广西壮族自治区自然科学基金(2012GXNSFAA053073)
- 作品数：15 被引量：58H指数：5
- 相关作者：孙文超汪伟胡传活曹亮金宁一更多>>
- 相关机构：广西大学广西壮族自治区动物疫病预防控制中心温州大学更多>>
- 发文基金：广西壮族自治区自然科学基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 广西猪细小病毒6型分子流行病学调查被引量：5
- 2020年
- 为了解广西壮族自治区是否存在猪细小病毒6型(PPV6)毒株,分析其分子特征和遗传进化,本研究利用PCR技术对广西壮族自治区的猪血清临床样本进行检测。结果表明,广西壮族自治区猪群有PPV6的存在,感染率为18.5%(25/135),与PCV2的共感染率为24.0%(6/25)。与参考毒株的NS1核苷酸同源性为99.4%~99.6%;NS1遗传进化分析表明,GX44毒株和GX3-3毒株与中国参考毒株TJ株、韩国KSU1-AZ-2014株、波兰P15-1株同处一个亚群,而美国U18-9株属于另一个亚群。这一研究结果将为中国PPV6毒株的流行病学调查与分析提供最基础的研究资料。
- 汪伟杜倩韩知晓辛佳亮孙文超曹亮孙文超鲁会军金宁一
- 关键词：PCV2NS1遗传进化
- 重庆地区犬圆环病毒检测及序列分析被引量：2
- 2020年
- 本试验旨在调查近年来新发的犬圆环病毒(canine circovirus,CCV)在重庆地区的流行情况,探索重庆流行毒株的特性。本研究利用PCR方法对2017年采集于重庆地区的100份犬血清样品进行CCV核酸检测,对所得CCV阳性样品进行全基因组扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 6.0和RDP4等软件对分离到的重庆CCV毒株进行分析。结果显示,重庆地区100份犬血清中共有4份为CCV阳性,阳性率为4%,从4份阳性样品中共获得3株不同的CCV基因组(CQ76、CQ79和CQ82),全长基因组序列均为2062 nt,与此前报道长度为2063 nt的CCV基因组相比缺少了一个碱基,该碱基位于5′-基因间隔区内茎环结构的下游。3个毒株的两个ORF之间5′末端间隔区和3′末端间隔区长度分别为134(1929-2062 nt)和203 nt(913-1115 nt)。CQ76、CQ79和CQ82的同源性在99.8%~100%之间,其中CQ76与CQ82仅在第2019位点存在同义突变;所获得的3个重庆毒株与国内外报道的其他CCV基因组序列同源性为82.7%~97.1%,其中,ORF2的变异程度大于ORF1。基于病毒ORF2序列和全基因组分别构建NJ进化树中,CQ76、CQ79和CQ82均属于同一亚群,与属于基因Ⅱ型的中国毒株204株遗传距离较近,同源性为96.5%~96.7%。RDP4重组分析发现,CQ76、CQ79和CQ82毒株基因组均为广西毒株204株和388株的重组序列,重组区域坐落于ORF2。本研究为丰富CCV流行病学和遗传进化信息,以及进一步防控研究提供基础数据。
- 闫修魁韩知晓杜倩汪伟朱远致辛佳亮易驰喆闭璟珊孙文超郑敏
- 关键词：同源性分析
- 广西鸭圆环病毒流行毒株遗传变异分析被引量：9
- 2015年
- 为了解广西鸭圆环病毒(DuCV)流行毒株的遗传变异情况,进一步为研制鉴别诊断DuCV方法和制定科学防控措施奠定基础。采用PCR方法对采自广西不同地区的阳性鸭组织样品进行了全基因组扩增和测序,共获得14个完整的DuCV全基因组序列。与GenBank中登录的52个国内外DuCV毒株进行遗传进化分析及同源性比较。结果表明,当前广西同时存在基因1.1亚型、基因1.2亚型和基因2.1亚型3种不同的DuCV毒株在流行,其中基因1.1亚型和1.2亚型为优势流行毒株。
- 粟艳琼郑敏张步娴屈素洁莫胜兰
- 关键词：鸭圆环病毒流行毒株
- 猪德尔塔冠状病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用被引量：3
- 2019年
