宁波市科技计划项目(2010C10013)
- 作品数：3 被引量：20H指数：2
- 相关作者：张德民阎永伟黄素文郭安南郭静更多>>
- 相关机构：宁波大学宁波出入境检验检疫局更多>>
- 发文基金：宁波市科技计划项目国家自然科学基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定被引量：12
- 2012年
- 哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。
- 郭静Liswaniso Gadafii郭安南阎永伟张德民裘琼芬黄素文戴海平
- 关键词：溶藻弧菌RDNA
- 哈维弧菌16S rRNA基因拷贝数的种内变异被引量：2
- 2015年
- 利用荧光定量PCR法测定哈维弧菌（Vibrio harveyi）基因组内16S rRNA基因拷贝数。基于16S rDNA、pyrH、rpo A和rec A4个基因的系统发育学分析鉴定弧菌菌株,然后通过重叠PCR构建包含哈维弧菌模式菌株16S rDNA和gyrB基因片段的标准质粒,建立了定量PCR测定细胞内16S rRNA基因拷贝数方法,并测定了6株测试菌株和哈维弧菌模式株的16S rRNA基因拷贝数,同时以已知拷贝数的菌株ATCC BAA-1116做对照。6个测试菌株均为哈维弧菌。菌株ATCC BAA-1116的16S rRNA基因拷贝数为11个,与已知值相符。模式菌株MCCC 1H00031-T和6个测试菌株SXB-C、SCB-4、NBV00029、NBV00035、NBV00039和NBV00269的拷贝数分别为9、12、13、12、11、13和9个。利用荧光定量PCR法测定哈维弧菌基因组内16S rRNA基因拷贝数的方法简单可行。哈维弧菌16S rRNA基因拷贝数的种内变异可能是其适应近岸多变生境的原因之一。
- 郑嘉来阎永伟唐姝杨坤杰李长红王凯张德民
- 关键词：RRNA基因基因拷贝数定量PCR
- 原核生物16S rRNA基因多重拷贝及其序列异化被引量：6
- 2013年
- 核糖体小亚基RNA(16S rRNA)分子存在于所有细胞生物中,在细胞中执行恒定的功能,其分子序列既有高度保守性片段,又有相对可变性部分,因而成为研究原核生物系统发育的理想分子,其基因已成为原核生物系统分类学研究的核心标识基因。但是,近年来的大量研究表明,原核生物基因组内16S rRNA基因是多拷贝的。16SrRNA基因拷贝数在种属水平上基本是稳定的,但在更高分类阶元上则是不确定的。在拷贝数多的菌株中各拷贝间还存在差异,这种差异有时会大于不同菌株间甚至不同种间的差异。原核生物基因组内16S rRNA基因拷贝数和异化与其利用环境资源的生态策略和对环境的适应性有关。原核生物16S rRNA基因拷贝数及其异化研究对深入理解原核生物的环境生态功能具有重要意义。
- 阎永伟张德民
- 关键词：原核生物RRNA基因异化
