中药制药过程新技术国家重点实验室开放基金(SKL2010M0101)
- 作品数：5 被引量：95H指数：3
- 相关作者：袁媛蒋超陈敏陈平黄璐琦更多>>
- 相关机构：中国中医科学院武汉工业学院中国科学院更多>>
- 发文基金：中药制药过程新技术国家重点实验室开放基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 基于EST-SSR的金银花分子鉴别方法研究被引量：69
- 2012年
- 利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(Lonicera japonica Thunb.)的花蕾。为了有效利用金银花EST序列开发功能性分子标记,本文通过生物信息学手段对本实验室保存的忍冬及其变种红白忍冬(L.japonica var.chinensis Thunb.)EST序列进行分析,共获得3 705条忍冬EST-SSRs,且平均每4.05 kb检出一个SSR(simple sequence repeat);2 818条红白忍冬EST-SSRs,平均每7.49 kb检出一个SSR。分析结果表明金银花及其变种红白忍冬主要SSR重复为二核苷酸,其次为三核苷酸,主要重复基序类型为AG/TC和GAG/TCT。通过同源比对,在忍冬及其变种中共筛选出87对重复次数具有差异的EST-SSR。选出15对碱基数差异大于6的EST-SSR进行验证,结果表明其中的13对引物在52份金银花类药用植物中具有有效扩增产物,且引物jp.ssr4、jp.ssr64及jp.ssr65可用于忍冬及其变种、山银花原植物的鉴别。
- 蒋超袁媛刘贵明黄璐琦王绪敏于军陈敏
- 关键词：EST-SSR忍冬金银花分子鉴别
- 红白忍冬SABATH甲基转移酶基因克隆及其生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 目的:克隆红白忍冬SABATH甲基转移酶基因(rLjSABATHMT),比较忍冬和红白忍冬SABATH甲基转移酶同源基因表达量和基因内含子序列的差异,为金银花的活性成分形成及调控机制研究提供基础。方法:根据cDNA文库提供的基因片段设计特异性引物,从红白忍冬中克隆获得rLjSABATHMT基因cDNA序列及基因组序列。通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,使用MEGA 5.0构建SABATH甲基转移酶系统进化树,利用RT-PCR分析SABATHMT同源基因在忍冬与红白忍冬的不同器官、不同花期的表达量,对忍冬和红白忍冬SABATHMT同源基因内含子区序列进行分析和比较。结果:克隆获得的rLjSABATHMT基因cDNA序列全长为1 251 bp,具有完整编码框,编码365个氨基酸。该基因蛋白序列具有保守的SA-BATHMT结构域,系统进化树结果表明它可能是水杨酸/安息酸甲基转移酶。基因表达分析结果表明SABATHMT同源基因主要在花中表达。忍冬和红白忍冬SABATHMT同源基因内含子区序列具有丰富的多态性,且有2个SNP为红白忍冬的特有基因型;内含子区motif元件中碱基变异在2个同源基因间具有显著差异。结论:SABATHMT同源基因内含子区变异可能导致了忍冬和红白忍冬SABATH甲基转移酶表达差异,为金银花活性成分调控机制研究提供了重要研究基础。
- 余晓丹蒋超黄璐琦秦双双曾祥梅陈平袁媛
- 关键词：金银花全长CDNA内含子
- 金银花类药用植物IspE和IspH基因克隆和生物信息学分析被引量：2
- 2013年
- 目的:克隆金银花类药用植物4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖激酶(4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol ki-nase,IspE)和4-羟基-3-甲基-2-邻苯基二磷酸还原酶(4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase,IspH)基因,并对其基因序列、蛋白特性和转录活性进行分析、比较。方法:从忍冬Lonicera japonica转录组测序结果中分析获得了IspE,IspH基因。分别以忍冬、红白忍冬L.japonica var.chinensis、红腺忍冬L.hypoglauca和水忍冬L.dasystyla新鲜花蕾为材料,利用RT-PCR技术克隆获得了4种金银花类药用植物IspE和IspH基因的全长cDNA。运用生物信息学分析软件,预测编码蛋白的结构和功能,并通过RT-PCR检测IspE和IspH在忍冬、红白忍冬、红腺忍冬、水忍冬花蕾中的转录情况。结果:金银花类药用植物IspE基因含有1个完整的开放阅读框,长度为1 221 bp,编码406个氨基酸;IspH含有一个完整的开放阅读框,长度为1 380 bp,编码459个氨基酸。IspE和IspH均为非分泌蛋白,均定位于叶绿体中。RT-PCR分析结果表明在忍冬、红腺忍冬和水忍冬的花蕾中IspE,IspH基因的转录水平没有显著差异,但红白忍冬花蕾中IspE,IspH基因的转录水平均显著高于忍冬。结论:克隆获得忍冬、红白忍冬、红腺忍冬和水忍冬中IspE,IspH基因,并证实了其在不同金银花类药用植物中的表达,为进一步研究IspE,IspH基因对萜类化合物生物合成和花香气以及颜色的影响奠定了基础。
- 汪周勇蒋超袁媛陈平
- 关键词：忍冬生物信息学预测
- 基于双向位点特异性PCR的金银花真伪鉴别方法研究被引量：27
- 2012年
- 目的:筛选获得金银花真伪鉴别SNP位点并建立双向位点特异性PCR方法,用于鉴别金银花和其常见伪品以及两者的混杂品。方法:通过对GenBank收录的忍冬属植物叶绿体trnL-trnF序列进行对比分析,获得金银花真伪鉴别SNP位点;并依据该SNP位点设计特异性引物,对84份金银花基原植物及其市售饮片、伪品进行双向位点特异性PCR扩增,并根据真伪品的特异性条带进行金银花药材鉴别。结果:退火温度为61℃时,正品均出现468 bp的条带,红腺忍冬、华南忍冬、灰毡毛忍冬、黄褐毛忍冬、水忍冬、金银忍冬、郁香忍冬、新疆忍冬、繁果忍冬等9个伪品均出现324 bp的条带,在正品DNA中掺入5%以上伪品时同时出现正品和伪品条带。结论:双向位点特异性PCR可以鉴别金银花真伪品及两者的混杂样品。
- 蒋超张雅华陈敏袁媛林淑芳吴志刚
- 关键词：金银花分子鉴定
- 金银花类药用植物FatB基因克隆和生物信息学分析被引量：4
- 2012年
- 从忍冬(Lonicera japonica Thunb.)转录组测序结果中分析获得1个FatB基因。分别以忍冬、红白忍冬(Lonicera japonica Thunb.var.chinensis(Wats.)Bak.)、红腺忍冬(Lonicera hypoglauca Miq.)和水忍冬(Lonicera dasystyla Rehd.)新鲜花蕾为材料,利用RT-PCR技术克隆获得了LJFatB、LHFatB、LJCFatB、LDFatB基因的全长cDNA,并进行生物信息学分析。结果表明LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB与拟南芥AtFatB具有较近的亲缘关系。LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB的核苷酸序列、蛋白特性及其二级结构有所差异,但其蛋白均具有保守的FatB底物结合位点和催化活性位点,且在花蕾中的转录水平没有显著差异。因此推测LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB可能具有与AtFatB相同的生物学功能。
- 汪周勇蒋超陈敏陈平袁媛林淑芳吴志刚
- 关键词：忍冬生物信息学分析