- 为建立猪德尔塔病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)快速灵敏的诊断方法,采用RT-PCR方法扩增猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)M基因,将M基因克隆到载体pEASY-Blunt Cloning Kit,以构建出的重组质粒作为标准阳性质粒,并以此为模板建立PDCoVM基因的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的Ct值与标准品模板在6.57×10^8~6.57×10^1copies/L范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-4.215;该方法特异性强,对PEDV和TGEV猪常见病原检测均无特异性扩增;可重复性良好,组内和组间变异系数均小于2%;灵敏度可达6.57×10^1copies/L;对临床样品的检测,本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的阳性检出率为5.0%。上述结果表明,本研究成功建立了检测PDCoV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,可实现对PDCoV的快速灵敏诊断。
- 辛佳亮汪伟杜倩韩知晓闭璟珊曹亮孙文超曹亮孙文超
- 关键词：荧光定量PCR
- 鸭圆环病毒Cap蛋白的原核表达被引量：2
- 2014年
- 为表达鸭圆环病毒(DuCV)Cap蛋白,通过Gene Designer 2.0软件对DuCV Cap基因进行分析和密码子优化,构建DuCV Cap基因重组表达质粒pET-32a-Cap,转化BL21(DH3)株感受态细胞。用终浓度为0.1mmol/L的IPTG进行诱导表达。SDS-PAGE电泳分析显示Cap融合蛋白的分子质量约为48ku,表达的重组蛋白占菌体总蛋白的43.1%。Western blot检测显示该融合蛋白可以被针对His标签蛋白的抗体所识别。利用镍离子亲和纯化株对重组蛋白进行了纯化,纯度为92.3%。为进一步建立DuCV血清学检测方法奠定了基础。
- 粟艳琼郑敏莫胜兰屈素洁张步娴梁媛
- 关键词：鸭圆环病毒CAP蛋白原核表达
- 山羊关节炎脑炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立及应用被引量：7
- 2020年
- 为建立检测山羊关节炎脑炎病毒(caprine arthritis-encephalitis virus,CAEV)的快速诊断方法,本研究根据CAEV甘肃株Gag基因设计1对引物,并以含有CAEV甘肃株全基因组序列的质粒pUC57-CAEV为模板,建立CAEV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,并验证其特异性、灵敏性和重复性。结果显示,本研究所建立的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的Ct值与标准品模板在1.19×109~1.19×10^1 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.997,斜率为-3.74,检测下限为1.19×10^1 copies/μL,且对痘苗病毒、山羊痘病毒均无扩增。重复性试验结果显示,批间与批内变异系数均小于1%,重复性好。本研究首次建立了CAEVGag基因的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法,为CAEV的快速检测和病毒感染预防提供了技术手段。
- 汪伟杜倩韩知晓辛佳亮闫修魁梁莹莹朱远致曹亮曹亮胡传活孙文超
- 关键词：SYBR荧光定量PCRGAG基因
- 犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立被引量：11
- 2017年
