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2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析被引量：4: 2015年; 为了解H9N2亚型禽流感病毒（AⅣ）的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AⅣ的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AⅣ分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明：21份H9N2亚型AⅣ分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0 ％～99.4％,均属于欧亚分支的类A/Chicken/BeiJing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支.其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支.氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AⅣ的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变（氨基酸替换）,这种变异具有一定的进化（亚）分支特异性.此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异.; 胡媛媛张文东宋建领刘庆亮曾伟王锐郑锦玲彭洁保志鹏张应国范泉水赵焕云张富强; 关键词：禽流感监测 H9N2亚型血凝素

2013年云南省禽流感H9N2亚型病毒神经氨酸酶基因序列分析被引量：1: 2015年; 目的了解2013年云南省禽流感H9N2亚型病毒NA基因变异及进化特征。方法对2013年云南省禽流感H9N2监测阳性样品进行NA基因克隆、测序及系统发育分析。结果 2013年云南省禽流感H9N2亚型病毒株NA基因核苷酸序列同源性为84.5%-99.5%,属于欧亚分支的类ADKHKY28097分支和类ACKHKG997分支。类ADKHKY28097分支为目前云南优势分支,且又进一步划分为Ⅰ-1、Ⅰ-2小分支。氨基酸比对分析表明,2013年云南毒株NA蛋白402位糖基化位点存在显著变化,161位新增了一个糖基化位点;唾液酸结合位点、抗原位点存在显著变异;酶活性位点稳定。除上述关键性氨基酸位点外,其余位点与现用疫苗株、参考毒株相比存在显著差异;且Ⅰ-1、Ⅰ-2、Ⅱ分支毒株多个位点存在各自特有的氨基酸替代,这种替代具有一定的进化（亚）分支特异性。结论 2013年云南省H9N2亚型禽流感病毒间具有遗传差异,类ADKHKY28097分支已成为当地流行的优势毒株,NA蛋白存在特异性氨基酸变异位点。; 胡媛媛张文东宋建领张应国赵焕云张富强; 关键词：禽流感病毒 H9N2亚型神经氨酸酶

2013年云南省H9N2亚型禽流感病毒两个进化分支毒株抗原性变异分析被引量：1: 2016年; 为明确2013年云南省H9N2亚型禽流感病毒Ⅲ-1和Ⅲ-2小分支间是否存在抗原性差异,以及这种抗原性差异是否与氨基酸位点变异有关,从2个小分支中选取7个毒株与疫苗株进行系统发育分析和血清学交叉比对试验。结果表明,2个小分支HA基因核苷酸序列同源性为86.6%~98.4%,与2000年前疫苗株亲缘关系较远,Ⅲ-1分支与2000年后疫苗株（ACKLGQ113和ACKDL2010）亲缘关系较近。血清学交叉比对试验结果经统计学分析显示,Ⅲ-1和Ⅲ-2小分支间抗原性存在差别。氨基酸比对结果表明,不同进化亚分支毒株与疫苗株相比氨基酸存在变异;与已报道的抗原表位关键性位点相比,Ⅲ-1分支中部分毒株抗原表位关键性位点存在变异,Ⅲ-2分支毒株无变异,但在其他8个氨基酸位点存在特有变异,是否存在未知抗原表位关键性位点,以及其他氨基酸位点变异是否会辅助性影响抗原变异,还有待进一步研究。; 石凤海胡媛媛张文东孔强张应国范泉水赵焕云张富强; 关键词：禽流感病毒 H9N2亚型

2009年-2014年云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶基因进化分析被引量：2: 2015年; 为了解云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶(NA)基因变异及进化特征,2009年-2014年期间在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1 500份,经禽流感H5/N1亚型病毒特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品进行病毒NA基因扩增、纯化、克隆和测序,并与已知毒株和参考毒株进行序列比对及系统进化分析。结果从1 500份样品中检出禽流感病毒H5N1亚型阳性样品60份;60阳性样品病毒HA基因测序获得21种NA序列,可划分为4个不同进化分支。NA基因与HA基因呈现不同进化关系;云南边境毒株NA aa275位点未发生变异,因此变异毒株对神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir(达菲)类抗病毒药物可能无抗性或耐药性;2009年-2014年期间云南边境H5N1亚型病毒NA间具有遗传差异,NA基因进化分支4已成为当地流行的优势毒株。; 曾伟刘庆亮孔强张文东胡媛媛胡挺松赵焕云段博芳邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型神经氨酸酶基因

