国家高技术研究发展计划(2002AA628120)
- 作品数：2 被引量：18H指数：2
- 相关作者：周晓君茅云翔庄筠昀王荣刘涛更多>>
- 相关机构：中国海洋大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 条斑紫菜锰超氧化物歧化酶基因克隆与序列分析被引量：15
- 2006年
- 为研究紫菜抗逆抗病的分子机制,以本实验室建立的条斑紫菜表达序列标签（EST）和全长cDNA富集文库,结合PCR技术,克隆了条斑紫菜编码锰超氧化物歧化酶（Mn-SOD）的cDNA及基因组DNA全长序列,并进行了序列特性相关分析.研究结果表明：该基因cDNA序列全长为958个核苷酸,包含一个完整Mn-SOD基因的ORF,编码224个氨基酸和终止密码子;该基因在基因组中序列长度为1416bp,包含4个外显子和3个内含子,这既不同于高等植物的6个外显子和5个内含子,也不同于人的5个外显子和4个内含子;该基因编码区密码子的平均GC含量为60.9%,第三位密码子的GC含量高达84.9%;序列中包含4个与Mn^2＋的结合位点及一个保守的金属结合结构域,预测分子量为24469.09Da,等电点为5.99;条斑紫菜Mn-SOD与人的相关蛋白具有类似的空间结构,都有6个跨膜α螺旋结构域;由cDNA序列推导的氨基酸序列与莱茵衣藻相似性为57.7%,系统发生分析表明条斑紫菜Mn-SOD与绿藻莱茵衣藻和硅藻海链藻的亲缘关系较近.这是该基因在红藻门中的首次报道.
- 王荣刘涛周晓君庄筠昀茅云翔
- 关键词：条斑紫菜
- 条斑紫菜cDNA微阵列制备及其在世代差异基因表达检测中的应用被引量：4
- 2006年
- 为了高通量研究不同世代条斑紫菜的基因表达情况，选择了467个包含诸多功能基因的条斑紫菜基因克隆，经PCR扩增纯化后，点样于多聚赖氨酸包被的基片上制备了条斑紫菜功能基因cDNA微阵列。采用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光分别标记条斑紫菜配子体和孢子体cRNA，与阵列进行杂交后，获得了信号清晰、重复性良好的扫描图像。经对标准化处理后的467个基因的数据进行分析发现：在配子体中表达量上调的基因有55个，其中有21个基因与已知功能基因或推测功能基因相匹配；在孢子体中表达量上调的基因有86个，其中与已知功能或假定功能基因相匹配的基因有24个。实验证明，优化的cDNA微阵列制备技术用于条斑紫菜基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。
- 周晓君茅云翔王孟强孔凡娜隋正红张学成
- 关键词：条斑紫菜CDNA微阵列生物信息学基因表达谱
