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陕西省自然科学基金(2010JQ8034)

作品数：15 被引量：78H指数：6
相关作者：雷秀娟吴爽王冲田建芳郭玲更多>>
相关机构：陕西师范大学更多>>
发文基金：陕西省自然科学基金国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>

文献类型

  • 15篇中文期刊文章

领域

  • 15篇自动化与计算...
  • 1篇生物学

主题

  • 11篇聚类
  • 6篇聚类算法
  • 4篇蛋白
  • 4篇蛋白质
  • 4篇蛋白质相互作...
  • 4篇蛋白质相互作...
  • 4篇优化算法
  • 4篇群算法
  • 4篇细菌觅食
  • 4篇相互作用
  • 4篇白质
  • 3篇网络
  • 3篇网络聚类
  • 3篇细菌觅食优化
  • 3篇PPI
  • 2篇萤火虫算法
  • 2篇鱼群算法
  • 2篇人工鱼
  • 2篇人工鱼群
  • 2篇人工鱼群算法

机构

  • 15篇陕西师范大学

作者

  • 15篇雷秀娟
  • 3篇王冲
  • 3篇吴爽
  • 2篇郭玲
  • 2篇田建芳
  • 1篇黄旭
  • 1篇吴振强
  • 1篇赵杰
  • 1篇曹天问
  • 1篇李娜

传媒

  • 2篇计算机工程与...
  • 2篇计算机科学
  • 2篇计算机技术与...
  • 1篇模式识别与人...
  • 1篇电子学报
  • 1篇计算机学报
  • 1篇计算机工程与...
  • 1篇计算机工程
  • 1篇计算机应用
  • 1篇计算机应用研...
  • 1篇广西大学学报...
  • 1篇陕西师范大学...

