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基因芯片对骨肉瘤发病相关基因的筛查被引量：2: 2007年; 目的:筛查骨肉瘤发病相关的基因,探讨其对于骨肉瘤发病的意义。方法:采用3个骨肉瘤细胞株(MG-63、Saos-2、U-2OS)及1个成骨细胞株(Hfobl.19),提取总RNA,合成生物素标记的cRNA,与Affymetrix^(?)GeneChip^(?)U133A芯片杂交,筛查骨肉瘤细胞差异表达≥2.0倍的基因。挑选其中10个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光(SYBR^(?) GreenⅠ)实时PCR法定量检测9例新鲜骨肉瘤标本中该10个基因的表达水平,应用ABI Prism 7 000分析其与成骨细胞株之间的表达差异。结果:在芯片包含的所有基因(约22 000个转录本)中,3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调58个基因,共同下调142个基因;这些差异表达基因主要包括能量和物质代谢基因、癌基因、信号转导基因、转录相关基因、细胞周期基因、细胞凋亡基因、免疫反应基因、抑癌基因等。在200个差异表达基因中挑选10个差异表达基因,利用实时RT- PCR检测9例骨肉瘤组织标本中该10种基因的表达结果与芯片结果完全相符。结论:骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片可以发现该肿瘤发病相关的基因,为深入探讨骨肉瘤的基因机制奠定基础。; 李国东蔡郑东张寅权汝鸣纪方; 关键词：骨肉瘤细胞成骨细胞差异表达基因

基因微矩阵技术在骨肉瘤发病相关基因研究中的应用被引量：5: 2005年; 目的探索骨肉瘤发病相关基因,研究基因表达水平对于骨肉瘤发病的重要意义。方法采用3个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株,提取总RNA,合成生物素标记的cRNA与AffymetrixGeneChipU133A芯片杂交。随机挑选10个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光法(SYBRGreenI)实时RTPCR法定量测量9例术中收集的新鲜骨肉瘤标本中各基因的表达水平,应用ABIPrism7000分析其与成骨细胞株之间的表达差异。结果以表达差异≥2.0倍为限,在AffymetrixHGU133A芯片包含的所有基因(约22000个转录本)中,3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调58个基因;共同下调142个基因。随机挑选10个差异表达基因的实时RTPCR结果与芯片结果完全相符。结论骨肉瘤是一种多基因病变,应用微矩列有助于发现该肿瘤的基因变化规律以及研究肿瘤内基因与基因的相互作用关系。; 李国东蔡郑东陈正军卢雪峰雷会宁郑龙坡; 关键词：骨肉瘤基因骨肉瘤细胞株相关基因研究 AFFYMETRIX 发病 GENECHIP

整合组学分析在骨肉瘤生物标志物筛选中的应用被引量：3: 2012年; 目的建立整合组学分析方法以筛选骨肉瘤早期诊断的生物标志分子。方法分别采用基因芯片和SELDI．TOF-MS技术筛选候选的骨肉瘤标志基因和骨肉瘤血清标志物。运用Link-test统计学方法对基因芯片和SELDI-TOF-MS数据进行整合分析，提取骨肉瘤早期诊断的候选标志分子。结果基因芯片在骨肉瘤细胞系中筛选到653个候选骨肉瘤标志基因；SELDI-TOF-MS技术在骨肉瘤患者血清中检测到6个差异显著的候选质谱峰标志物。利用Link-test整合分析一共鉴定出13个候选的骨肉瘤标志分子。结论整合组学分析法是一个稳定有效的筛选骨肉瘤早期诊断标志分子的方法，可以作为骨肉瘤早期诊断的监测平台。; 李国东蔡郑东马小军孙梦熊李健; 关键词：骨肉瘤生物医学技术

活化蛋白激酶在骨肉瘤中的表达及其意义被引量：6: 2006年; [目的]探讨细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)中细胞外信号调节蛋白激酶(ERK)、c-jun氨基末端激酶(JNK)、P38三条通路在骨肉瘤发生中的作用。[方法]用免疫组织化学技术EnV isionTM法检测48例骨肉瘤标本及25例成骨性良性肿瘤标本中ERK、JNK、P38蛋白的表达,并比较他们的差异。[结果]ERK、JNK、P38三种蛋白在骨肉瘤组的阳性率分别为83.3%(40/48),72.9%(35/48)和85.4%(41/48),在成骨性良性肿瘤组中的阳性率分别为16.0%(4/25),12.0%(3/25)和20.0%(5/25),骨肉瘤组织中ERK、JNK、P38蛋白阳性率及阳性强度均明显高于成骨性良性肿瘤(P<0.01)。[结论]MAPK中ERK、JNK、P38三条通路在骨肉瘤发生中均发挥了重要作用,用免疫组织化学方法检测MAPK,可为临床骨肉瘤与良性骨肿瘤的诊断与鉴别诊断提供参考指标。; 雷会宁蔡郑东郑建明李国东郑龙坡; 关键词：免疫组织化学骨肉瘤

溶酶体相关基因在骨肉瘤中的表达和功能: 2011年; 目的寻找可能的骨肉瘤血清蛋白标志物，探讨溶酶体相关基因存骨肉瘤中的表达和功能。方法分别利用基因芯片和激光解析离子化飞行时间质谱（SELDI—TOF—MS）技术筛选3个骨肉瘤细胞株和27例骨肉瘤患者血清中差异表达的基因和血清蛋白质峰。采用Link—test统计学方法筛选得到骨肉瘤血清标志蛋白，采用MATLAB软件对653个差异表达的标志蛋白进行功能聚类分析，并对溶酶体相关基因进行KEGG分析。结果本实验在骨肉瘤细胞株中共筛选出653个候选骨肉瘤标志基因，在骨肉瘤患者血清中共筛选到9个差异表达的蛋白质谱峰。通过Link—test统计分析，共筛选到15个差异表达的骨肉瘤血清标志蛋白。骨肉瘤相关基因SCARB2、GNS和DNASE2等在溶酶体信号通路中显著富集。结论溶酶体相关基因表达失调和溶酶体功能紊乱是骨肉瘤形成的原因之一，可以作为骨肉瘤的诊断标志物。溶酶体可以作为骨肉瘤治疗的靶细胞器。; 李国东蔡郑东孙健孙业青孙伟张寅全; 关键词：骨肉瘤溶酶体基因表达

凋亡相关基因在骨肉瘤细胞中的表达及其临床意义被引量：4: 2009年; 目的探讨凋亡相关基因在骨肉瘤细胞中的表达及其临床意义。方法采用3个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株，提取总RNA，合成生物素标记的cRNA与Affymetrix Ge—neChip U133A芯片杂交，筛选差异表达的凋亡相关基因。利用MATLAB软件进行细胞凋亡通路的KEGG分析。结果以表达差异≥2．0倍为限，在Affymetrix HG—U133A芯片包含的所有基因中，3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株比较，一共筛选出7个差异表达的凋亡相关基因：3个上调基因（IKBKB、IL1R1和FAS），4个下调基因（TP53、PPP3CB、PPP3CC和APAF1）。利用MATLAB软件将7个差异表达的凋亡相关基因映射到KEGG的凋亡通路上。结论骨肉瘤是细胞增殖和细胞凋亡间平衡失调的结果，通过调控细胞凋亡相关基因的表达可以诱导肿瘤细胞凋亡，达到抗肿瘤目的。; 李国东蔡郑东张寅权龚海洋唐昊张秋林; 关键词：骨肉瘤基因表达脱噬作用

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