国家自然科学基金(30500104)
- 作品数：2 被引量：9H指数：1
- 相关作者：陈润生王强赵屹卢宏超石秋艳更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院广西师范大学更多>>
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- 相关领域：生物学更多>>
- 酵母转录调控协作网络的分析(英文)被引量：1
- 2008年
- 协作网通常被用于描述各种社会关系,相似的概念也可以应用到转录调控网络的研究中.针对被调控基因共享转录因子的相似性,可以建立一个被调控基因协作网,同样,根据转录因子调控基因的相似性可以建立一个相对较小的转录因子协作网.对被调控基因协作网的聚类研究发现,大部分的类都显著地富集一个或者多个GO功能注释.进一步的结果分析发现某些GO注释的基因更倾向于共享相似的调控机制.这表明,在协作网中,相对简单的调控机制相似性能捕捉生物功能相关的信息.并且,将在二部图分析中使用的概念——"异常点"引入到协作网的分析中,发现协作网的异常点和致死基因有相关性.综上所述,协作网的方法是分析转录调控网络的一个有用的补充.
- 陈兰蔡伦GEIR SKOGERB_~2陈润生
- 关键词：转录调控网络协作网异常点
- 基于蛋白质网络功能模块的蛋白质功能预测被引量：8
- 2006年
- 在破译了基因序列的后基因组时代,随着系统生物学实验的快速发展,产生了大量的蛋白质相互作用数据,利用这些数据寻找功能模块及预测蛋白质功能在功能基因组研究中具有重要意义.打破了传统的基于蛋白质间相似度的聚类模式,直接从蛋白质功能团的角度出发,考虑功能团间的一阶和二阶相互作用,提出了模块化聚类方法(MCM),对实验数据进行聚类分析,来预测模块内未知蛋白质的功能.通过超几何分布P值法和增、删、改相互作用的方法对聚类结果进行预测能力分析和稳定性分析.结果表明,模块化聚类方法具有较高的预测准确度和覆盖率,有很好的容错性和稳定性.此外,模块化聚类分析得到了一些具有高预测准确度的未知蛋白质的预测结果,将会对生物实验有指导意义,其算法对其他具有相似结构的网络也具有普遍意义.
- 卢宏超石秋艳石宝晨张治华赵屹唐素勤熊磊王强陈润生
- 关键词：蛋白质相互作用网络蛋白质功能预测聚类
