上海市科学技术委员会基础研究重点项目(08JC1416700)
- 作品数：1 被引量：0H指数：0
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- 相关机构：上海生物信息技术研究中心上海交通大学医学院附属瑞金医院上海交通大学更多>>
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- FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法
- 2010年
- 目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。
- 宋琳琳顾朝辉韦朝春
- 关键词：下一代测序滑动窗口算法
