中国热带农业科学院橡胶研究所基本科研业务费专项项目(1630022011014)
- 作品数：15 被引量：67H指数：5
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- 橡胶死皮相关水通道蛋白编码基因的克隆与序列分析被引量：4
- 2013年
- 死皮是指橡胶树(Hevea brasiliensis)产排胶过程中出现的一种割线症状,它是影响橡胶产量的关键因素。研究基于一条在死皮植株中下调表达的EST,采用电子克隆和RT-PCR相结合的方法从橡胶树的树皮中扩增出HbPIP2;2 903 bp的cDNA,该序列包含867 bp的ORF,13 bp的5’UTR和23 bp的3’UTR;基因预测编码288个氨基酸,理论分子量为30.71 kD,等电点为8.20。生物信息学分析显示,HbPIP2;2含有1个保守的MIP结构域,6个跨膜螺旋,细胞膜定位,可归为水通道蛋白(Aquaporin,AQP)家族PIP亚族。同源分析显示,HbPIP2;2与蓖麻(Ricinus communis)、杨树(Populus trichocarpa)、核桃(Juglans regia)和可可(Theobroma cacao)中同源蛋白的相似性都在90%以上,显示出进化的高度保守性。该研究为下一步揭示AQP调控死皮发生的机制创造了条件。
- 邹智莫业勇王丹华安锋杨礼富
- 关键词：橡胶树死皮水通道蛋白
- 蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析
- 2012年
- 基于已公布的蓖麻基因组序列,利用电子克隆技术纠正了拼接错误的WRKY基因序列,获得蓖麻WRKY14基因信息。结果表明:该基因含有3个内含子,编码318个氨基酸的多肽,理论相对分子质量为35.49×103,等电点为8.64,总平均亲水性为-0.803,不稳定系数为46.88,核定位,属于不稳定的亲水性核定位蛋白;该蛋白含有1个WRKY结构域,其基序为WRKYGQK_X13_C_X5_C_X23_H_X1_H,保守内含子位于199位的K和200位的V之间,可归为Ⅱ大类a亚类;RcWRKY14的启动子区含有多种激素和胁迫应答相关元件RcWRKY14在叶片、花、胚乳和种子中都有表达,其中在花中的表达量最高,种子和叶片中次之,胚乳中最低。
- 黄启星郭安平杨礼富邹智
- 关键词：蓖麻WRKY转录因子电子克隆生物信息学分析
- 橡胶树AtSAG12同源基因的克隆与表达特性分析被引量：3
- 2014年
- 本研究以橡胶树为研究对象,采用PCR技术从其根组织中分离到一条长1048 bp的cDNA,并对其进行序列分析。结果表明,该序列包含一1023 bp的开放读码框(ORF),13 bp的5’UTR和12 bp的3’UTR;ORF预测编码340个氨基酸,理论分子量为37.41 kDa,等电点为5.09;蛋白含有1个Inhibitor_I29和1个Peptidase_C1A结构域,与拟南芥SAG12的相似性高达61%,将基因命名为HbSAG12H1。表达分析显示,与AtSAG12在衰老叶片中的特异表达不同,在分析的各种组织中,HbSAG12H1仅在根中被检测到,表现出明显的组织特异性。本研究为下一步的功能研究与利用奠定了基础。
- 邹智刘建汀庄美露杨礼富
- 关键词：巴西橡胶树拟南芥
- 大戟科植物MVK基因家族的全基因组鉴定与分析被引量：1
- 2013年
