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变形链球菌高毒力株特异DNA片段的序列测定及生物信息学分析被引量：5: 2006年; 目的将筛选得到的变形链球菌高毒力株特异的DNA片段序列与数据库中已知序列进行对比,发现高毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能。方法对筛选得到的c血清型变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段进行序列测定,利用BLAST2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码的氨基酸的相似性检索。结果变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段中,2个为重复克隆,片段大小在113～776bp之间,平均G+C含量为38.59%,与已完成测序的变形链球菌UA159基因编码区的G+C含量相近。发现了5个新的基因片段,其余的片段均与变形链球菌UA159基因组中的基因有高度的同源性。依据推测的功能,高毒力株特异的DNA片段主要与信号转导及转录调节、修复应激损伤、生化代谢、外膜蛋白合成及粘附以及目前功能仍未知或不确定的假想蛋白有关。结论利用生物信息学相关软件及数据库进行c血清型变形链球菌高毒力株特异DNA片段的基因分析、识别及功能预测,发现了5个新的基因片段以及高毒力株特异的DNA片段的主要功能,为进一步的基因功能研究奠定基础。; 郭丽宏史俊南; 关键词：变形链球菌测序生物信息学

利用抑制消减杂交技术构建变形链球菌高毒力株特异的基因文库被引量：4: 2005年; 目的构建c血清型变形链球菌高毒力株特异的基因文库,为变形链球菌毒力基因的筛选奠定基础.方法从一对c血清型变形链球菌高、低毒力株中提取基因组DNA,用四碱基限制性内切酶酶切,以高毒力株的DNA酶切产物为tester DNA,低毒力株的DNA酶切产物为driver DNA,tester DNA连接接头后与driver DNA进行抑制消减杂交,并检测连接效率与消减效率.将获得的消减PCR产物与pCR2.1载体连接,转化E.coliTOP10F'感受态细胞,进行蓝白筛选.结果从识别四碱基序列的限制性内切酶中,筛选出Alu工,用于制备变形链球菌基因组DNA的代表性片段,产生的酶切产物位于0.1～2.0kb.testerDNA与接头的连接效率大于25%,抑制消减杂交后消减效率检测显示,同时存在于tester与driver DNA中的23S rRNA基因在消减组中出现时间较未消减组晚6个循环,将消减PCR产物克隆后,挑取96个转化子,构建高毒力株特异的基因文库.结论利用抑制消减杂交技术,进行c血清型变形链球菌高、低毒力株之间基因组DNA的比较,初次构建了高毒力株特异的基因文库.; 郭丽宏史俊南张莹; 关键词：变形链球菌抑制消减杂交基因组DNA

同一口腔中c血清型变形链球菌高、低毒力株的筛选被引量：15: 2003年; 目的 :由同一高龋者口腔中分离出c血清型变形链球菌高致龋毒力的菌株和低致龋毒力的菌株 ,为变形链球菌的比较基因组研究奠定基础。方法 :从 4个方面比较 2 4株c血清型变形链球菌临床分离株对唾液包被羟基磷灰石的黏附能力、产酸和耐酸能力以及合成胞外多糖的能力。结果 :筛选出位于同一口腔中的高、低毒力株。结论 :同一口腔中存在着 2株或 2株以上致龋能力不同的c血清型变形链球菌。; 郭丽宏史俊南朱硃肖晓蓉; 关键词：变形链球菌毒力因子

c血清型变形链球菌低毒力株特异DNA片段的生物信息学分析被引量：2: 2006年; 目的：发现c血清型变形链球菌低毒力株特异的新基因或已知基因的新功能，推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能。方法：对筛选得到的26个变形链球菌低毒力株特异的DNA片段进行序列测定，利用BLAST2．2．6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码氨基酸的相似性检索。结果：变形链球菌低毒力株特异的DNA片段大小在113～776bp之间，平均G＋C含量为38．27％，其中有8个片段为新的基因片段，在GenBank中登记。结论：发现了8个新的基因片段以及低毒力株特异的DNA片段的主要功能，为下一步的基因功能研究奠定基础。; 郭丽宏史俊南张莹; 关键词：变形链球菌测序生物信息学

c血清型变形链球菌抑龋相关基因/DNA片段的高通量筛选被引量：2: 2004年; 目的　筛选含抑龋相关基因 /DNA片段的阳性克隆 ,为探究变形链球菌高、低毒力株致龋能力的差异奠定基础。方法　将抑制消减杂交方法获得的低毒力株特异的消减PCR产物与T/A载体pCR2 .1连接 ,将连接产物转化E .coliTOP10F′感受态细胞 ,进行蓝白筛选。对 96个转化子进行ClonyPCR ,将PCR产物点样于同一尼龙膜上 ,分别与地高辛标记的变形链球菌高、低毒力株基因组DNA -AluI酶切产物杂交 ,高通量筛选阳性克隆。结果　随机挑取了 96个白色或白色中央有蓝色的菌落 ,经过ClonyPCR ,其中有 4个转化子的扩增产物为双带 ,其余均为 0 .2～ 2 .0kb之间的单一条带 ,由原转化平板上另外挑取 4个白色菌落替代 ,其中 1个未扩增出产物。经过杂交 ,以与低毒力株基因组有杂交信号 ,而与高毒力株基因组无杂交信号或信号明显弱的转化子为阳性克隆 ,筛选的阳性率为 5 0 %左右 ,阳性克隆中含有c血清型变形链球菌抑龋相关的基因 /片段。结论　对抑制消减杂交方法获得的变形链球菌低毒力株特异的消减PCR产物进行高通量筛选 ,获得了抑龋相关基因; 郭丽宏史俊南郑建国; 关键词：变形链球菌相关基因高通量筛选血清型 DNA片段 PCR产物

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国家自然科学基金(30271417)