国家自然科学基金(20373048)
- 作品数：9 被引量：19H指数：2
- 相关作者：杜奇石王树青李大鹏谢军民孙浩更多>>
- 相关机构：天津师范大学辽宁大学海南师范大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市科委基金更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 二氯三苯基磷的能量、红外及拉曼光谱、化学位移和耦合常数的量子化学研究
- 2007年
- 采用密度泛函理论(DFT)B3LYP/6-31G**方法研究了二氯三苯基磷在分子势能超曲面上的4种稳定结构,计算了结构Ⅰ-Ⅳ的能量、红外及拉曼光谱、原子的化学位移和耦合常数,并作了频率分析,确认存在离子态的四配位磷化合物和三角双锥型的五配位磷化合物.结构Ⅰ,Ⅲ,Ⅳ是能量的最低点,没有虚频,结构Ⅱ有一个虚频,是一鞍点的过渡态,鞍点结构具有Cl—P—Cl三重轴,3个苯环共平面,结构Ⅲ也有Cl—P—Cl三重轴,苯环呈扭曲螺旋状,能量最低,结构Ⅰ呈离子态、松散状结构,结构Ⅳ呈尖塔状,苯基取螺旋型,为四配位闸型结构,是一复杂的电荷转移体.
- 谢军民孙浩李大鹏杜奇石
- 关键词：NMR
- 甲烷水合物(可燃冰)结构-I的分子间势能的量子化学研究被引量：2
- 2005年
- 采用Hartree-Fork,4种DFT(BLYP,B3LYP,MPW1PW91,SVWN5)和MP2方法研究了甲烷水合物结构-Ⅰ的氢键和范德华能.甲烷分子取HF/6-31G(d,p)优化构型,水分子选用ST2模型.水分子间的氢键能Ebb(l)和甲烷-水分子间的范德华能Evdw(l)作为正十二面体边长l的函数,用HF/6-31G(d,p)和4种DFT方法做计算,保持水分子和甲烷分子的构型不变,在几个关键点上选用MP2方法做了计算.计算中选用6-31G(d,p)基组,分别用完全平衡校正和不完全校正法进行校正,这两种方法给出了基组重叠误差(BSSE)的上限和下限.DFT/B3LYP方法计算的氧-氧距离Ro-o=0.280 nm和碳-氧距离Rc-o=0.392 nm最接近于实验值0.282 nm和0.395 nm.所有计算方法(HF,DFT,MP2)都表明,甲烷水合物结构-Ⅰ是一个由超强氢键(30～36 kJ/mol)组成的稳定结构,其氢键能远大于水分子二聚体和冰Ⅰ4晶格中的氢键能((-22.6±2.9)kJ/mol和(-21.7±0.5)kJ/mol).这些数据为气体水合物的Lennand-Jones和Kihara势能函数提供了基本参数,可用于气体水合物的分子动力学模拟.
- 李大鹏谢军民孙浩王树青杜奇石
- 关键词：甲烷水合物可燃冰势能函数量子化学基组重叠误差
- 分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面被引量：2
- 2004年
- 给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造表达分子静电势的极性和大小的函数 L( r) .亲脂势 L( r)保留了静电势 V( r)描述分子静电作用的能力 ,并把应用范围扩展到疏水性的描述 .HMLP不使用原子的经验参数 ,但在 L( r)的构造中使用了经验的函数形式 .经参数化和指标化后 ,HMLP有望用于蛋白质结构与功能的研究和药物分子配体与生物大分子受体结合自由能的估算 .
- 杜奇石魏冬青李爱秀
- 关键词：分子模拟生物信息学药物分子设计量子化学
- 四聚甲基锂Li_4(CH_3)_4的电子结构的量子化学研究被引量：1
- 2004年
- 用Gaussian98W程序对四聚甲基锂Li4(CH3)4的电子结构作了量子化学计算,根据分子轨道能级、电子密度集居数分析、原子电荷、化学键键级等对Li4(CH3)4的缺电子多中心键的特点进行了理论解释.计算表明在Li4(CH3)4中每个碳原子与4个锂原子形成化学键,与一个距离较远的锂原子形成化学键的键级高于与3个距离较近的锂原子的键级,生成不对等的5中心2电子键(5c-2e);四聚甲基锂中Li-C键的平均键级是0.3749,平均键能为132.1kJ/mol.