年份

  • 2篇2015
  • 4篇2014
  • 4篇2013
  • 5篇2012
共 15 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法被引量：13
2012年
蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法,但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值,带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中,数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心,将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心,蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度,采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列,作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价,并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点,且其正确率和查全率的几何平均值最高,能够有效地识别蛋白质功能模块.
雷秀娟田建芳
关键词：信息流蜂群算法聚类蛋白质相互作用网络
基于人工免疫系统的蛋白质相互作用网络聚类算法被引量：1
2013年
提出了一种基于人工免疫特性的蛋白质相互作用(PPI)网络聚类模型与算法以期提高其辨识准确率。在该算法中将聚类中心作为抗原,将邻接的节点作为抗体,通过计算抗体与抗原之间的亲和度,将其作为记忆细胞把节点划分到聚类中;然后选择优秀抗体作为疫苗,尝试将疫苗注入聚类模块并进行更新,通过与注射前的模块适应度进行比较,不断更新记忆细胞。对PPI数据集上的数据进行了仿真,实验结果表明,与功能流算法(FLOW)相比,所提方法的正确率和查全率的几何平均值均得到了提高。
王冲雷秀娟
关键词：人工免疫系统蛋白质相互作用网络聚类疫苗
PPI网络聚类的评价方法的研究与应用被引量：2
2013年
蛋白质相互作用网络(Protein-Protein Interaction,PPI)聚类结果的评价方法的研究是检测PPI网络功能模块聚类结果正确与否的关键。介绍并分析了4种有代表性的PPI网络聚类的评价方法,即p-value、匹配统计量、基于准确率和查全率的综合评价以及基于层结构的hF-measure,在此基础上考虑了主错误划分类与该预测类的相似性,提出了新的罚分函数和新的Sf-measure评价方法。仿真结果表明了各评价方法的特点及Sf-measure评价方法的有效性及合理性。
尤梦丽雷秀娟
关键词：蛋白质相互作用网络
一种改进的求解聚类问题的萤火虫群优化算法被引量：2
2014年
提出一种改进的求解聚类问题的萤火虫群优化算法,该算法借鉴粒子群优化算法的思想,对聚类中心采用实数编码和解码方法;用线性递减的移动步长代替固定步长,萤火虫的更新位置由动态决策域和全局最优位置共同决定代替仅由动态决策域决定;并加入孤立点的移动策略,使得孤立点可以向最优值方向移动.将该算法与粒子群优化算法、基本的萤火虫群优化算法在UCI数据集上进行对比试验,结果表明改进的萤火虫群优化算法可以取得较好的聚类效果.
杜明煜雷秀娟
关键词：聚类分析群智能
PPI网络的改进谱聚类算法被引量：1
2012年
蛋白质相互作用(PPI)网络是生物信息学的一个新的研究领域。近年来谱聚类算法在未知蛋白质的功能预测方面发挥了重要作用,但是它要求事先确定聚类数目,为此提出了一种基于边的得分搜索的谱聚类算法。该算法采用谱聚类方法对数据进行预处理,并通过构造蛋白质节点之间的边的得分矩阵找到数据样本之间的相关性,同时融入粒子群算法来确定边的得分的最佳选择阈值,最后用广度优先遍历结点的方法得到聚类结果。算法在PPI网络数据集上进行了测试,结果表明该算法不但可以自动确定聚类数目,而且聚类结果的正确率和F-measure值都得到了提高。
吴爽雷秀娟郭玲
关键词：谱聚类算法粒子群优化算法蛋白质相互作用网络
细菌觅食优化算法的研究进展被引量：6
2014年
细菌觅食优化算法是近年来发展起来的,基于大肠杆菌觅食行为模型的一种新型智能算法。它具有对初值和参数选择不敏感、鲁棒性强、简单易于实现,以及并行处理和全局搜索等优点。但其在应用过程中存在精度不够高、收敛速度不够快的缺点。文中首先对细菌觅食优化算法的基本原理及操作流程进行介绍,并概述了国内外学者在这一领域的研究现状,接着分析了算法三大主要操作存在的问题,然后探讨了算法的改进和应用,最后分析了算法未来的研究方向。
李娜雷秀娟
关键词：细菌觅食优化算法
改进的细菌觅食算法求解TSP问题被引量：9
2013年
为了获得TSP问题的更优解,在求解TSP问题的细菌觅食算法基础上,通过在每次迭代中的趋向性操作之前,用淘汰选择和最优保持操作选择出当代的样本集并为其中的细菌做标记,提出了一种改进的细菌觅食搜索算法。之后对美国中部的10个城市以及Oliver的前30个和前50个城市的数据进行仿真,仿真结果表明,该算法求得的解比其他相应文献中算法求得的解更优,且该算法更容易收敛于最优解。因此,改进后的细菌觅食算法用来求解TSP问题是有效且可行的。
尤梦丽雷秀娟
关键词：旅行商问题细菌觅食算法样本集
改进的细菌觅食优化算法求解0-1背包问题被引量：4
2014年
细菌觅食优化算法作为一种新兴的智能优化算法,一般用来解决连续域的问题。为了解决离散域问题,提出了一种改进的细菌觅食优化算法。采用线性递减的思想和随机的游动长度代替固定步长和随机游动方向,改进了趋向性操作方案,并将其应用于解决0-1背包问题。将改进的细菌觅食优化算法与遗传算法、离散粒子群优化算法及基本的离散化细菌觅食优化算法分别在小规模和大规模的0-1背包问题上进行了仿真比较,表明了改进的细菌觅食优化算法能取得较好的效果,寻优能力强。
杜明煜雷秀娟
关键词：0-1背包细菌觅食优化算法
基于连接强度的PPI网络蚁群优化聚类算法被引量：16
2012年
由于PPI网络数据的无尺度和小世界特性,使得目前对此类数据的聚类算法效果不理想.根据PPI网络的拓扑结构特性,本文提出了一种基于连接强度的蚁群优化(Joint Strength based Ant Colony Optimization,JSACO)聚类算法,该算法引入了连接强度的概念对蚁群聚类算法中的拾起/放下规则加以改进,以连接强度作为拾起规则,对结点进行聚类,并根据放下规则放弃部分不良数据,产生最终聚类结果.最后采用了MIPS数据库中的PPI数据进行实验,将JSACO算法与PPI网络数据的其他聚类算法进行比较,聚类结果表明JSACO算法正确率高,时间开销低.
雷秀娟黄旭吴爽郭玲
关键词：PPI网络蚁群优化算法聚类
基于最优类中心扰动的萤火虫聚类算法被引量：10
2015年
萤火虫算法FA是受自然界中萤火虫的发光特性以及通过发光交流信息的现象启发提出的一种新的群智能优化算法。在该算法中,萤火虫被吸引向亮度高的萤火虫移动,最亮的萤火虫随机移动,导致该算法聚类时存在收敛速度较慢、后期容易在最优值附近振荡、稳定性较差的问题。据此,对萤火虫的移动方式和随机扰动方式做了改进,提出了一种改进的萤火虫聚类算法——基于最优类中心扰动的萤火虫聚类算法。实验比较了步长因子的取值。UCI数据集的仿真结果表明,该聚类算法的聚类效果较好,能消除FA在最优值附近反复振荡的问题,算法的稳定性和收敛性明显提高。
赵杰雷秀娟吴振强
关键词：聚类萤火虫算法
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