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建立禽流感H7和H9亚型荧光定量PCR检测方法被引量：7: 2010年; 目的建立高致病性禽流感H7和H9亚型荧光定量PCR方法。方法根据禽流感病毒(avian influenzavirus,AIV)HA-H7基因和HA-H9基因分别设计特异AIV H7和H9亚型特异荧光定量PCR引物和探针,优化反应体系和反应条件,分析该试剂的敏感性、特异性、重复性等。结果经优化反应体系和反应条件后,AIV H7试剂和AIV H9试剂的敏感性达到1×104.67EID50和1×103.80EID50水平,特异性与细胞培养敏感性类似;批内和批间精密度Ct值的CV值均远小于10%,可重复性良好。结论本项目研制的AIV H7和H9亚型的敏感性、特异性、重复性均好,适合在禽流感H7和H9亚型疫情和人类疑似禽流感病例中检测使用。; 王秋泉黄平胡守旺高秀洁杨杏芬李杰; 关键词：流感病毒A型 H7 H9

逐步预测和统计学筛选人H5N1毒株神经氨酸酶蛋B细胞表位: 为了预测和筛选人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)蛋白的B细胞表位,我们检测人禽流感H5N1毒株NA基因核苷酸序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅...; 黄平俞守义柯昌文; 关键词：H5N1病毒神经氨酸酶 B细胞表位; 文献传递

新型甲型H_1N_1流感毒株NA基因特征和进化被引量：4: 2010年; 目的通过对新型甲型H1N1流感毒株神经氨酸酶(NA)基因序列的变异分析,揭示毒株NA基因变异与进化。方法检测广东地区分离毒株NA基因核苷酸序列,同时对全球新型甲型H1N1流感毒株NA基因进行检索下载,采用Lasergene 7.1软件比对和分析NA基因核苷酸和氨基酸序列,结合临床资料分析变异基因进化,同时分析糖基化位点。结果 2009年4-12月69株毒株NA基因16个氨基酸位点置换,占3.41%(16/469);NA蛋白主要置换位点在V106I/H和N248D。毒株GD-801-2009(H1N1)和GD-1202-2009的NA基因明显受到的感染宿主选择性作用,而毒株GD-1-2009的NA基因明显受到的感染宿主负选择性作用。与毒株GD-1-2006(H5N1)NA基因比较,毒株GD-801-2009的NA基因插入Nt145-204,导致H1N1NA蛋白增加第49～68位氨基酸(CNQSVITYENNTWVNQTYVN),其中包括4个糖基化位点。结论广东新型甲型H1N1流感毒株NA基因正向不同方向进化;新型甲型H1N1流感NA蛋白新增4个糖基化位点。; 钟静黄平倪汉忠李昕洁张欣廖家政; 关键词：新型甲型H1N1 毒株 NA基因进化糖基化

流感pH1N1病毒血凝素基因进化特征及选择性被引量：2: 2014年; 目的分析广东地区2012-2013年新型H1N1（pH1N1）病毒血凝素（HA）基因、表位和受体结合位点（receptor binding sites,RBS）进化特征和选择性。方法检测广东地区2012-2013年分离的pH1N1毒株HA基因核苷酸序列,与GenBank中全球相应毒株序列比对,应用MEGA 6.05构建进化树,通过Chimera v1.8.1建模并标记,应用DATAMONKEY筛选HA选择性位点。结果与疫苗株A/California/07/2009的HA基因比较,广东地区2012-2013年pH1N1毒株的HA基因同源性为98.1%~98.7%;变异位点H155Q、K180Q/N和S202T分别位于HA抗原的Ca2、Sa和Sb表位,S220T和R222K均位于HA抗原的Ca1表位区域;位点A151V位于RBS的140环上。正向选择位点为AA202位点。广东毒株A/Guangdong/64/2013与其他毒株相比,发生6个氨基酸位点变异,包括V6I、N55S、S101G、A151V、H155Q和V267A。结论广东2012-2013年pH1N1毒株HA基因变异导致了HA抗原表位和RBS 140环位点变异将分别影响毒株的抗原性和受体功能;正向选择位点AA202位点承受着较大的免疫压力;毒株A/Guangdong/64/2013的抗原表位Ca2和RBS位点变异可能是下个流感流行季节优势毒株的分子基础。; 黄钟洲梁丽君邹丽容黄平宋颖超; 关键词：H1N1亚型血凝素表位选择性

广东人类禽流感H5N1亚型血凝素和神经氨酸酶基因同源性分析被引量：1: 2011年; 目的采用生物信息学技术,寻找广东地区人类禽流感H5N1亚型基因同源毒株。方法检测广东人禽流感H5N1亚型HA和NA基因核苷酸序列,从GenBank下载国内各种动物和人类相应基因序列,采用Mega5.03和Lasergene7.1软件进行核苷酸同源性和氨基酸变异分析。结果在总共174个HA基因和173个NA基因序列中,发现广东毒株A/Guangdong/01/2006的HA和NA基因与湖南鸡和安徽鸭流感毒株同源性较高;广东毒株A/Guangdong/02/2006的HA和NA基因与香港鸟禽类流感毒株同源性较高。同源性较高的毒株基因之间,氨基酸位点存在差异,但尚未显示流行病学和临床意义。结论广东A/Guangdong/01/2006毒株与湖南鸡和安徽鸭流感毒株具有共同的最近祖先,广东A/Guangdong/02/2006毒株与香港鸟禽类流感毒株具有共同的最近祖先。; 钟静李海涛黄平; 关键词：禽流感序列同源性

