国家自然科学基金(30571410)
- 作品数：11 被引量：101H指数：7
- 相关作者：赫崇波周遵春刘卫东高祥刚陈姝君更多>>
- 相关机构：辽宁省海洋水产科学研究院辽宁师范大学大连水产学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金博士科研启动基金辽宁省科技厅科技攻关项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析被引量：27
- 2008年
- 采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(V.moseri)线粒体基因组的全部基因序列,并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列,用蛙、鸡、牛做外群,采用NJ和MP法,重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率,估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明,从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析,这些基因的系统发育信息大致分为好(16SrRNA、ND2、ND4、12SrRNA、ND6、ND5)、中(Cytb、COII、COIII、ND1、COI)和差(ND3、ND4L、ATP6、ATP8)3个组。在目阶元,当用核苷酸序列分析时,12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好,COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等,而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时,ND4和ND5最好,ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等,ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元,当用核苷酸序列时,12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好;用氨基酸序列时,Cytb和ND2最好。在属阶元,所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息,而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。
- 陈姝君赫崇波木云雷刘卫东周遵春高祥刚丛林林
- 关键词：圆斑星鲽条斑星鲽硬骨鱼系统发育
- 鱼类基因内含子研究进展被引量：4
- 2009年
- 内含子是指断裂基因中的非编码区序列,在编码蛋白质前被去除。在高等生物中,内含子的长度远大于外显子,大部分随机突变会发生在内含子中。因此,内含子的存在使高等生物对突变的耐受能力大大增强了。研究表明,内含子可以提高基因表达效率;影响RNA的转录、剪接加工、出核孔以及翻译等过程;启动某些基因的表达;并通过选择性剪接调控基因的表达。内含子功能的研究成果给当前鱼类免疫基因研究开拓了全新的视野。对内含子的分类、剪接、功能以及鱼类内含子研究的新进展进行了综述,并展望了内含子在鱼类免疫基因研究中的应用。
- 宋文涛赫崇波高祥刚刘星耿惠君
- 关键词：内含子剪接基因表达多态性先天性免疫趋化因子
- 圆斑星鲽及相关种类线粒体DNA控制区结构分析被引量：15
- 2007年
- 采用PCR产物直接测序法测定了圆斑星鲽(Verasper variegatus)的24个个体的线粒体控制区(Control region)核苷酸全序列,并进行了结构分析。结果表明,圆斑星鲽线粒体控制区核苷酸全序列具有长度多态性,得到4种长度单元型,主要表现为控制区中的串联重复序列的长度不同。对鲽形目鱼类如鲽科的条斑星鲽(Verasper moseri)、黄盖鲽(Limanda feruginea)、马舌鲽(Reinhardtius hippoglossoides),美洲拟庸鲽(Heppoglossoides platessoides)和鲆科的牙鲆(Paralichthys olivaceus)以及鳎科的欧洲鳎(Soleasolea)、塞内加尔鳎(S. senegalensis)和沙鳎(S. lascari)的控制区的比较研究发现,鲽形目鱼类的线粒体控制区均存在相似的结构,即线粒体控制区可分为终止相关序列区(ETAS)、中央保守区(包括CSB-A、CSB-B、CSB-C、CSB-D、CSB-E、CSB-F)以及保守序列区(CSB1、CSB2、CSB3)和重复序列区(Repeat region)4个区域。通过与脊椎动物各个纲线粒体控制区序列的比较分析,发现只有鲽形目(包括鲆、鲽类和鳎类)鱼类和两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。
- 赫崇波曹洁刘卫东周遵春葛陇利高祥刚王效敏
- 关键词：圆斑星鲽线粒体控制区串联重复序列结构分化
- 分子生物技术在水产动物病害防治研究中的应用及其展望被引量：4
- 2006年
- 刘晓慧周遵春赫崇波邓欢侯林
- 关键词：分子生物技术水产动物病害
- 圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化被引量：19
- 2007年
- 利用圆斑星鲽（Verasper variegatus Temminck et Schlegel）和相关鱼类的部分线粒体基因序列，设计出6对扩增引物，通过PCR扩增产物直接测序和引物行走（Primer walking）法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列，并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp，其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同，包括37个基因（2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因）和2个非编码区（控制区和WANCY区）。