国家自然科学基金(30870678)
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 相关作者：黄延昭陈长军肖奕王军王黎更多>>
- 相关机构：华中科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 残基突变对冷休克蛋白热稳定性影响的计算分析研究(英文)
- 2011年
- 残基突变是提高蛋白质热稳定性最直接有效的方式。在本文中,我们选取一对冷休克蛋白质作为研究对象,其中一个来自嗜温的Bacillus subtilis(Bs-CspB),另一个来自嗜热的Bacillus caldolyticus(Bc-Csp),这两个蛋白质在序列和结构上具有高度的相似性,但两者的耐热能力却相差很大。我们利用全原子模型计算残基突变前后蛋白质的自由能和氨基酸之间相互作用能的变化,分析残基突变对冷休克蛋白热稳定性的影响。通过对比两个蛋白质对应位置上残基的能量,我们成功鉴别出对Bc-Csp的高热稳定性有突出贡献的残基。我们计算了这些残基突变前后,该残基的静电相互作用和范德华相互作用的变化,以分析该残基对Bc-Csp高热稳定性的主要贡献。同时,我们分析了离子键对蛋白质热稳定性的贡献。我们的计算结果和实验结果吻合得很好,关键在于利用该方法可以详细地说明残基突变影响蛋白质热稳定性的根本原因。本文为研究残基突变对蛋白质热稳定性的影响提供了一种计算思路和方法,并有助于设计具有高耐热能力的蛋白质。
- 王军陈鹏胜王黎王长军黄延昭
- 关键词：蛋白质热稳定性冷休克蛋白离子键
- 生物大分子的自由能计算方法(英文)被引量：1
- 2011年
- 在本文中,我们总结了计算生物物理中广泛使用的经典的自由能计算方法,主要可以归纳为三大类:第一类是基于过渡态理论,利用路径系综得到自由能的方法;第二类方法采用一些经验势来补偿自由能表面,达到均匀采样的目的;最后一种是将整个转换路径分段计算,然后拼接完成得到完整自由能的方法。通过详细介绍自由能计算的重要性和实施细节,希望能够让读者对该方向有一全面了解。
- 陈长军黄延昭肖奕
- 关键词：自由能分子动力学