广东地区流感H3N2毒株血凝素基因特征、进化和变异分析被引量：16: 2012年; 为揭示广东地区2007～2010年甲型H3N2毒株血凝素(HA)基因特征和变异,采用时空抽样方法抽样,检测广东2007～2010年甲型H3N2毒株HA基因核苷酸序列,同时检索全球HA基因序列作为对照,采用Lasergene7.1和Mega 5.05软件对HA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料,对变异毒株进行进化速度分析;同时进行抗原分析。结果发现,广东2007～2010年H3N2毒株HA基因同义进化(Ks)和错义进化(Ka)速度分别为2.06×10-3～2.23×10-3核苷酸/年和1.05×10-3～1.21×10-3核苷酸/年,HA1较HA2的错义突变速率要高3.13倍。与疫苗株A/Perth/16/2009的HA基因比较,2009年广东毒株同源性达到98.8%～99.7%、2010年同源性达到98.0%～98.4%。在广东2007～2010年毒株中,HA1五个抗原表位均有氨基酸位点变异,尤其是2010年毒株B区(N160K)和D区(K174R/N)的变异;此外,广东2010年毒株受体结合部位(RBS)还发生K189E/N/Q和T228A置换变异;两个糖基化位点变异影响到抗原性;目前使用的H3N2疫苗株与目前流行毒株的抗原性有差异。广东地区2007～2010年的毒株中,血凝抑制抗体的抗原分析结果有差异。结果提示,目前广东乃至全球甲型H3N2毒株HA1B区和D区均有氨基酸位点变异,RBS的两个位点发生置换,糖基化位点变异影响到表位A区和B区抗原性;与WHO推荐2011年流感H3N2毒株疫苗株比较,目前流行毒株HA基因有抗原位点变异。; 黄平钟静梁丽君侯年妹倪汉忠武婕张欣; 关键词：流感 HA基因进化疫苗株

Antigenic epitope peptides of influenza H3N2 virus neuraminidase gene based on experiments: 2012年; The neuraminidase (NA) in viral surface is one of the main subtype-specific antigen of influenza type A viruses.Neuraminidase is an enzyme to break the bonds between hemagglutinin (HA) and sialic acid to release newly formed viruses from infected cells.In this study,the H3N2 subtype virus NA genes were sequenced and NA proteins were screened for B-cell epitopes and assessed based on immunoinformatics.Based on this results,four peptides DR6,EY7,VG8 and RE8 (covering amino acid residues 151-156,368-374,398-405 and 428-435,respectively) of the NA protein were synthesized artificially.These peptides were used to immunize New Zealand rabbits subcutaneously to raise antisera.Experimental results showed that these four peptides were capable of eliciting antibodies against H3N2 viruses in a specific and sensitive feature,detected in vitro by enzyme-linked immunosorbent assay.Moreover,hemadsorption anti-releasing effects took place in three three-antisera-mixtures at a dilution of 1:40.Alignment using NA gene database showed that amino acid residues in these four epitope peptides were substituted at specific sites in all the NAs sequenced in this study.It was suggested that these NA epitope peptides might be used in combination with HA proteins as vaccine antigens.; ZHONG JingHUANG PingWEN MiaoHengLIANG LiJunZHANG XinTAN SongNuanZHU XiaoLan; 关键词：神经氨酸酶基因 A型流感病毒抗原表位 NA基因特异性抗原氨基酸残基

广东新型甲型H1N1病毒血凝素基因分子进化与变异被引量：11: 2013年; 目的揭示广东地区2009-2011年新型H1N1病毒血凝素基因（HA）进化特征及抗原表位变异特征。方法采用时空抽样方法抽样，检测2009-2011年广东分离的24株新型H1N1病毒HA基因核苷酸序列，与GenBank中44株国外相应序列比较；比对HA基因核苷酸序列，分析基因分子变异，构建分子遗传动力学MCMC进化树；同时分析2009-2011年广东毒株HA基因的抗原表位变异情况。结果68株HA基因进化树显示，广东毒株进化树主干至少分为6大分支；其中2011年毒株聚类为2个（V和Ⅵ）主要分支，各具基因特征。变异频率较高的位点包括391、467、202和214位，正向选择位点包括8、145和391；广东毒株抗原表位区发生S145L／P、L208I、Q240R、S160G和G187R位点变异。2009年广东毒株HA基因分支I毒株可能于2010年传播到亚洲、欧洲和澳洲地区。结论广东新型H1N1病毒HA基因变异具有传播特征（I）和地区特征（VI），位于抗原表位ca、Sa和Sb的氨基酸发生变异，其中位点145等变异频率较高，承受着正向选择压力。; 梁丽君钟静黄平苏文哲何剑峰张欣武婕杨芬邹丽容; 关键词：血凝素表位进化

广东两株人禽流感H5N1毒株节段基因及蛋白特征和进化分析被引量：4: 2011年; 禽流感病毒（AIV）毒株是感染禽类和人类的重要病原体，感染人类可引起急性呼吸道传染病。目前常见的亚型有H5N1、H7N7和H9N2，其中以H5N]毒性最强。自1997年3月，禽流感H5N1毒株初次感染人类以来，截至2011年1月5日，全球共有15个国家出现感染人禽流感H5N1病毒的病例，横跨亚、非大陆，确诊病例534例，死亡312例，病死率为58．4％。其病死率在急性传染病中已名列前茅。; 钟静黄平李海涛柯昌文杨杏芬; 关键词：人禽流感急性呼吸道传染病进化蛋白

Epitope peptides of influenza H3N2 neuraminidase gene designed by immunoinformatics: The influenza virus neuraminidase (NA) is a main antigen of influenza A with subtype specificity,which acting ...; 梁丽君黄平温妙恒倪汉忠谭松暖陈秋霞; 关键词：H3N2; 文献传递

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