- 基于已公布的基因组和EST数据,对蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树4种大戟科植物的MVK基因家族进行系统鉴定,并在此基础上分析其基因结构与进化关系。结果表明,这4种植物均含有2个MVK基因,所有基因均含有4个内含子。同源分析表明,MVK广泛存在于各种古细菌、真细菌和真核生物中,显示出较早的起源;虽然MVK在大多数基因组已测序的物种中主要以单拷贝的形式存在,但在所研究的4种大戟科植物中均出现了基因加倍现象,这与玉米和杨树类似。基因表达谱分析显示,在蓖麻的叶片、花、II/III期胚乳、V/VI期胚乳和种子等组织中,RcMVK1的表达丰度总体高于RcMVK2;虽然2个基因表达丰度最高的组织均为II/III期胚乳,但丰度最低的组织却分别为种子和叶片。
- 邹智杨礼富安锋王真辉袁坤
- 关键词：全基因组
- 橡胶死皮相关液泡型水通道蛋白基因TIP1的克隆与序列分析被引量：3
- 2013年
- [目的]死皮是指橡胶树(Hevea brasiliensis)产排胶过程中出现的一种割线症状,它会造成橡胶减产甚至完全绝收。研究对一死皮相关的水通道蛋白(Aquaporin,AQP)基因进行克隆和序列分析,以探讨AQP在死皮发生过程中的作用。[方法]基于一条在死皮植株中下调表达的EST,研究采用电子克隆和RT-PCR相结合的方法从橡胶树的树皮中扩增出HbTIP1 774 bp的cDNA,在此基础上采用生物信息学对基因的序列特征、编码蛋白的理化特性及进化关系进行了分析。[结果]该cDNA包含759 bp的ORF、8 bp的5’UTR和7 bp的3’UTR;基因预测编码252个氨基酸,理论分子量为25.88 kD,等电点为4.96。生物信息学分析显示,HbTIP1含有1个保守的MIP结构域,6个跨膜螺旋,液泡膜定位,可归为水通道蛋白(Aquaporin,AQP)家族TIP亚族。同源分析显示,HbTIP1与可可(Theobroma cacao)、人参(Prunus persica)、橙子(Citrus sinensis)和蓖麻(Ricinus communis)中同源蛋白的相似性都在90%以上,显示出高度的保守性。[结论]该研究为下一步揭示AQP调控死皮发生机制创造了条件。
- 邹智王丹华莫业勇安峰杨礼富
- 关键词：橡胶树死皮水通道蛋白
- 农杆菌vir基因诱导因子研究进展被引量：9
- 2011年
- 在众多遗传转化法中,农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导法以易操作、低费用、插入片段明确、拷贝数低等独特优点成为植物遗传转化的首选。然而,至今仍有许多物种不能被农杆菌转化。研究表明,农杆菌的转化能力是由位于染色体基因组之外Ti质粒上的vir基因决定的。在所有vir基因中,除virA和virG组成型表达外,其它vir基因的表达均需酚类化合物的诱导;糖类物质可增强酚类化合物对vir基因的诱导;低磷酸和酸性pH环境也可促进vir基因的诱导表达。文章论述了酚类化合物、糖类物质、低磷酸、酸性pH和培养温度等因素对农杆菌vir基因诱导表达的影响,以期为更好地利用这一天然载体及为提高转化效率提供依据。
- 邹智
- 关键词：根癌农杆菌
- 橡胶树AtCAB1同源基因的克隆及其在稳定与衰老期叶片中的差异分析被引量：14
- 2013年
- 以一编码蛋白与拟南芥的CAB1高度相似的EST序列作为探针,通过同源搜索从橡胶树的转录组数据中电子克隆到一条长1 415 bp的cDNA,该序列包含一798 bp的ORF及47 bp的5′UTR和570 bp的3′UTR,命名为HbCAB1;在此基础上,采用PCR技术成功扩增了包括该ORF在内的915 bp的cDNA序列。序列分析表明,该基因预测编码265个氨基酸,理论分子量为28.15 ku,等电点为5.25;蛋白含有1个保守的捕光叶绿素a/b结合蛋白结构域,3个跨膜螺旋和1个C端螺旋,1个三聚化基序,以及多个叶绿素和类胡萝卜素结合位点;蛋白与蓖麻(Ricinus communis)、杨树(Populus trichocarpa)、橄榄(Canarium album)中同源蛋白的相似性都在95%以上,显示出基因进化的保守性。半定量RT-PCR分析显示,与稳定期叶片相比,HbCAB1在衰老期叶片中的转录水平显著下调。
