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细鳞苔科psbA基因的适应性进化分析被引量：8: 2010年; 在时间框架下,采用机理式模型（Mechanistic model）和MEC模型（Mechanistic-empirical combination mod-el）以及Datamonkey对细鳞苔科psbA基因的进化式样进行了分析.结果均未检测到统计上显著的正选择位点,显示负选择对细鳞苔科psbA基因起主导作用.另外,基于UCLD分子钟估算出的细鳞苔科各分支分歧时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世.; 陈晓霞苏应娟王艇; 关键词：PSBA基因分歧时间正选择负选择

裸子植物中光敏色素PHY-PAS1结构域的适应性进化被引量：3: 2009年; 光敏色素是一类红光/远红光受体,在植物种子萌发到成熟的整个生长发育过程中均起重要的调节作用。光敏色素PHY-PAS1结构域存在于光敏色素基因家族的所有成员中,对调节发色团的光谱特性和光信号转导非常关键。光敏色素基因家族通过基因重复产生,而基因重复可能与物种形成有关。PHYP基因是裸子植物光敏色素基因家族发生第1次重复后产生的,并且以单拷贝形式存在。为了研究不同裸子植物PHYP基因编码蛋白的PHY-PAS1结构域在进化过程中是否受到相同的选择压力以及是否发生了适应性进化,该研究利用分支模型、位点模型以及分支-位点模型对裸子植物31条PHYP基因序列编码蛋白的PHY-PAS1结构域所受到的选择压力进行了分析。结果表明,在由PHY-PAS1结构域序列构建的系统树中,多数分支处于强烈的负选择压力下(ω<1);有14个分支处于正选择压力下(ω>1),其中13个分支发生在属内种间;与之相比,在较为古老的谱系中相对缺少这种正选择压力。; 王静王静王艇苏应娟森林张冰; 关键词：适应性进化裸子植物

南方红豆杉紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列的克隆和进化分析被引量：6: 2009年; 从南方红豆杉Taxus wallichianavar.mairei的新鲜嫩叶中提取基因组DNA作为模板,利用三组特异引物进行PCR扩增,然后克隆测序得到紫杉烷7β-羟基化酶的基因全长。该基因编码区起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,全长1 692 bp;碱基组成为490 A(29.0%),351 C(20.7%),362 G(21.4%)和489 T(28.9%)。将紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列与细胞色素P450基因家族的其它三个成员进行比对,发现它与紫杉烷2α-羟基化酶基因、紫杉烷10β-羟基化酶基因及紫杉烷13α-羟基化酶基因的一致性分别为74%、68%及76%。它们的外显子和内含子的连接区均具保守的GT-AG结构,内含子区的变异性明显高于外显子区。进一步以红豆杉属的13个紫杉烷羟基化酶基因家族成员为对象,利用位点间可变ω(非同义替换率dN和同义替换率dS的比值)模型对该基因家族的适应性进化进行分析。分支模型、位点模型以及分支-位点模型的分析表明:紫杉烷羟基化酶基因家族的少数分支处于正选择压力下(ω>1),但未检测到正选择位点;而绝大部分位点受强烈的负选择作用(ω<1)。; 燕丽娜苏应娟王艇; 关键词：南方红豆杉正选择负选择

篦子三尖杉ISSR-PCR体系优化被引量：4: 2009年; 采用正交设计法研究适合篦子三尖杉(Cephalotaxus oliveri)的ISSR-PCR反应体系,对影响ISSR-PCR的模板、引物、Mg2+、dNTP、Taq酶等5个因素进行了优化。确定了篦子三尖杉ISSR-PCR扩增的最佳体系,即20μl的反应体系中包括:1μl 10×PCRbuffer、2.5 mmol/LMg2+、0.2 mmol/L dNTPs、0.25mol/L的ISSR引物、1.5UTaqDNA聚合酶、50 ng模板DNA。运用优化的体系对江西武功山篦子三尖杉总DNA进行ISSR-PCR扩增,获得较好效果。; 应站明杨明照苏应娟; 关键词：篦子三尖杉 ISSR 正交设计 PCR

桫椤科植物DNA提取方法研究被引量：4: 2010年; [目的]探讨桫椤科植物DNA提取的最优方法。[方法]采用经过改良的SDS法和CTAB法对3种桫椤科植物进行基因组DNA提取,用紫外分光光度计测定其在波长260和280nm处的吸光值,并根据A260nm/A280nm的比值分析其DNA的纯度。将提取的基因组DNA进行叶绿体trnL-trnF非编码区序列扩增和ISSR分析。[结果]改进的CTAB法所提出的DNA较纯净,所获得DNA样品的A260nm/A280nm比值在1.750～2.050范围内,琼脂糖凝胶电泳图谱显示条带清晰。[结论]改良的CTAB法更适合桫椤科植物DNA的提取。; 应站明应正河潘伟华; 关键词：桫椤科 CTAB法 SDS法 ISSR

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