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大规模EST序列聚类的并行算法研究进展被引量：2: 2006年; EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。; 毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗; 关键词：EST序列聚类分析

细胞内低氧感受器:缺氧诱导因子-1脯氨酰羟化酶研究进展被引量：17: 2007年; 哺乳动物细胞对低氧的适应性调节是通过改变一系列基因表达来实现的。调控这些基因表达最重要的转录因子是缺氧诱导因子-1(HIF-1),而能够直接感受氧分压、作为氧感受器的一种双加氧酶——脯氨酰羟化酶(PHD)则是调节HIF-1的关键分子。常氧状况下,HIF-1α的两个关键氨基酸残基Pro402和Pro564被PHD羟基化进而被蛋白酶水解,此时细胞内无HIF-1聚集,形成一种氧分压正常的信号状态。低氧状况下,PHD羟基化HIF-1α反应受阻,HIF-1聚集并入核诱导多种靶基因表达,启动低氧应答反应。本文就PHDs家族如何调控HIF-1α及PHD的调节剂研究进展进行综述。; 李佩尧张成岗; 关键词：缺氧诱导因子-1

利用碱性磷酸酶融合表达技术研究神经导向因子netrin-4的功能: 2006年; 目的:采用碱性磷酸酶(AP4)标记技术研究netrin-4的神经导向功能和受体结合特征,并评估碱性磷酸酶作为标签分子在真核基因功能研究中的意义。方法:将netrin-4全长及3个结构域编码区cDNA克隆到碱性磷酸酶表达载体APtag4,成功构建真核表达载体AP4-netrin4、AP4-LNT、AP4-EGFL和AP4-NCT,进而在COS7细胞中表达出含有AP标签的融合蛋白,并通过神经组织块培养技术和神经元原代培养技术对其活性进行鉴定。结果:确认了netrin-4的神经突起导向功能。进一步通过对AP标签进行检测,发现netrin-4全长、LNT和NCT可与原代培养的神经元表面相结合,而EGFL不结合,说明神经元表面含有netrin-4受体或结合位点,且可能通过LNT和NCT结构域起作用。结论:netrin-4具有明确的神经突起导向功能,在神经元表面含有结合位点,同时发现碱性磷酸酶标签融合表达技术在真核基因功能研究方面具有一定优势。; 秦树桐高艳王利红周仁平张成岗; 关键词：碱性磷酸酶基因神经元

人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统“StdTransDb”的技术实现: 2007年; 以RefSeq数据库和已测序基因组序列为模板,通过大规模计算得到代表转录各层次信息的"标准转录数据库",并利用通用网关接口技术,建立了人类和模式生物标准转录数据集Web服务系统。用户提交RefSeq记录号或自由注释词,可检索获得序列的全部信息,实现对基因结构解析的在线计算。目前系统覆盖了人、拟南芥、水稻、大鼠、小鼠、斑马鱼等6个物种,拥有数据记录18万余条。为深入研究人类及其他物种转录组提供了重要工具,并为进一步分析真核基因的可变剪接方式提供了坚实的数据基础。; 王小磊赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗; 关键词：转录组学可变剪接预计算 WEB服务

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北京市科技新星计划(2005A44)