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西洋参cDNA文库构建及表达序列标签(EST)分析: 为研究西洋参根的基因表达谱和挖掘其功能基因,采用表达序列标签(EST)技术成功地建立了四年生西洋参根的EST文库。通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂甙生物合成相关、编码P450和糖基转移酶等的基因...; 陈士林孙永巧宋经元李滢李晨吉胡松年李西文姚辉张晓伟; 关键词：表达序列标签功能基因西洋参; 文献传递

基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定被引量：14: 2010年; 目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化。DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出。结果:茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg(1pgDNA=0.965×109bp)。在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰。结论:本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考。; 王亚之李秋实陈士林孙超宋经元; 关键词：茯苓基因组大小流式细胞术黑曲霉

转录组学在药用植物研究中的应用被引量：51: 2010年; 药用植物转录组学研究已经成为药用植物基因组研究中最活跃的领域之一。以转录组学的产生、发展和研究方法为基础,介绍了药用植物中转录组学的应用现状,重点介绍了转录组学当前采用的技术手段以及在西洋参、丹参、乌拉尔甘草功能基因组学中的研究进展。同时对转录组学在药用植物中的发展前景进行了讨论。; 吴琼孙超陈士林罗红梅李滢孙永珍牛云云; 关键词：药用植物转录组学功能基因组学 GS 表达序列标签

基于高通量测序454 GS FLX的丹参转录组学研究被引量：93: 2010年; 本研究应用新一代高通量测序技术454GS FLX Titanium对2年生丹参根的转录组进行测序,研究其基因表达谱,挖掘其功能基因。获得46722表达序列标签(express sequence tags,EST),序列平均长度414bp,与Sanger测序的长度相当。所得序列与GenBank丹参EST合并拼接,获得18235条unigene,其中,454高通量测序发现了13980条新的unigene。数据库中的序列同源性比较表明,其中73.0%(13308条)与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。通过BLAST与Gene Ontology分析获得了可能参与丹参酮合成的序列27条(编码15个关键酶),参与丹酚酸合成的序列29条(编码11个关键酶),细胞色素P450序列70条,转录因子序列577条。454高通量测序技术作为药用植物功能基因组研究的重要手段可在丹参功能基因的发现中发挥重要作用,这些基因的发现为丹参酮和丹酚酸类化合物生物合成研究奠定了基础,同时也为丹参的转录组研究提供了基础数据。; 李滢孙超罗红梅李西文牛云云陈士林; 关键词：丹参表达序列标签转录组

西洋参cDNA文库构建及表达序列标签(EST)分析被引量：18: 2008年; 为研究西洋参根的基因表达谱和挖掘其功能基因,采用表达序列标签(EST)技术首次建立了四年生西洋参根的EST文库。通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂苷生物合成相关、编码P450和糖基转移酶等的基因序列11个,与生长素调节生长发育相关、编码生长素响应因子4和生长素调节蛋白等的基因6个,与水分胁迫相关、编码蛋白dehydrin和DC2.15 like蛋白等的基因7个,与编码抗氧化酶如peroxidase和catalase相关的基因6个。另外,从西洋参根的EST文库获得抗病基因12个,分别编码转录因子WRKY家族蛋白和ribonuclease蛋白家族,62个EST是其他物种尚未报道的新基因。可见,EST技术作为功能基因组研究的重要手段可在西洋参功能基因的开发与研究中发挥重要作用,这些基因的发现为进一步克隆基因全长、研究基因功能、改良西洋参品质、阐明西洋参生长缓慢的分子机制等方面奠定了基础。; 陈士林孙永巧宋经元李滢李晨吉胡松年李西文姚辉张晓伟; 关键词：表达序列标签功能基因西洋参

表达序列标签在药用植物研究中的应用被引量：16: 2008年; 功能基因研究是目前国际上研究热点之一,近几年来药用植物功能基因逐渐受到各国学者的广泛关注。序列表达标签(expressed sequence tag,ESTs)技术是认识生物体基因与基因组快速高效的研究手段之一,广泛应用于鉴定和发现新的基因、研究比较基因组学和生物信息学、建立分子标记、构建生物体遗传图谱和制作基因芯片等各个方面。首先对ESTs技术的原理、优势和研究现状进行简要介绍,重点对ESTs技术的主要研究方法及其在药用植物研究中的应用进行概述,并讨论了ESTs技术在药用植物研究中的应用前景及应注意的问题。; 吴春颖宋经元陈士林; 关键词：药用植物功能基因

中药资源创新方法研究: 中药资源是中药产业发展的基础,中药资源研究方法正逐步形成以计算机科学、分子生物学和生物信息学等为主要研究手段的多学科交叉体系。借助3S技术(RS,GIS,GPS)建立中药资源多级遥感监测体系和中药资源产地适宜性数值区划,...; 陈士林; 关键词：中药资源产地适宜性 DNA条形码次生代谢产物功能基因; 文献传递

中药资源创新方法研究被引量：17: 2008年; 中药资源是中药产业发展的基础,中药资源研究方法正逐步形成以计算机科学、分子生物学和生物信息学等为主要研究手段的多学科交叉体系。借助3S技术(RS,GIS,GPS)建立中药资源多级遥感监测体系和中药资源产地适宜性数值区划,可有效加强中药资源普查和动态监控,为资源可持续利用和国家相关部门决策提供科学依据和支撑。通过筛选适合中药鉴定的DNA条形码序列,建立中药DNA条形码鉴定数据库,是对传统中药鉴定方法的有力补充和革命性突破,对推动中药鉴定数字化、标准化、国际化具有重要意义。利用功能基因组学对药用植物次生代谢产物合成及调控进行研究,对于新药的发现、药用植物的栽培生产、优良种质资源的培育和保护等具有重要价值。本文针对以上研究方向进行了中药资源研究方法体系创新的阐述。; 陈士林谢彩香姚辉宋经元孙超; 关键词：中药资源产地适宜性 DNA条形码次生代谢产物功能基因

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国家自然科学基金(30772735)