- 刘亨杜奇石孙玉彬王树青
- 关键词：金属有机化合物分子轨道理论量子化学
- 蛋白质中氨基酸间的相关性研究被引量：3
- 2004年
- 计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性.研究发现,氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关.作为蛋白质的建筑构件,20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性反映了这些建筑构件间的匹配规则,代表了蛋白质的结构特征.本文分析了部分氨基酸间的相关性与蛋白质结构间的联系,从物理和化学性质上解释了氨基酸相关性的起源.
- 王树青杜奇石魏冬青李爱秀
- 关键词：氨基酸蛋白质结构生物信息学化学计量学
- 分子亲脂-亲水性的量子化学描述 II.氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标被引量：2
- 2006年
- 在启发式亲脂势HMLP(heuristicmolecularlipophilicitypotential)的基础上提出了分子、分子片段和原子的亲水指标和亲脂指标.计算出了20个天然氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和亲水、亲脂表面积,并用线性自由能函数表达氨基酸侧链的溶剂化自由能,?Gsol,=b0+b1Li+b2Hi+b3Si+b4Si.应用线性自由能函数和氨基酸侧链的亲水和亲脂!+-i指标,计算了20个氨基酸残基的3种相转移自由能(蒸气-水、蒸气-正辛醇、正辛醇-水)和正辛醇-水分配系数logPow,取得了与实验值高度一致的良好效果.HMLP的亲水和亲脂指标是HMLP的指标化,扩展了这一方法的使用范围.氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和线性自由能函数有望用于生物大分子受体与配体的结合自由能的估算、蛋白质的结构与功能、蛋白-蛋白相互作用和识别的研究.
- 杜奇石刘朋军孙浩李大鹏谢军民
- 关键词：生物信息学
- 依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型被引量：7
- 2004年
- 作为蛋白质的建筑构件,各种类型的蛋白质的20种氨基酸残基之间存在着特定的相互关联,反映了氨基酸残基之间的制约性,并有深刻的物理和化学的内在因素.某些氨基酸残基对之间的相关系数可以作为一种类型的蛋白质区别于其它类型蛋白质的特征,用于蛋白质结构类型的预测.研究了4种类型的蛋白质204个样品的氨基酸残基对的相关性系数,找出了可作为蛋白质结构类型特征的氨基酸残基的相关对,并用于蛋白质结构类型的预测,对于α型、β型、α/β型和α+β型蛋白质的204个蛋白质样品的交叉测试,正确率分别为94%、89%、79%和89%,平均为88%,高于简单距离法和欧几里德距离法.
- 王树青刘红杜奇石魏冬青
- 关键词：氨基酸残基蛋白质正确率生物信息学分子生物学
- SARS冠状病毒主蛋白酶可切割多肽的搜索与生物信息学的应用被引量：1
- 2004年
- 用新近发展的冠状病毒的基因解析软件系统ZCURVE -CoV 1 .0和ZCURVE -CoV 2 .0(http ://tubic .tju .edu .cn/sars/)分析了基因库 (NCBIRefSeqproject)中的 2 7个不同来源的SARS冠状病毒的RNA基因序列 ,找出了主蛋白酶 (CoVMpro)在聚蛋白pp1a和pp1ab中的 2 97个酶切位点 .在此基础上确定的 1 1个SARS冠状病毒主蛋白酶的可切割八肽 .这些八肽都含有SARSCoVMpro 的真实切割点 ,因而是发展SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的适宜出发点 .计算了可切割八肽在特异性位点R2、R1、和R1上的氨基酸的分布概率 ,发现位点R4和R3也有一定的特异性 .分析了这些位点上的氨基酸的结构特征 ,找出了最有希望成为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的两个八肽NH2 -ATLQ↓AIAS-COOH和NH2 -ATLQ↓AENV -COOH ,并探讨了对可切割八肽作化学修饰的思路 ,为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂和非肽类抑制剂的设计提供了基础 .同时把生物信息学用于药物开发 。
- 孙浩杜奇石王树青谢军民李大鹏
- 关键词：SARS抑制剂
- 氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用被引量：1
- 2005年
- 用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献.研究发现,20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同.氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类型蛋白质的结构特征,有深刻的物理和化学的内在原因.我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测,对4种类型的蛋白质都取得了满意的结果.使用LOO(leaveoneout)检验法,4种类型蛋白质的预测正确率分别为:76.9%(α型)、96.7%(β型)、82.2%(α/β型)和78.3%(α+β型),204个蛋白质的整体正确率为84.3%,高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法.
- 谢军民杜奇石王树青李大鹏孙浩
- 关键词：氨基酸蛋白质结构生物信息学
