾烯酮化合物中247个碳原子进行了结构表征,并与其核磁共振碳谱(13CNMR)建立了多元线性定量构谱相关(QSSR)模型;运用逐步回归结合统计检测,对模型变量进行了筛选,建模计算值、留一法(leave-one-out,LOO)交互校验(cross-validation,CV)预测值和留分法(leave-molecu le-out,LMO)交互校验预测值的复相关系数(R)分别为0.989 6,0.989 1和0.989 4。结果表明:AEDV,AHSI与13CNMR谱化学位移显著相关。; 仝建波张生万周鹏李志良; 关键词：^13CNMR

化学生物传感与计量学国家重点实验室开放基金(05-12-1)

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