- 犬圆环病毒(DogCV)是圆环病毒科新发现的圆环病毒,旨在建立犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法。试验用PCR方法克隆犬圆环病毒ORF2基因保守区域,构建标准阳性质粒pClon007-ORF2。以标准阳性质粒pClon007-ORF2为模板对荧光定量PCR反应体系进行优化。结果表明,所建立的方法 Ct值与标准品在4.67×10~9 copies/μL^4.67×10~3 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-3.445。该方法检测灵敏度为4.67×10~1copies/μL。该方法对狂犬病病毒、犬细小病毒、犬瘟热病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型等犬常见病原的检测均无交叉反应;所有稀释度标准品模板均在83.35℃出现窄的特异性熔解峰。临床样品检测表明,所建立的实时荧光定量PCR对犬圆环病毒的阳性检测率为12.50%(4/32)。
- 孙文超解长占赵冠宇曹亮郑敏曹慧慧张红云韦显凯韩继成温树波肖朋朋靖杰张萍鲁会军金宁一
- 关键词：SYBR实时荧光定量PCR
- 水禽圆环病毒双重PCR检测方法的建立被引量：6
- 2015年
- 为建立能同时检测并区分鸭圆环病毒（Duck circovirus，DuCV）和鹅圆环病毒（G00se circovims，GOCV）的方法，根据DuCV和GoCV基因组的保守区域设计两对特异性引物，预期特异性扩增DuCV和GoCV片段大小分别为192bp、556bp。经过反应条件的优化，建立了DuCV和GoCV的双重PCR检测方法。特异性检验表明该方法无法扩增其他水禽病原；DuCV和GoCV的最低检出限分别为10^4拷贝／μL和10^5拷贝／μL。临床样品检测结果显示，DuCV阳性率为8．01％，GoCV阳性率为1．6％，与常规PCR方法完全一致。结果表明，建立的双重PCR方法可以用于水禽圆环病毒检测和流行病学调查。
- 曹慧慧孙文超郑敏苏姣秀梁晟张红云韦显凯刘棋
- 关键词：鸭圆环病毒双重PCR
- 新型鸭黄病毒广西流行毒株的分离和包膜蛋白的序列分析被引量：2
- 2013年
- 本试验旨在了解新型鸭黄病毒(duck flavivrus,DFV)广西流行毒株的生物学特性,从发病樱桃谷种鸭群分离到1株新型DFV LG/01/11,并利用设计的引物扩增获得病毒包膜蛋白E基因。结果显示,LG/01/11株E基因全长1503bp,编码500个氨基酸,与国内2010年以来分离的鸭黄病毒核苷酸序列同源性达99.3%～99.6%,没有碱基缺失和插入现象,只有散在的碱基突变。本试验结果为病毒生物学特性分析和遗传变异研究及相关疫病的防控奠定了基础。
- 郑敏赵日浪韦显凯莫胜兰林昌华郑列丰梁晟苏娇秀
- 关键词：鸭黄病毒包膜蛋白
- 1株犬源PCV3的全基因克隆与序列分析被引量：1
- 2020年
- 根据GenBank上已发表的PCV3毒株序列设计1对检测引物和2对扩增全长引物。应用检测引物对广西地区的犬血清样品进行PCR检测,应用扩增全长引物对检测阳性样品进行PCR扩增、克隆和测序,并对其全基因序列进行分析,绘制遗传进化树。结果显示,广西地区147份犬血清样品中,阳性样品为36份,感染率为24.3%。本试验成功扩增1株2000bp的PCV3毒株的全基因核苷酸序列,并命名为PCV3/Guangxi-5。将PCV3/Guangxi-5序列与NCBI公布的PCV3的参考序列进行同源性比对,结果显示PCV3/Guangxi-5与参考序列的全基因序列同源性为98.9%~100.0%,其中与DE27.16同源性最低,与PCV3/CN/Chongqing-148/2016同源性最高。应用MEGA7.0对PCV3进行ORF2基因的氨基酸序列进行比对发现,第24位至第27位氨基酸存在6种形式,分别为VRRK、ARRR、ARKR、LRRK、VRRR和ARRK。利用MEGA7.0软件中Maximum Likelihood(ML)法p-distance模式构建基于ORF2基因和PCV3全基因的系统发育分析表明,PCV3可分为PCV3a和PCV3b等2种基因型,本试验获得的PCV3/Guangxi-5为PCV3a亚型,其ORF2基因与PCV3/CN/Liaoning-23/2016亲缘关系最近,与NWHEB21、毒株亲缘关系相距最远;其全基因组与CN/Jiangxi-62/2016毒株亲缘关系最近,与CNFJ-1毒株亲缘性最远。结果表明,广西地区犬群普遍存在感染PCV3的情况,理论上丰富了广西地区PCV3的流行病学资料,为PCV3的防治措施的制定和流行病学研究提供一定的参考依据。
- 辛佳亮汪伟杜倩韩知晓闭璟珊孔子荣张书祥孙文超孙文超曹亮郑敏鲁会军
- 关键词：进化分析
