公共文化服务平台

共 3 条记录，以下是 1-3

全选清除导出

排序方式：

胰蛋白酶定向固定化亲和配基的理性设计被引量：5: 2013年; 在胰蛋白酶三维(3D)结构的基础上,首先利用分子对接从ZINC数据库中筛选获得了与胰蛋白酶具有较高亲和性的小分子配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷,并分析了该配基与蛋白质之间的相互作用力主要为范德华和氢键相互作用.并利用分子动力学模拟进一步验证了2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与胰蛋白酶之间具有较强的亲和作用.分子动力学(MD)模拟结果表明,配基-目标蛋白质之间形成稳定的复合物且它们之间的距离基本没有变化.此外,一个水分子通过氢键在配基和目标蛋白质的结合腔之间架桥.最后制备了偶联有该配基的亲和载体,进行了胰蛋白酶的定向固定化,并考察了该固定化酶的活性.研究结果表明,利用修饰2-硝基苯基-β-D-葡糖苷配基的亲和载体固定化胰蛋白酶的酶活达到340.8 U·g^(-1),比活达到300.3 U·mg^(-1),分别是未修饰亲和配基载体的10倍和5倍,具有明显的优势.上述结论证明了结合分子对接和分子动力学模拟理性设计定向固定化亲和配基的方法是可行的,具有一定的理论和实用价值.; 白姝周荣刘夫锋; 关键词：酶催化分子对接分子动力学模拟

三磷酸腺苷结合盒式转运体的分子模拟: 2013年; 三磷酸腺苷结合盒式(ATP binding cassete,ABC)转运体是一类与生物体的生理过程和疾病密切相关的膜蛋白,它们利用水解ATP释放的能量实现底物的跨膜转运。虽然研究者已对ABC转运体进行了广泛而深入的研究,但是由于ABC转运体结构的复杂性,导致许多实验技术在ABC转运体的研究中受到较大限制。分子模拟技术可以弥补实验技术的不足,已成为不可或缺的研究工具。本文综述了近年来分子模拟技术同源模建、分子对接和分子动力学模拟在ABC转运体的三维结构模建,底物结合位点确定以及构象转换分子机理的解析等研究领域的最新进展。最后总结了分子模拟技术在ABC转运体研究中所遇到的挑战和拟解决办法。; 常姗燕刘夫锋; 关键词：ABC转运体 P-糖蛋白同源模建

海藻糖和氨基酸之间相互作用的分子动力学模拟被引量：16: 2014年; 虽然海藻糖已经广泛用于蛋白质稳定性研究,但海藻糖稳定蛋白质的作用机理尚不清晰.本文利用全原子分子动力学模拟研究了20种常见氨基酸和海藻糖之间的分子机理.结果表明,所有氨基酸,尤其是极性和带电氨基酸,均优先与水分子结合.相反,仅有疏水性氨基酸与海藻糖发生相互作用,尤其是芳香族和疏水性氨基酸的侧链更易于和海藻糖接触.所有氨基酸的主链与水分子接触的趋势一致.虽然氨基酸和海藻糖与水之间均形成氢键,但氨基酸和海藻糖之间的氢键相互作用要弱于氨基酸和水之间的氢键相互作用.上述分子模拟的结果对于海藻糖稳定蛋白质作用机理的解析及高效蛋白质稳定剂的理性设计具有非常重要的理论指导意义.; 白姝常颖刘小娟刘夫锋; 关键词：海藻糖渗透剂分子动力学模拟蛋白质稳定性氢键

全选清除导出

共1页<1>

国家自然科学基金(20906068)