国家杰出青年科学基金(30925008)
- 作品数：5 被引量：32H指数：3
- 相关作者：雷富民黄原柯杨李雪娟杨超更多>>
- 相关机构：中国科学院陕西师范大学中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：国家杰出青年科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 黑尾地鸦线粒体基因组序列测定与分析被引量：13
- 2010年
- 采用长PCR扩增的线粒体DNA和引物步移法,测定并注释了中国特有鸟类-黑尾地鸦(Podoces hend-ersoni)的线粒体基因组全序列。黑尾地鸦的mtDNA序列全长16867bp,GenBank登录号GU592504。基因含量和排列次序与原鸡的一致,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA和1个控制区(D-loop)。除COI基因以GTG作为起始密码子外,其余12个蛋白质编码基因均以典型ATG密码子起始。11个蛋白编码基因以完全终止密码子TAA、AGG或AGA终止,COIII和ND4基因终止密码子为不完整的T。tRNASer(AGY)的DHU臂缺失,tRNALeu(CUN)的反密码子环由9个碱基构成,而不是标准的7个碱基。其余的20个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。预测了rRNA的二级结构,其中,12S rRNA二级结构包含4个结构域,43个茎环结构;16S rRNA的二级结构包含6个结构域,55个茎环结构。此外,在其他鸟类控制区中所发现的F-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box和CSB1-box也同样存在于黑尾地鸦中。
- 柯杨黄原雷富民
- 关键词：线粒体基因组控制区
- 部分山雀科鸟类的DNA条形码与物种识别被引量：3
- 2010年
- 近年来,DNA条形码(DNA barcodes)被认为是鸟类物种识别和分类的有效手段。采用遗传距离和构树这两种方法检验了线粒体基因COⅠ片断作为DNA条形码区分包括长尾山雀在内的山雀科鸟类的识别效果。此次实验分析了92条COⅠ序列,其中50条来自GenBank,代表了该科的30个物种。分析结果表明:尽管山雀科鸟类呈现出较大的种内变异,但是该科鸟类的种间遗传距离还是远大于种内的遗传距离。COⅠ条形码可识别出大部分的山雀科物种,同时该条形码还可鉴定出亚种组、亚种、甚至地理种群。然而,对于近期分化和存在杂交的物种,COⅠ难以鉴定出。在此情况下,探索应用核基因条形码或者采用基于碱基属性的鉴定方法则可以弥补这一缺陷。比较古北界、东洋界与新北界(北美)的山雀类发现,古北界和东洋界的山雀具有较大的种内变异且种群内具有较大的遗传分化,推测这很可能和第四纪冰川的影响有关。
- 戴传银张瑞莹尹祚华雷富民
- 关键词：山雀科DNA条形码种群分化
- 中华攀雀线粒体基因组全序列测定与分析被引量：3
- 2013年
- 该研究使用长PCR扩增和引物步移法测定了中华攀雀(Remiz consobrinus)线粒体基因组全序列,在对序列进行拼接和注释的基础上,分析了其结构、序列组成及蛋白编码基因密码子使用情况等,并对22个tRNA和2个rRNA的二级结构以及控制区结构进行了预测及系统发育分析,为雀形目鸟类的系统发育研究提供了新信息。中华攀雀线粒体基因组全长16737bp,GenBank登录号KC463856,碱基A、T、C、G的含量分别为27.8%、21.5%、35.4%及15.3%,37个基因排列顺序与已报道的其他鸟类基本一致,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因及1个非编码的控制区(D-loop),有18对基因间共存在77bp的间隔,7对基因间共存在30bp的重叠。除ND3基因的起始密码子为ATT外,其余均为标准的ATG,11个蛋白编码基因的终止密码子为TAA、TAG、AGA或AGG,2个为不完全终止密码子T(COⅢ、ND4)。除tRNASer-AGNDHU臂缺失外,其余21个tRNA均可形成典型的三叶草结构,在出现的27处碱基错配中有19处为常见的G-U错配。SrRNA和LrRNA二级结构分别包含3个结构域47个茎环结构和6个结构域60个茎环结构,与所发表的其他鸟类rRNA二级结构大体一致。中华攀雀控制区发现了同样存在于其他鸟类控制区的保守框F-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box和CSB1-box。该研究支持将攀雀科作为独立的科,同时,支持莺总科与攀雀科的单系性。
- 高瑞瑞黄原雷富民
- 关键词：线粒体全基因组蛋白编码基因控制区
- 山鹧鸪属鸟类线粒体基因组的比较及系统发育研究被引量：13
- 2014年
- 海南山鹧鸪(Arborophila ardens)对生境选择比较严格,种群数量稀少,属于濒危物种。为进一步研究山鹧鸪属的进化和系统发育关系,文章利用Illumina Hiseq2000高通量测序技术获得了海南山鹧鸪线粒体全基因组序列,从比较基因组学角度分析了4种山鹧鸪鸟类的线粒体基因组特征,并探讨了山鹧鸪属鸟类的系统发育地位。研究结果表明:(1)海南山鹧鸪线粒体基因组长度为16 730 bp,编码13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因以及1个控制区;(2)山鹧鸪属物种受到了纯化选择的作用,且在进化过程中积累了更多的非同义替换;(3)山鹧鸪属位于雉科鸟类系统树的基部位置,其中白眉山鹧鸪与红喉山鹧鸪互为姐妹群,海南山鹧鸪位于山鹧鸪属的基部位置,与其他3种山鹧鸪鸟类的亲缘关系较远。
- 李雪娟黄原雷富民
- 关键词：海南山鹧鸪线粒体基因组比较基因组学系统发育
- 地山雀线粒体基因组全序列的测定和分析被引量：7
- 2010年
- 基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis)的线粒体基因组全序列。结果表明,地山雀线粒体基因组全长1.6809万bp,A+T含量为52.9%,37个基因排列顺序与红原鸡一致。蛋白质基因的起始密码子中,除COI基因为GTG外,其余均为ATG。ND1和ND5基因终止密码子为AGA;COⅡ基因为AGG;COⅢ和ND4基因为不完全终止密码子T;其余基因均为典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA 基因的二级结构,发现tRNA Ser(AGN)缺少DHU臂, tRNA Phe的TψC臂存在一单核苷酸插入。预测的地山雀12S和16SrRNA二级结构分别包括3个结构域47个茎环和6个结构域60个茎环。控制区位于 tRNA Glu和 tRNA Phe之间,长度1240bp。控制区结构为高变I区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区3个结构域。
- 杨超雷富民黄原
- 关键词：雀形目山雀科线粒体全基因组RNA二级结构
