国家自然科学基金(41071034)
- 作品数：22 被引量：93H指数：7
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- 中国南海康氏马鲛线粒体COI序列遗传变异分析被引量：5
- 2016年
- 在测定的采自广东饶平、阳江和广西东兴海域的62尾康氏马鲛（Scomberomorus commerson）线粒体COI基因711 bp序列中,共检测到26个变异位点,18个单倍型,总体呈现出高单倍型多样性（Hd=0.808±0.040）和低核苷酸多样性（π=0.004 0±0.000 6）的特点。邻接树上出现了3个分支,分支间Fst为0.811-0.833且P〈0.001,Nm为0.1-0.117;AMOVA分析显示分支间遗传变异占82.61%。表明3个分支间分化程度高,推测分歧时间为（89-22.67）万年前中更新世时期,可能原因是受到更新世冰期和间冰期交替的影响。但分支内与分支间都有不同地理来源的个体,没有出现明显的地理聚群;不同地理群体间Fst为-0.027-0.066,Nm均大于4或小于0;群体内个体间变异为96.34%。均表明群体间基因交流频繁,遗传分化程度并不高。3个分支中Clade A分支经历过种群快速扩张事件,可能是末次冰期期间康氏马鲛进入外海并受洋流及生存空间改变的影响。
- 曹艳章群宫亚运吕金磊杨喜书
- 关键词：种群结构
- 基于线粒体控制区的中国近海绿鳍鱼遗传多样性分析被引量：4
- 2018年
- 为探讨中国近海绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)遗传多样性和种群结构,测定了辽宁、山东、江苏、浙江以及广东等中国沿海5个省6个地理群体112尾样本线粒体控制区838bp全序列,共检测到15个变异位点,22个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.849±0.019)与低核苷酸多样性(π=0.001 85±0.000 12)特点。在邻接树和单倍型网络图中,没有出现明显的谱系结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst值小而不显著(-0.034 61~0.038 28,P>0.05);AMOVA分析显示不同地理群体、不同海域间与台湾海峡南北两侧都不存在明显遗传分化(-0.32~1.19),遗传变异主要存在群体内个体之间(99.08%~100.40%),表明中国近海绿鳍鱼为母系随机交配群体,推测原因可能是绿鳍鱼为洄游性鱼类,且所产漂浮性卵受海流携带能进行远距离传播。中性检验呈极显著负值(Fs=-16.099 6,P=0),核酸不配对分布图为单峰分布,推测绿鳍鱼整体及除吕四群体外的其它群体在3.00万年~10.00万年前发生种群扩张,可能是受到晚更新世冰期与间冰期影响。
- 卢丽锋章群杨喜书黄镇宇唐楚林周琪
- 关键词：中国近海线粒体控制区
- 长江和闽江长体鳜遗传多样性的细胞色素b全序列分析被引量：1
- 2014年
- 对长江水系中江西都昌和闽江水系中福建建瓯2个群体23尾长体鳜细胞色素b全基因的1 141 bp序列进行分析,发现15个变异位点,其中简约信息位点7个,共有13个单倍型,总体单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(Pi)分别为0.933(±0.030)和0.00241(±0.030),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。中性检验结果显示Fu’s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明长体鳜在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代约为6万年前,为更新世晚期。在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间的Fst和Nm值分别为0.06667和3.5。AMOVA分析表明,长体鳜群体内遗传差异(95.17%)大于群体间(4.83%)遗传差异,遗传变异主要是集中在群体内部,表明都昌和建瓯的长体鳜群体间没有出现明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。
- 周文漪阮燕如邓春兴薛丹章群
- 关键词：细胞色素B
- 基于线粒体COⅠ序列的中国前鳞(鱼夋)遗传多样性分析被引量：5
- 2019年
- 前鳞(鱼夋)(Liza affinis)是分布于西北太平洋的日本南部及中国台湾海域等的经济鱼类。为了解中国前鳞(鱼夋)的遗传背景,该研究分析了采自中国4省82尾样本COⅠ基因5'端712 bp序列,共发现21个单倍型,遗传多样性(H_d=0.4840±0.0700,π=0.0010±0.0002)较低。根据群体所属的地区、海域、海峡进行分组,通过AMOVA分析,得出组间的Fst值皆小于0.05,P值皆大于0.05,组间变异的比例极低(–0.6%～0.46%),表明中国前鳞(鱼夋)群体间无明显分化,其原因可能是:1)频繁的基因交流。前鳞(鱼夋)的洄游范围较大,且受海流影响,导致不同地区的群体间有着密切的基因交流;2)近期种群扩张事件。中国前鳞(鱼夋)整体的Fu’s F_s值为显著性负值(F_S=–20.3900,P=0),核苷酸错配峰图为明显单峰,单倍型网络图呈星状结构,均表明中国前鳞(鱼夋)群体经历过种群扩张,估算扩张大约发生在13.4199～1.4911万年前,可能是冰期和间冰期的交替中海平面的变化所致。此外,洞头群体的遗传多样性(H_d=0.8080±0.1130,π=0.0021±0.0006)明显高于其他地理群体,建议将其作为优先保护的对象。
- 黄镇宇章群卢丽锋周琪唐楚林
- 基于线粒体控制区序列的海南须鲫遗传多样性分析
- 2014年
