江西省自然科学基金(20122BAB214029)
- 作品数：2 被引量：50H指数：2
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 樟树不同组织总RNA提取方法比较及RT-PCR检测被引量：3
- 2013年
- 采用Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法,Trizol试剂盒法和本实验室改良的CTAB法,分别提取樟树不同组织(根、茎、叶和花)的总RNA,并对提取效果进行了检测和比较分析。结果表明:(1)采用本实验室改良的CTAB法提取的RNA完整性好,无杂质污染且得率高,稳定性好,可满足半定量RT-PCR等试验需要;而Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法和Trizol试剂盒法提取的樟树不同组织总RNA,结果均不理想,存在RNA 28S rRNA谱带模糊不清、有DNA污染、降解严重和得率低等问题,这两种方法均不适用于樟树不同组织RNA的提取。(2)樟树不同组织总RNA提取的得率不同,其中叶片的总RNA得率最高,达到782.34 mg/kg;茎的得率最低,为514.33 mg/kg。(3)以Actin作为内参基因,对樟树根、茎、叶和花中的Fad2基因片段进行半定量RT-PCR检测,结果表明,Fad2基因片段在樟树叶片中的表达量相对较高,而在花中的表达量较低。
- 伍艳芳徐海宁宋晓琛江香梅
- 关键词：总RNART-PCR检测
- 樟树5种化学类型叶片转录组分析被引量：48
- 2014年
- 樟树(Cinnamomum camphora)是樟科植物的一个代表种,具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途。叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物。依据叶精油中主要成分的种类和含量,可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5种化学类型。文章采用Illumina HiSeq?2000高通量测序技术,对5种化学类型叶片转录组进行测序,对测序得到的所有Unigene进行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类,给出功能注释和Pathway注释,并预测Unigene蛋白编码区(Coding sequence,CDS)。De novo组装共获得156 278个Unigene,序列平均长度584 bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大Unigene长度)为1 023bp。通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast搜索比对,共有55 955条Unigene获得了基因注释,占所有Unigene的35.80%。其中,有24 717条Unigene得到GO注释,有21 806条Unigene得到COG注释。KEGG pathways分析结果表明,共有3 350条基因(10.19%)注释到次生代谢生物合成途径,其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类骨架合成的Unigene有424个。在单萜合成的代谢通路中,有9条Unigene可能编码芳樟醇合成酶基因,且表达分析结果显示,芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达,在油樟化学类型中表达水平较低。这些注释信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据。
- 江香梅伍艳芳肖复明熊振宇徐海宁
- 关键词：RNA-SEQ基因注释
