国家自然科学基金(29806010)
- 作品数：6 被引量：27H指数：4
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- 相关领域：生物学化学工程理学更多>>
- 分子动力学模拟蛋白质吸附过程中势能函数计算的分组简化
- 2005年
- 分子水平上理解蛋白质吸附的机理,是目前蛋白质工程、生物材料和生物医学领域中一个基本问题。本文根据蛋白质分子结构的特点,采用刚体模型,在NVT条件下,对聚十赖氨酸分子在固液界面上的吸附过程进行了分子动力学模拟。在计算过程中,通过对原胞内原子进行适当分组的方法改进,以求进一步提高对势能函数的计算速度。研究结果表明,适当分组的方法可以简化分子动力学模拟的计算过程,加快计算速度,而模拟结果反映了吸附过程中蛋白质分子构象变化过程。
- 滕智津韩振为
- 关键词：分子动力学模拟蛋白质吸附势能函数
- 圆二色性测定蛋白质在超细粒子上吸附的构象变化被引量：4
- 2004年
- 研究了蛋白质在超细粒子固体表面吸附过程中构象的变化 ;选择的吸附剂粒径很小 ,可以直接应用圆二色性光谱测定蛋白质吸附层的二级结构变化 ;研究了 pH、固体吸附表面在蛋白质吸附过程中对蛋白质构象的影响 ,得到了较好的实验数据 ,为进一步进行蛋白质吸附机理的理论研究提供了基础。
- 韩振为钟成王昌秀
- 关键词：蛋白质超细粒子构象变化
- 分子动力学模拟蛋白质溶液吸附过程构象的变化被引量：10
- 2003年
- 计算机模拟作为一种工具在药物分子设计、蛋白质工程、药物筛选等方面逐渐广泛应用起来。为了从分子水平上理解蛋白质吸附的机理,本文采用了刚体模型对聚十赖氨酸在固体表面吸附进行了分子动力学模拟。采用立方周期性边界条件,模拟在NVT条件下进行,各刚体的起始速度按Maxwell取样。初步研究了模拟过程中蛋白质构象的变化,跟踪了吸附过程中二面角φ和ψ的变化。研究结果表明,吸附过程中蛋白质二级结构发生了变化,C末端二级结构的变化最为明显。
- 钟成韩振为
- 关键词：分子动力学蛋白质构象固液界面
- 分子动力学模拟聚赖氨酸在晶格界面上的吸附被引量：9
- 2007年
- 分子模拟为从微观角度理解生物大分子提供了有利的工具。本文采用分子动力学方法研究在Pt(100)、Pt(110)及Pt (111)三种晶格界面上聚十赖氨酸分子的吸附,以从分子水平上研究蛋白质吸附的动态过程和机理。界面的作用使部分聚十赖氨酸分子出现了较明显的二面角变化,说明吸附过程中界面的特性对聚赖氨酸的分子结构有影响;在Pt(100)与Pt(111)界面上,聚十赖氨酸分子构象变化较大,Pt(110)变化较小。聚十赖氨酸分子在吸附中,能量变化与分子构象变化的结果一致,构象变化较大的Pt(100)和Pt(111)界面上聚十赖氨酸分子能量的平均值高于Pt(110)。聚十赖氨酸分子在Pt(100)与Pt(111)界面上先远离界面运动,然后在某位置稳定波动;在Pt(110)界面上先靠近界面运动一段时间后又远离界面。
- 韩振为廖川周薇
- 分子模拟蛋白质在氧化锌界面上的吸附被引量：4
- 2007年
- 采用分子力学、分子动力学方法模拟了周期性水环境下聚十赖氨酸在氧化锌界面上的吸附过程．模拟初始对水溶液进行了能量优化,对聚十赖氨酸和水整体进行了100 ps的分子动力学模拟．结果表明,聚十赖氨酸在氧化锌界面的吸附作用下构象发生变化,部分α螺旋结构消失．水溶液在界面与聚十赖氨酸分子作用过程中起到非常重要的媒介传递作用．界面作用、分子内部的作用和水溶液的共同作用使聚十赖氨酸侧链呈部分规律性变化．
- 韩振为周薇
- 关键词：氧化锌分子动力学模拟
- 分子动力学模拟在蛋白质固体表面吸附构象转变中的应用被引量：2
- 2005年
- 蛋白质在固液界面上吸附过程中,溶液中的蛋白质分子不仅在自身之间存在着相互作用,而且还与水分子和固体表面之间发生着复杂的相互作用,蛋白质分子的生物活性也会发生变化。本文采用分子动力学模拟的方法对这一构象变化的复杂过程进行研究,并以聚十赖氨酸固液界面吸附过程为例进行了分子动力学模拟计算。
- 滕智津韩振为
- 关键词：分子动力学模拟蛋白质
