兰州市科技发展计划项目(2011-1-113)
- 作品数：2 被引量：7H指数：2
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- 相关机构：西北民族大学更多>>
- 发文基金：甘肃省科技支撑计划兰州市科技发展计划项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 兰州大尾羊心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因克隆及其同源性比较被引量：5
- 2013年
- 【目的】克隆兰州大尾羊心脏型肪酸结合蛋白(H-FABP)基因全长cDNA序列,为研究绵羊H-FABP生物学作用和生产应用提供理论依据。【方法】根据已知哺乳动物H-FABP基因cDNA序列,设计5'和3'特异引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得兰州大尾羊H-FABP基因全长cDNA序列。【结果】扩增获得兰州大尾羊5'端425 bp、3'端231 bp片段和177 bp中间片段,拼接获得748 bp兰州大尾羊H-FABP基因全长cDNA序列(GenBank登录号:JQ780322)。兰州大尾羊H-FABP基因ORF长402 bp,编码133个氨基酸。核苷酸序列分析显示兰州大尾羊H-FABP基因序列与大多数哺乳动物相似,但其第66位发生的碱基转换(T←→G)引起所编码的第22位天门冬氨酸(N)不同于其它所有物种的赖氨酸(K)。构建的基因进化树分析结果显示兰州大尾羊与山羊亲缘关系最近。预测兰州大尾羊H-FABP蛋白质的空间结构与山羊和牛H-FABP类似,由2个α螺旋和10个反向平行的β折叠组成,10个折叠片围成一个桶状结构,疏水性残基位于桶内,用于结合脂肪酸。【结论】克隆了兰州大尾羊H-FABP基因,为进一步研究该基因的功能奠定了基础。
- 徐红伟柏家林冯玉兰曹忻蔡勇金方圆达小强杨具田臧荣鑫
- 关键词：兰州大尾羊H-FABP基因CDNA末端快速扩增
- 兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 克隆兰州大尾羊促分裂素原活化蛋白激酶MAPK13基因,并分析其序列及其编码蛋白的生物学特性,为研究绵羊MAPK13基因的功能和生产应用提供参考。根据绵羊MAPK13基因CDS序列设计特异引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因全长序列,并结合生物信息学方法分析其生物学特性。克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因cDNA序列全长1 397 bp,其CDS区片段长1 102 bp,编码367个氨基酸。预测兰州大尾羊MAPK13蛋白分子量为42.29 kD,理论等电点为8.82,为非跨膜的疏水性蛋白,亚细胞定位主要在细胞质中,无信号肽,不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有19个磷酸化位点,3个糖基化位点,3个磷酸化功能结构域,4个其他结构域,1个LCR片段,二级结构以α-螺旋为主。同源性分析显示兰州大尾羊MAPK13基因序列与已发布的绵羊MAPK13 mRNA序列(登录号:NM_001139455.1)相比,其第852位发生碱基转换(CA),导致编码蛋白第265位氨基酸发生碱基转换(ST),同时,第951位发生碱基转换(TG),但其所编码氨基酸不变。构建的基因进化树分析结果显示兰州大尾羊与牛亲缘关系最近。兰州大尾羊与其他物种MAPK13基因在结构上相似性较高,说明该基因具有高度的保守性,其序列包含的S_TKc结构域可将ATP的γ磷酰基转移到蛋白质丝氨酸/苏氨酸残基上,导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化,为进一步研究MAPK13基因与成脂分化过程的相关性提供了参考。
- 金方园徐红伟达小强臧荣鑫柏家林曹忻蔡勇冯玉兰杨具田
- 关键词：兰州大尾羊CDNA生物信息学
