国家大学生创新性实验计划(NMOE200911014)
- 作品数：1 被引量：7H指数：1
- 相关作者：刘生全范增华熊圣文张水仙孙洪波更多>>
- 相关机构：中国农业科学院作物科学研究所中央民族大学中国中医科学院更多>>
- 发文基金：中央民族大学青年教师科研基金中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 裂叶牵牛获得表达序列标签资源的简单序列重复信息分析被引量：7
- 2011年
- 目的为了在裂叶牵牛中开发功能性EST-SSR分子标记,分析裂叶牵牛EST-SSRs特征。方法从NCBI公共数据库中下载裂叶牵牛EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、三、四、五、六、七、八核苷酸7种类型的SSR,统计分析裂叶牵牛EST-SSRs的特征。结果从NCBI公共数据库中下载62 388条裂叶牵牛EST序列,剔除冗余序列,得到全长为8.35×106 bp的无冗余EST序列11 569条。在这些序列中搜索出985条EST序列含有1 132个SSRs,占无冗余EST序列的9.78%,平均每7.37 kb EST出现1个SSR位点。二核苷酸重复基元SSR出现频率最高(51.06%),其次是三核苷酸(33.57%),AG/TC、GA/CT和AAG/TTC是二、三核苷酸中的优势重复基元。裂叶牵牛EST-SSRs以4～10次重复为主,基序长度主要集中于20～30 bp。结论裂叶牵牛EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSRs具有较高的可用性。本实验通过对裂叶牵牛EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发裂叶牵牛的SSR功能性标记提供了候选序列。
- 刘越范增华孙洪波冯金朝张水仙熊圣文刘生全黄璐琦
