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基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析被引量：1: 2009年; 利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.; 蔡斌周军李成慧彭日荷熊爱生高峰姚泉洪章镇; 关键词：分子生物学 NAC 基因家族杨树结构域

抗逆相关DREB转录因子的研究进展及应用被引量：15: 2008年; DREB转录因子即干旱应答元件结合蛋白,可以特异地与DRE顺式作用元件结合,在非生物逆境胁迫(干旱、低温、高盐)中激活胁迫诱导基因的表达,使植物能够耐受水分胁迫的影响。本文介绍DREB转录因子的结构特点和生物学功能,表达调控以及在抗逆基因工程方面的研究进展,同时对DREB转录因子在信号传递和调控网络方面的复杂性进行了讨论。; 高峰熊爱生彭日荷刘金戈蔡斌陈建民姚泉洪; 关键词：转录因子 DREB 基因调控顺式元件

水稻WRKY16基因分析及其转化拟南芥研究: 2009年; 通过酵母单杂交方法从水稻中获得编码转录因子的WRKY16基因。序列分析表明,WRKY16蛋白属于WRKY转录因子家族第二类别。利用根癌农杆菌进行WRKY16基因的拟南芥转化,GUS组织化学染色和PCR检测证明WRKY16基因已经转入拟南芥中,RT-PCR检测进一步证明该基因已在转基因植株得到表达。; 梁崇冯宇梅彭日荷熊爱生薛永李贤姚泉洪黄英金; 关键词：水稻转录因子

葡萄全基因组SSR分析和数据库构建被引量：18: 2009年; 利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80 065(69.9%)对SSR引物。另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr。; 蔡斌李成慧姚泉洪周军陶建敏章镇; 关键词：SSR 欧亚种葡萄基因组数据库

葡萄microRNA的计算识别被引量：5: 2008年; 利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA(microRNA)的各种特征,设计miRNA预测程序-MirFinder,从葡萄全基因组范围中预测出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对这146条miRNA进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21家族,其中8个家族之前未在葡萄中报道过,为葡萄中新发现的miRNA家族,共有20个miRNA。根据植物miRNA和其靶基因间存在较高的序列互补性,预测新miRNA家族的靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。; 蔡斌李成慧彭日荷熊爱生高峰姚泉洪章镇; 关键词：MICRORNA 生物信息学

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国家自然科学基金(30670179)