国家自然科学基金(10571019)
- 作品数：5 被引量：5H指数：2
- 相关作者：廖波孙立波姚玉华白凤兰郭颖更多>>
- 相关机构：大连理工大学湖南大学大连交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- RNA二级结构预测及其数学描述
- 2008年
- RNA功能的实现需要借助于一定的二级结构,对RNA二级结构的研究是当今生物信息学一个非常重要的课题,该文概述了RNA二级结构的组合计数问题和研究RNA二级结构的拓扑图论方法,并对RNA二级结构的预测及其进展做了比较系统的综述.
- 李玲姚玉华南旭莹
- 关键词：RNA二级结构树图组合计数
- 基于蛋白质相互作用网络图的聚类方法
- 2008年
- 依据人类AD(Alzheimer's Disease)相关蛋白质相互作用网络图,利用基于算术平均最小值——AAMV(Arithmetic Average Minimum Value)的K-means聚类方法对蛋白质进行聚类并预测4个孤立蛋白质的功能。分析结果表明:所得结果与用Maryland Bridge法及Korbel法所得结果非常相似。
- 彭利红廖波刘昊
- 关键词：准则函数
- RNA二级结构的6-D表示及相似性分析被引量：3
- 2006年
- 根据RNA二级结构组成,用A′,U′,G′,C′分别表示基对A-U,G-C和基对G-U中的A,U,G,C,将RNA二级结构转化为基本序列,称之为RNA二级结构的特征序列。在此基础上再根据核苷酸A,C,G,U的化学结构在6-D空间中定义了使核苷酸集与点集之间一一对应的函数,进而利用这个函数在6-D空间中得到了RNA二级结构的6-D表示,然后基于6-D表示把它转化为L/L矩阵表示和特征向量P=(μx,μy,μz,μk,μl,μm)表示,其中μi表示点集对应坐标分量的均值,最后利用矩阵不变量:即L/L矩阵的最大特征值,还有特征向量之间的距离来描述序列或结构的不变性来分析了AIMV-3等九种病毒的RNA二级结构的相似性,得到了比较好的结果。
- 白凤兰姚玉华孙立波
- 关键词：RNA二级结构特征向量
- 1种基于信息理论的新分子序列度量法
- 2009年
- 传统的方法度量序列之间的距离需要序列比对,使一些主观因素破坏数据的原始状态,导致计算结果因人而异。本文拟介绍一些基于信息理论的度量法,提出1种类似的新度量法,建立数学依据。这些度量法度量序列之间的距离不需要序列比对,没有主观因素干涉。同时,选取了20种胎生哺乳动物的线粒体全基因序列,分别使用这些度量法计算出他们的距离,再利用NEIGHBOR法构建系统树。由比较结果看来,新方法用较少时间构建的系统树完全不逊色于以往的方法。这为研究分子序列的差异性提供了1种新方法。
- 苏志中廖波陈维洋申众
- 关键词：信息熵系统树
- 一种用于蛋白质相似性分析的新的相对距离(英文)被引量：2
- 2008年
- 本文论述了一种新的相对距离,用于分析不同蛋白质序列的相似性分析和构造进化树.此种距离基于Lempel—Zip复杂度,不需要进行序列比对和复杂性算法.为了说明这种距离的合理性,本文对8个物种进行了相似性分析并构造了其进化树.
- 郭颖张久军
- 关键词：蛋白质序列进化树
