国家自然科学基金(30971799)
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 相关作者：刘忠松陆赢刘显军徐海鹏刘旭东更多>>
- 相关机构：湖南农业大学华中农业大学更多>>
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- 芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析被引量：1
- 2016年
- 为获得高精确度的芥菜型油菜A 9染色体物理图,本研究利用定位在A 9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行三维混合PCR筛选,共得到阳性BAC 3200个;构建了由1 6 个重叠群、5 个单拷贝组成的芥菜型油菜A 9染色体物理图谱.根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 4 3 5 个,并进行双末端测序,得到质量良好的序列862条;按照BAC平均插人片段为126 k b ,可知所有重叠群累积达52. 08 M,覆盖A 9染色体的1. 37倍.利用BLAST软件（ 按参数值E 〈 1e - 10）将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A 9 染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了 36. 4 、31. 0 M b的物理距离,相当于全基因组组装长度的93. 9 % 、91. 8% ;在862条BESs中,分别有702条（81. 40% ） 定位在白菜A 9染色体上,6 4 6 条（74. 9% ） 定位在甘蓝型油菜A 9染色体上,表明芥菜型油菜A 9染色体同白菜A 9染色体同源性高于甘蓝型油菜A 9染色体;芥菜型油菜A 9染色体同甘蓝型油菜A 9染色体,相对白菜A 9染色体6413031-7827177、14856710 - 18458808的位置发生了两处相同的分别长为1 .4 、3. 6 M b的倒位,白菜和芥菜型油菜A 9 染色体相对于甘蓝型油菜15676847 - 16064302的区域存在长为0.98 M b的插人片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致.
- 刘芳瑛陆赢王卓刘显军胡学芳刘旭东徐海鹏刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜物理图谱比较基因组
- 油菜种子发育早期种皮颜色的快速鉴定方法
- 2011年
- 利用香草醛与原花色素生成有色物质的原理,创建了一种简单、快捷、可靠的油菜种皮颜色鉴定方法,在授粉后15 d能准确鉴定芥菜型和甘蓝型油菜种子的种皮颜色,利于在油菜开花结束前进行黄籽性状选择。
- 陆赢刘显军官春云刘淑艳刘忠松
- 关键词：油菜种皮颜色
- 芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析
- 2019年
- 以四川黄籽自交系和紫叶芥自交系多次杂交形成的F6代重组自交系(RIL)群体为材料,运用基因分析技术,构建芥菜型油菜遗传图谱。采用锚定BAC的方法,构建重叠群,最终构建了由16个重叠群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱,参考芥菜基因组,估计该物理图谱长度为46.26 Mb,与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组进行比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。
- 李乐刘芳瑛陆赢刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜物理图谱
- 芥菜型油菜品种四川黄籽的BAC文库构建与分析被引量：1
- 2019年
- 为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量BAC文库。该文库由82944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基因组1000Mb计算,文库覆盖度约为油菜基因组的11.6倍。BAC末端序列比对分析结果显示,克隆被均匀比对到芥菜型油菜的18条染色体上,并且无任何叶绿体、线粒体和细菌基因组DNA污染。
- 罗松予罗美中刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜黄籽BAC文库