在22个tRNA基因中，tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Tyr、tRNA^Ser（第2个）、tRNA^Gln和tRNA^Pro的编码基因位于L链上，其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中，除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外，其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1，COⅠ，ATP8，ND4L，ND5，而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上，ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区（ETAS）、6个中央保守序列区（CSB-A、B、C、D、E、F）和3个保守序列区（CSB-1、2、3）以及长串联重复区（Tandemly repeat sequence）。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析，结果显示，圆斑星蝶与石鲽关系最近，鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的够科（Carangidae）、鲷科（Sparidae）鱼类亲缘关系较近，而同属于鲽形目的塞内加尔鳎（Solea senegalensis）没有和任何目聚在一起，成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank，登录号为DQ403797，控制区单元型序列的GenBank登录号为BQ834444～7。[中国水产科学，2007，14（4）：584—592]
- 赫崇波高祥刚王效敏刘卫东周遵春木云雷葛陇利
- 关键词：圆斑星鲽线粒体基因组控制区系统进化
- 鱼类CC趋化因子基因及其系统进化分析被引量：6
- 2006年
- CC趋化因子(CC Chemokine)是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一。本研究通过比较基因组学和生物信息学的方法,分析了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)和斑点叉尾(Ictalurus punctatus)等重要经济鱼类的CC趋化因子基因结构特点和功能,并采用Clustal X的NJ法对所有新的CC趋化因子和先前发表的鱼类趋化因子与其他动物的CC趋化因子进行系统进化分析,建立了3个独特的包含非鱼类CC趋化因子的直向进化同源组。第1个直向进化同源组建立于人的CCL27和CCL28,有丽鱼科(Cichlidae)Melanochromisauratus和Paralabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鲑(Salmo salar)的CB510320、斑马鱼(Danio rerio)的BI839410、虹鳟的CK11、斑点叉尾的BM027974和BM029630;第2个直向进化同源组是以人类CCL20建立的,包括虹鳟的CK8a、CK8b、斑点叉尾的SCYA112和鸡(Gallus gallus)AAK84434,其中鸡的序列与人的CCL20最相近(与其他鱼类CC趋化因子相比);第3个直向进化同源组是以鸡的XP_424980和蓝(Ictalurus furcatus)的SCYA109建立的。所有其他鱼类CC趋化因子都没有归类到非鱼类CC趋化因子的同源组中。为了进一步分析鱼类CC趋化因子和哺乳类CC趋化因子间的关系,采用Clustal W的非自举检验(Bootstrapping)启发式搜索(heuristic search)比对法对这些CC趋化因子进行归类分析,结果得到7个潜在的直向进化同源组,包括含有4个鱼类CC趋化因子的CCL20直向进化同源组、5个鱼类CC趋化因子的CCL24直向进化同源组、8个鱼类CC趋化因子的CCL22直向进化同源组、4个鱼类CC趋化因子的CCL17直向进化同源组、15个鱼类CC趋化因子的CCL25直向进化同源组,7个鱼类CC趋化因子的CCL27/CCL28和17个鱼类CC趋化因子的CCL19/CCL21直
- 赫崇波木云雷王志松周遵春刘卫东
- 关键词：鱼类天然免疫基因系统发生学
- 利用mtDNA控制区序列分析斑点叉尾鮰的遗传多样性被引量：11
- 2007年
- 利用m tDNA控制区序列对1984、1997年引进的斑点叉尾鮰群体遗传多态性进行了分析。通过PCR产物测序法,测定了40尾斑点叉尾鮰线粒体DNA的一段包括部分Cytb基因、tRNAThr、tRNAPro、D-loop控制区和部分tRNAThe长度为1256 bp的核苷酸序列,经过比对分析得到7个序列单元型。7个单元型中共有13个碱基转换位点,全部发生在控制区,其序列相似度平均为99.58%。群体总的序列单元型多态性比例为17.5%,其中1997年群体的单元型多态性比例为35%,是1984年群体单元型多态性比例(15.0%)的2倍多。初步表明1984年引进的群体遗传多样性较低。
- 葛陇利赫崇波高祥刚陈姝君丛林林曹洁
- 关键词：斑点叉尾鮰线粒体DNA
- 斑点叉尾中国养殖群体遗传多样性的AFLP分析被引量：7
- 2008年
- 采用AFLP分子遗传标记技术,对来自福建和湖北的1984年引进的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)养殖群体(P1984)、来自福建和辽宁的1997年引进的养殖群体(P1997)、来自湖南的2004年引进的养殖群体(P2004)和来自湖北的1984年与1997年引进养殖群体的杂交群体(P8497)的遗传多样性进行研究。用10对选择性引物共扩增出523个位点,其中,243个位点为多态位点,多态位点比例为46.46%;没有发现可以用于区分4个群体的特异性位点,但找到一些潜在的群体鉴别片段;P1984、P1997、P2004和P8497群体的多态位点比例(P)分别为28.93%、38.90%、31.02%和41.66%,Shannon多样性指数(I)分别为0.1439、0.2081、0.1545和0.2373,平均杂合度(H)分别为0.0781、0.0949、0.0803和0.1137。群体间的遗传分化系数(Fst)值为0.1036;根据4个群体之间的基因分化系数(Gst)、遗传距离(D)、遗传相似度(S)以及UPGMA聚类分析发现,P2004和P1997亲缘关系最近,P2004和P1984亲缘关系最远。通过比较分析认为,4个养殖群体的遗传多样性水平均较低。
- 赫崇波陈姝君高祥刚周遵春刘卫东宋文涛
- 关键词：AFLP多态性
- 鱼类趋化因子基因的研究被引量：10
- 2006年
- 赫崇波王强刘卫东周遵春徐晓虹
- 关键词：鱼类趋化因子先天免疫基因