- 测定了海南岛南渡江和万泉河2个水系33尾须鲫线粒体控制区5'端520 bp序列,共发现5个变异位点,其中简约信息位点4个,没有插入、缺失,转换颠换比为4,定义了5个单倍型。万泉河和南渡江群体的单倍型多样度分别为0.6762(±0.1006)与0.6993(±0.0435),核苷酸多样度分别为0.00249(±0.001849)与0.00260(±0.001887),二者均处于较低水平。中性检验结果显示Fu's Fs为正值且不显著(0.288,P>0.1),核苷酸不对称分布不呈明显单峰,表明海南须鲫历史上没有发生快速种群扩张,种群大小相对稳定。2个群体间没有显著遗传分化(Fst=0.03638,P>0.1),海南须鲫群体可作为一个管理保护单位。
- 邓春兴周文漪郜星晨许忠能章群
- 关键词：线粒体控制区
- 基于线粒体COⅠ基因的中国近海棱鳀属鱼类DNA条形码被引量：7
- 2016年
- 为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5＇端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T：29.0%,C：26.3%,A：25.3%,G：19.4%,A＋T含量（54.3%）高于G＋C含量（45.7%）,转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%（0.0%-0.4%）和17.7%（15.7%-19.0%）。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebert提出的种间遗传距离（15.7%-18.6%）大于或等于10倍种内遗传距离（0.0%-0.3%）的标准,确定了它们的物种有效性。黄吻棱鳀和中颌棱鳀的种内遗传距离皆为0.1%,与其他4种棱鳀的种内遗传距离处于同一水平;但二者种间遗传距离仅为0.6%,明显低于其他物种间的种间遗传距离,属于一般物种的种内遗传距离范围,表明二者亲缘关系很近;由于外部形态存在一定的差异,且在分子系统树上各为单系,二者可作为同一物种的2个不同亚种处理,但也不排除是2个近期分化形成物种的可能,在资源管理上应作为2个不同的进化显著单位分别加以管理。
- 宫亚运章群曹艳吕金磊杨喜书
- 关键词：DNA条形码
- 基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究被引量：9
- 2019年
- 笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。
- 唐楚林肖林章群周琪徐示王业磷
- 关键词：笛鲷属DNA条形码
- 中国近海细鳞鯻线粒体控制区的遗传多样性被引量：4
- 2018年
- 通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P>0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P<0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P>0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。
- 杨喜书章群薛丹吕金磊黄镇宇卢丽锋
- 关键词：线粒体控制区种群结构
- 中国近海军曹鱼线粒体细胞色素b基因序列的遗传变异被引量：4
- 2014年
- 测定了连云港、舟山、防城群体34 ind军曹鱼（Rachycentron canadum）线粒体细胞色素b基因883 bp序列,共检测到5个变异位点,发现6个单倍型,平均单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（7r）分别为0.324和0.000 4,总体表现出较低的遗传多样性;其中连云港群体遗传多样性最高,单倍型多样性和核苷酸遗传多样性分别为0.473±0.162和0.000 57±0.005 93;而舟山群体没有任何变异.连云港与舟山、防城群体间的FST值分别为0.029（P =0.00）与0.042（P=O.00）,舟山与防城群体间的FST为-0.048 03（P =0.00）,表明连云港与其它两个群体间仅有较低的分化而舟山与防城群体间无明显分化.分子方差分析（AMOVA）表明,3个群体的遗传变异大部分来自于群体内（74.45％,P=0.000）.军曹鱼单倍型拓扑结构呈星状排列,将3个群体作为一个整体进行Tajimas D和Fu＇s Fs分析,二者均为显著负值（FST=-1.922 40,P＜0.00;FST=-5.735,P＜0.00）,表明军曹鱼在历史上经历了种群的扩张,根据（T）的观察值0.364,估算出军曹鱼种群扩张时间约为3.1 ～1.2万年,即末次冰盛期.
- 阮燕如周文漪李贵生章群
- 关键词：军曹鱼细胞色素B
- 基于线粒体控制区的中国南海海域卵形鲳鲹遗传多样性被引量：7
- 2017年
- 为探讨中国南海重要经济鱼类卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)的遗传多样性,测定了广东闸坡、乌石、安铺和广西东兴以及海南新盈等5个地理群体97 ind样品的线粒体控制区5'端359 bp序列,发现47个变异位点,32个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.951)和高核苷酸(π=0.020 9)多样性的特点。在邻接树和单倍型网络图中出现2个分化显著但不存在明显地理聚群的分支,推测二者的分化时间约为60~18万年前(中更新世),可能是中更新世冰期海平面下降形成边缘海而导致隔离,间冰期海平面上升后出现二次接触。不同地理群体间的遗传分化不显著(Fst=-0.022 4~0.045 3),AMOVA分析也显示97%以上的遗传变异来源于群体内个体间。卵形鲳鲹2个谱系及总体的核苷酸错配图呈现多峰,中性检验均为负值不显著(P>0.05),表明都未经历过大规模的种群扩张,处于相对稳定的状态。
- 吕金磊章群杨喜书宫亚运曹艳
- 关键词：卵形鲳鲹线粒体控制区