2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素基因分析被引量：2: 2014年; 为了解2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素（HA）基因变异及进化特征，在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1500份，经禽流感病毒 H5N1亚型特异性多重 RT-PCR 检测，选择代表性阳性样品，进行病毒 HA 基因扩增、纯化、克隆和测序，并与已知毒株和参考毒株序列进行序列比对及系统遗传进化分析。结果自1500份样品中检出 H5N1亚型阳性样品60份，60份阳性样品病毒 HA基因测序获得23种 HA 序列，可划分为2个不同进化分支（2．3．2，2．3．4），2．3．2进一步可划分为3个进化小分支（Ⅱ-1～Ⅱ-3），在23份代表性阳性样品中，17份样品属于进化小分支2．3．2Ⅱ-1，3份属于2．3．2Ⅱ-2，其余3份属于2．3．4；阳性样品中病毒 HA 裂解位点序列均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征，HA受体结合位点、糖基化位点、表位关键性氨基酸位点及其他氨基酸位点存在变异，部分位点的变异具有分支或亚（小）分支特异性。2012年-2013年期间云南边境禽流感病毒 H5N1亚型间具有遗传差异，进化分支2．3．2Ⅱ-1成为当地流行的优势毒株。; 刘庆亮张文东赵焕云胡挺松段博芳曾伟胡媛媛邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型血凝素分子特征

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定被引量：4: 2016年; 对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒（NDV）。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%-96.7%、97.3%-98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%-95.4%、96.2%-96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%-96.5%、95.3%-95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%-95.3%、96.4%-96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。; 孔强曾伟赵焕云段博芳胡挺松范泉水张应国胡媛媛宋建领张文东张富强; 关键词：新城疫病毒进化分析

云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒基质蛋白2基因进化分析被引量：3: 2013年; 目的了解2008--2012年云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒基质蛋白2（M2）和离子通道蛋白基因变异特征及遗传进化关系。方法于2008--2012年采集云南省边境地区（越南、老挝、缅甸与云南省交界处）家禽和野生鸟类棉拭子样品1240份，经H5N1亚型特异性多重RT—PCR检测，对阳性样品病毒M基因进行扩增，克隆至pMD18-T载体测序，获得M2基因序列，并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析。结果自1240份样品中检出H5N1亚型阳性样品71份，阳性率为5．72％；选择其中的30份阳性样品进行病毒M2基因测序，共获得14种不同序列，存在3个不同进化分支：1．2．1、1．2．2、2，各有5、7、2份。通过基因系统发育分析发现，M2基因与HA基因呈现不同进化关系；M2蛋白涉及表位、金刚烷胺抗性和禽源、人源毒株的关键性氨基酸位点存在替代或突变。结论2008--2012年期间云南边境H5N1亚型病毒M2基因具有遗传差异，M2基因进化分支1．2．2毒株已成为当地流行的优势毒株。; 肖雪张文东段博芳赵焕云刘庆亮胡挺松邱薇冯子良郑颖范泉水张应国张富强; 关键词：正粘病毒科流感病毒A型

2014年云南地区禽流感H5N1亚型病毒全基因进化及分子结构特征分析被引量：1: 2016年; 2014年3月云南地区发生H5N1亚型禽流感疫情。为了解引起该疫情的病毒全基因变异特征及遗传进化关系，我们在云南通海、安宁、大理采集死亡鸡喉气管40份，经H5N1亚型禽流感病毒（AIV）特异性多重RT-PCR检测。从检测结果呈阳性的26份样品中每个地区挑选2份病毒阳性样品进行全基因测序分析，结果显示6株AIVs均属于2．3．4．4进化小分支。同一病毒株不同基因节段呈现不同进化关系。蛋白序列的变化主要为：HA的受体结合位点和表位关键性氨基酸位点存在变异，新增加2个糖基化位点；NA缺失4个糖基化位点；PB2的aa627为谷氨酸（E）；NS在aa80-aa84发生缺失；PB1、PA、NP、M关键性氨基酸位点均存在部分替代或突变。本研究测序的6个H5N1亚型AIVs与之前的AIVs间具有遗传差异，这种进化小分支2．3．4．4的AIVs已成为当地流行的优势病毒株。; 孔强曾伟赵焕云段博芳胡挺松范泉水张应国胡媛媛张文东张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型全基因进化分析

2014-2015年云南省边境H5N6禽流感病毒血凝素与神经氨酸酶基因序列分析被引量：3: 2016年; 禽流感是由A型流感病毒引起的一种急性传染病。病毒基因组由8个分节段的单股负链RNA组成，其中血凝素和神经氨酸酶均为糖蛋白，是作为A型流感病毒亚型划分的依据。禽流感病毒根据血凝素和神经氨酸酶的抗原性差异分为H1～H16、N1～N9不同亚型；根据其致病性和传播能力强弱可分为高致病性、低致病性和非致病性三大类，高致病性主要是由H5和H7亚型流感病毒引起的。近年来H5N6成为全球高致病性禽流感分布流行的主要亚型，开展云南省禽流感病毒H5N6病原监测、血凝素和神经氨酸酶基因变异和进化分析，对禽流感研究及防范新基因型入侵具有重要意义。; 孔强赵焕云田康段博芳胡媛媛胡挺松张应国张文东张富强; 关键词：禽流感血凝素类神经氨酸酶

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云南省科技计划项目(2012CH002)

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