国家自然科学基金(30600456)
- 作品数：6 被引量：54H指数：4
- 相关作者：程起群缪炯陆星马春艳沙珍霞更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院东海水产研究所中国水产科学研究院黄海水产研究所复旦大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学水利工程更多>>
- 3种沼虾的16S rRNA基因序列分析被引量：5
- 2007年
- 为从分子角度理解3种沼虾,即罗氏沼虾、日本沼虾和祁连沼虾的遗传差异,为沼虾资源的管理、保护和合理开发利用提供理论基础,采集了每种沼虾各2尾样本,采用PCR的方法扩增了其线粒体16S rRNA基因片断并测序。比对后共获得了3种沼虾的297 bp的16S rRNA片断序列,共检测到47个变异位点,总变异率为15.8%。3种沼虾的平均碱基含量分别为T(37.7%)、C(10.9%)、A(29.8%)和G(21.6%)。罗氏沼虾种内个体间序列差异为3%。祁连沼虾和日本沼虾种内个体间差异均为0.7%,且两者种间差异很小,为0～0.7%。罗氏沼虾与祁连沼虾、日本沼虾之间的序列差异在13.1%～14.8%之间,种间差异明显。系统进化树显示罗氏沼虾自成一枝,而日本沼虾和祁连沼虾共同构成另一枝,日本沼虾和祁连沼虾的遗传距离小于5%,结果提示日本沼虾和祁连沼虾有很近的亲缘关系,两者也许是亚种关系。
- 程起群樊强国夏连军黄宁宇
- 关键词：沼虾RRNA测序
- 基于形态框架数据的淞江鲈种群鉴别(英文)被引量：1
- 2011年
- 采用形态框架数据阐明了中国3个现存的淞江鲈地理种群的形态差异。每条鱼测量22个形态度量参数,用Burnaby的多变量方法校正形态度量参数,采用聚类和判别分析来区别种群的差异。结果显示:1)3个地理种群可以分成两组,第1组包括青龙河种群和富春江种群,第2组包括鸭绿江种群;2)根据F-remove值,挑选出最大的5个形态参数:D(2-3)、D(7-9)、D(6-5)、D(6-8)、D(2-1),用挑选后的5个形态参数进行判别分析的判别准确率达100%,显示这3个地理种群是形态上可辨别的种群。地理隔离和环境因子也许是淞江鲈种群形态差异的主要影响因素。虽然形态度量对于判别淞江鲈的种群有效,但对于其种群结构的进一步确认研究是必要的。
- 王金秋程起群梁鸿子罗武松
- 基于线粒体cyt b基因标记探讨凤鲚3群体遗传结构和进化特征被引量：35
- 2008年
- 为阐明凤鲚不同地理群体的遗传结构和进化关系，采用凤鲚长江（21尾）、闽江（22尾）和珠江（22尾）群体的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的细胞色素b（cytb）基因片段序列进行分析。共获得3群体cyt b基因片断607 bp的一致序列。序列有102个变异位点，总变异率为16．8％，其中68个为简约位点。各单倍型的变异全部是转换或颠换，无插入和缺失。（A＋T）含量为57．6％，大于（G＋C）的含量42．4％。核苷酸多态性以闽江群体最高，其它两群体较低。自然选择检验显示3群体内部在分子水平上存在自然选择作用。在所获得的65个序列中，共检测到34种单倍型。群体内的遗传距离为0．3％～1．2％之间，群体间遗传距离在0．8％～10．8％之间。长江群体与珠江群体之间的遗传距离较大为10．8％，长江群体与闽江群体间的遗传距离为10．6％，而珠江和闽江群体之间的遗传距离最小为0．8％。AMOVA分析显示，群体间遗传变异占总变异的90．25％，群体内的遗传变异占总变异的9．75％，提示群体间变异是总变异的主要来源。研究结果提示长江群体和闽江以及珠江群体间的分化可能已达亚种水平。
- 程起群马春艳庄平沙珍霞陆星缪炯
- 关键词：凤鲚细胞色素B基因遗传分化
- 基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性被引量：10
- 2007年
- 对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。
- 程起群马春艳缪炯陆星沙珍霞
- 关键词：凤鲚分子标记
- 三种沼虾的COI基因序列变异及其分类地位探讨(英文)被引量：7
- 2009年
- 罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和日本沼虾(M.nipponense)已经在我国得到广泛的养殖,产生巨大的经济效益。祁连沼虾(M.qilianensis)是自然分布在我国甘肃省的土著虾种,因其外部形态符合沼虾属的特征,而被前人归入沼虾属。为了从分子生物学的角度理解罗氏沼虾、日本沼虾与祁连沼虾的遗传差异,为合理开发和利用沼虾资源提供理论基础,作者对这3种沼虾的线粒体COI基因序列进行研究。从甘肃、浙江等地分别采集这三种沼虾的样本各10尾,共30尾,其中祁连沼虾是野生样本,而罗氏沼虾和日本沼虾都是养殖样本。通过PCR方法扩增线粒体COI基因,并测序。通过比对,获得一致序列649bp。在30个样本中共检测到169个变异位点,占总变异的26.04%;共检测到7种单倍型。3种沼虾的核苷酸多态性分别为:罗氏沼虾0.411%、日本沼虾0.092%、祁连沼虾0.031%。野生的祁连沼虾遗传多样性远远低于养殖的罗氏沼虾和日本沼虾。三种沼虾单倍型之间的Kimura双参数遗传距离在19.87%～23.84%,三者之间的遗传距离较大,提示三者均为有效种。为进一步确定这三种沼虾在长臂虾科的分类地位,我们从NCBI数据库中下载了长臂虾科的其它种类的COI序列进行系统发生分析。用NJ法构建的分子系统树显示:日本沼虾和罗氏沼虾与沼虾属的其它种类聚成一枝,而祁连沼虾与同亚科的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)和长角长臂虾(Palaemon debilis)较沼虾属另10种虾的遗传距离近,即祁连沼虾与白虾属及长臂虾属聚成另一枝。因此,COI序列的结果不支持祁连沼虾归入沼虾属。但其分类地位应该综合多方面证据重新进行分析确定。
- 张凊漪程起群管卫兵
- 关键词：沼虾COI基因线粒体DNA
- Morphological Variation of Coilia Mystus （Clupeiformes： Engraulidae） in Three Chinese Estuaries
- 2010年
- Qiqun Cheng
- 关键词：凤鲚数据收集