- 邹智杨礼富安峰王真辉袁坤庄美露
- 关键词：巴西橡胶树
- 蓖麻LEA基因家族的全基因组鉴定、分类及其进化分析被引量：2
- 2013年
- 基于已公布的基因组和EST数据对蓖麻LEA基因家族进行全面鉴定和系统命名，并在此基础上分析了其基因结构、生化特征、进化关系和表达特性。结果显示，蓖麻基因组中存在27个LEA基因，分属于LEA_1、LEA_2、LEA_3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin和SMP 8个亚家族，它们散布于24条scaffold上，含有0～2个内含子不等，且其中有3个基因存在可变剪接；根据编码蛋白中的Pfam结构域类型及其进化关系，将这些LEA基因依次命名为RcLEA1-1和-2、RcLEA2-1和-2、RcLEA3-1至-3、RcLEA4-1至-7、RcLEA5-1和-2、RcLEA6-1和-2、RcLEA7-1至-5和RcLEA8-1至-4；利用BLAT分析基因表达谱显示，在叶片、花、II/III期胚乳、V/VI期胚乳和种子等组织中，所有RcLEA基因都有表达；启动子分析表明，RcLEA基因的启动子区富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件。
- 邹智黄启星安锋
- 关键词：蓖麻全基因组进化分析
- 橡胶树半胱氨酸蛋白酶基因HbCP2的克隆与表达特性分析被引量：3
- 2014年
- 根据EST和基因组序列设计引物,应用RT-PCR技术从橡胶树的根组织中分离到1条长1056bp的cDNA,该序列包含了1 023 bp的开放读码框(ORF),17 bp的5’UTR和16 bp的3’UTR;ORF预测编码340个氨基酸,理论分子量为37.52 kD,等电点为5.25,属于液泡定位的分泌型蛋白;蛋白含有1个Inhibitor_I29和1个Peptidase_C1A结构域,隶属于木瓜蛋白酶C1家族;蛋白与蓖麻、杨树中同源蛋白的相似性均在80%以上,将基因命名为HbCP2。表达分析显示,在所分析的根、树皮、木质部、芽、叶片、叶柄和乳管等组织中,HbCP2仅在根中被检测到,表现出明显的组织特异性。
- 邹智刘建汀庄美露杨礼富
- 关键词：橡胶树半胱氨酸蛋白酶
- 4种大戟科植物Lhca基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析被引量：4
- 2014年
- LHCI是植物光系统I（PSI）中与色素分子结合的一系列膜蛋白，由Lhca基因家族编码，主要参与光能的捕获与传递。虽然Lhca基因家族已在拟南芥、水稻、杨树等模式植物中得到了系统鉴定，但在以高光效和高生物量著称的大戟科植物中，至今还未见Lhca类基因的报道。研究基于蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树等4种大戟科植物已公布的基因组和EST数据对Lhca基因家族进行全面鉴定，并分析了其基因结构、生化特性及进化关系。结果表明，蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树分别含有6、6、9和9个Lhca基因，分属于Lhca1、Lhca2、Lhca3、Lhca4、Lhca5和Lhca6等6个亚家族，每个亚家族含有1∽2个成员不等，基因的内含子数目在2∽5个之间，部分基因还存在可变剪接形式。进化分析显示，Lhca1和Lhca3亚族具有较早的起源，Lhca2和Lhca6存在于陆生生物中，Lhca4和Lhca5则只存在于高等植物中；在木薯和橡胶树中，Lhca1、Lhca2和Lhca4亚族都出现了基因的扩增。
- 邹智杨礼富安锋林位夫
- 关键词：全基因组进化分析
