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葡萄中一类AP2/EREBP-B1亚族转录因子的电子克隆及生物信息学分析被引量：2: 2011年; 采用电子克隆(In silico cloning)的方法获得3个葡萄ERF类转录因子VvERF2.1、VvERF2.2、VvERF2.3,利用生物信息学方法对基因推导的氨基酸序列从氨基酸组成、理化性质、进化关系、高级结构和功能等方面进行了预测和分析。结果表明:3个转录因子属于AP2/EREBP-B1亚族,与其他物种的ERF在序列组成、结构及活性位点等方面具有高度的一致性。; 郑建立高峰田永生高建杰帅建军彭日荷熊爱生姚泉洪; 关键词：葡萄 AP2/EREBP 电子克隆转录因子生物信息学

基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析被引量：1: 2009年; 利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.; 蔡斌周军李成慧彭日荷熊爱生高峰姚泉洪章镇; 关键词：分子生物学 NAC 基因家族杨树结构域

八棱海棠中转录因子基因MrDREBA6的克隆及表达分析被引量：14: 2009年; DREB类基因是植物中重要的一类转录因子基因,其编码的产物广泛参与生长发育和各类生理过程。根据拟南芥和水稻DREB类基因序列,设计2个兼并引物,利用RACE法从八棱海棠cDNA文库中扩增出一编码DREB类转录因子的cDNA序列,命名为MrDREBA6。从cDNA序列、推测的氨基酸序列、进化树、功能域和分子结构模型进行预测和较为全面的分析,表明MrDREBA6属于DREB类转录因子的A6亚族,蛋白质三级结构与AtRAP2.4和AtERF1相似。荧光定量PCR分析MrDREBA6在各种处理下表达水平显示,MrDREBA6受到PEG、ABA、高盐和低温的诱导表达。另外,组织表达特异性检测表明,正常生长条件下MrDREBA6基因在叶中表达较高,在根和茎中的表达量略低。; 付晓燕彭日荷章镇乔玉山周军朱波高峰田永生赵伟熊爱生姚泉洪; 关键词：八棱海棠转录因子 RACE 荧光定量PCR

一个小麦AP2／ERF转录因子家族单独亚族基因的克隆及分析被引量：1: 2009年; AP2/ERF家族转录因子是植物中重要的一类转录因子,广泛参与植物各类生理过程。为了给该家族转录因子的深入研究提供基础,利用小麦EST数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/UGOrg.cgi?TAXID=4565),以拟南芥AP2/ERF家族转录因子单独亚族成员AtAP2-Soloist的氨基酸序列为探针,搜索到一个小麦UniGene数据,经拼接得到1个全长cDNA序列(TaAP2-Solosit),通过RT-PCR方法从"扬麦15"的cDNA中克隆了该转录因子基因(YM15 AP2-Solosit)。克隆的转录因子核苷酸序列与电子克隆的序列只有1个碱基不同,两者编码氨基酸序列一致。从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、功能域、二级和三级结构等方面进行了分析,结果显示"扬麦15"中的YM15 AP2-Solosit转录因子属于AP2/ERF家族中的单独亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与拟南芥的AtAP2-Soloist相似。EST丰度分析显示,YM15 AP2-Solosit在根、茎、叶和花中均有表达。; 庄静陈建民彭日荷高峰朱波付晓燕ZHANG Jian熊爱生姚泉洪; 关键词：小麦基因克隆

葡萄全基因组SSR分析和数据库构建被引量：18: 2009年; 利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80 065(69.9%)对SSR引物。另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr。; 蔡斌李成慧姚泉洪周军陶建敏章镇; 关键词：SSR 欧亚种葡萄基因组数据库

甘蓝型油菜中一类AP2／ERF转录因子的克隆和生物信息学分析被引量：15: 2008年; AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene C luster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。; 庄静周熙荣孙超才管帮超彭日荷乔玉山章镇高峰蔡斌熊爱生姚泉洪; 关键词：克隆生物信息学甘蓝型油菜沪油15

甘蓝型油菜‘沪油15'中两个CBF类转录因子的克隆与分析被引量：3: 2008年; 以拟南芥CBF家族转录因子AP2保守域的氨基酸序列为信息探针,搜索油菜UniGene数据库,得到2个UniGene:Bna. 2193和Bna.2260,序列拼接得到2个cDNA序列(BnaCBF-1和BnaCBF-2)。通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型油菜‘沪油15'的DNA和cDNA中克隆了上述基因。序列分析显示,克隆的BnaCBF-1-Hy15与BnaCBF-1基因序列完全一样,而BnaCBF-2-Hy15与BnaCBF-2的基因序列差异很小,只有4个氨基酸位点不同,且都没有内含子。从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构进行了预测。结果显示,‘沪油15'来源的BnaCBF-1-Hy15和BnaCBF-2-Hy15转录因子属于AP2/ERF家族中的DREB-A1亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与atCBF1相似。; 庄静朱波金晓芬彭日荷乔玉山章镇熊爱生姚泉洪; 关键词：转录因子 CBF

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国家高技术研究发展计划(2006AA10Z117)

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