黑龙江省自然科学基金(QC2010049)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
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- 基于脉动阵列的HMMer加速系统
- 2013年
- HMMer是用PHMM来对蛋白质或氨基酸序列查询进行分类和匹配的生物信息学软件工具包,但是由于HMMer的并行特性,HMMer在传统的串行化CPU平台上运行十分耗时。采用FPGA对HMMer的核心算法P7Viterbi进行加速,在P7Viterbi算法中存在一个限制并行性的多层循环的迭代间数据依赖关系,以前的工作都是忽略该循环反馈或者串行化这部分程序,从而导致精度和效率的降低。提出了一种基于FPGA的可以适应P7Viterbi的数据依赖特性的基于脉动阵列的并行运算结构,采用自动重算机制来解决阻碍计算并行的回边问题。在FPGA中通过并行流水技术实现的加速系统能够有效地提高HMMer的运算效率。实验结果表明,提出的带有20个运算单元的结构和IntelCore2Duo2.33GHzCPU平台相比,加速比能够达到56.8倍。
- 陆志坚吴艳霞郭振华孙延腾
- 关键词：脉动阵列
- 面向C2VHDL编译器的基本块级指针分析算法被引量：2
- 2013年
- 针对现有的C2VHDL编译器中指针编译技术所存在的缺陷,通过对传统指针分析算法进行研究,在基于低级虚似机(LLVM)面向CPU-FPGA应用的可重构编译器ASCRA架构上,设计并实现了一种以基本块为分析粒度的基于控制流图的流敏感上下文敏感指针分析算法。在可重构编译器ASCRA生成硬件VHDL程序时提供指针访存控制辅助信息。实验结果表明:在保证C2VHDL结果正确的前提下,该算法在简化了分析过程的同时,能够达到与流敏感指针分析相同的精度。与指针还原技术相比,该算法能够支持更多的指针数据类型。采用该算法的编译器ASCRA生成的硬件程序在硬件资源占用情况和运行速度两方面与指针还原技术相比都能够达到相同的硬件效果。
- 郭振华吴艳霞张国印杨杰顾国昌
- 关键词：计算机系统结构
