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国家自然科学基金(60575005)

作品数:10 被引量:25H指数:3
相关作者:汪四水马飞张玮玮朱丽娜陈晓林更多>>
相关机构:苏州大学辽宁师范大学山西生物应用职业技术学院更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家高技术研究发展计划教育部科学技术研究重点项目更多>>
相关领域:生物学理学更多>>

文献类型

  • 10篇期刊文章
  • 3篇会议论文

领域

  • 10篇生物学
  • 3篇理学

主题

  • 5篇LAMPET...
  • 2篇系统发育
  • 2篇系统发育分析
  • 2篇基因
  • 2篇发育分析
  • 2篇OX
  • 2篇CDNA末端
  • 2篇CDNA末端...
  • 2篇EM算法
  • 2篇ESTS
  • 2篇JAPONI...
  • 1篇性腺
  • 1篇性腺发育
  • 1篇选择性
  • 1篇选择性剪切
  • 1篇人类基因
  • 1篇人类基因组
  • 1篇噬菌体
  • 1篇宿主
  • 1篇随机网络

机构

  • 6篇辽宁师范大学
  • 4篇苏州大学
  • 3篇南京师范大学
  • 2篇山西生物应用...
  • 1篇安徽农业大学

作者

  • 4篇汪四水
  • 3篇马飞
  • 3篇侯林
  • 2篇张玮玮
  • 1篇孙晓松
  • 1篇刘雪娇
  • 1篇李庆伟
  • 1篇沈娟华
  • 1篇金萍
  • 1篇戴雅丽
  • 1篇陈晓林
  • 1篇许诗蓉
  • 1篇马小娟
  • 1篇朱丽娜
  • 1篇沙诗宇
  • 1篇黄惠芳

传媒

  • 3篇苏州大学学报...
  • 2篇Journa...
  • 1篇中国科学(C...
  • 1篇遗传
  • 1篇安徽农业大学...
  • 1篇生物信息学
  • 1篇Scienc...

年份

  • 5篇2009
  • 6篇2008
  • 2篇2007
10 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏ESTs分析与比较转录组研究被引量:6
2007年
以日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏为材料构建cDNA文库,在文库中随机挑选克隆子进行测序共得到10077条有效ESTs(expressed sequencetags)序列.ESTs序列分析显示,8515条ESTs拼成648条片段重叠群,共得到2210条转录本,其中47.06%的转录本预测为全长序列;利用BLAST程序在GenBank数据库中进行同源性搜索发现2053条转录本有同源序列匹配,占总转录本的92.9%.更进一步对这些基因产物进行GeneOntology注释,结果发现,在日本七鳃鳗肝脏中与有颌类免疫、凝血和代谢相关的基因大量表达,并预测了8个新基因.通过对日本七鳃鳗与底鳉(Fundulus heteroclitus)、鼠(Mus musculus)、牛(Bos taurus)和人(Homo sapiens)肝脏转录组的比较分析,发现日本七鳃鳗肝脏中比其他物种优势表达的是甲壳质酶和多糖代谢等相关的基因,这些基因可能在日本七鳃鳗免疫中发挥重要作用.此外,也利用TargetScan软件对日本七鳃鳗肝脏转录组中3'UTR区进行microRNA靶标识别,结果发现了与人类癌症基因调控同源的microRNA靶标,这为研究人类癌症提供了有益的线索.上述结果将为七鳃鳗功能基因和蛋白组学的研究以及脊椎动物的基因组进化提供重要的理论基础.
朱丽娜戴雅丽马飞李庆伟
关键词:肝脏EST
用网络方法识别生物序列motif
2008年
生物序列motif的识别是后基因组时代的一个核心问题。本文首先回顾了识别motif的几种主要算法,然后根据motif的重要性和随机性介绍了利用网络识别motif的两种具有代表性的方法:一种是建立一个随机网络混合模型,利用EM算法识别其中随机的网络motif;另一种用修正的参数流算法过滤出其中的最大密度子图,即为生物序列motif,并指出这两种方法的优劣,最后还对今后研究方向给出了讨论。
许诗蓉汪四水
关键词:随机网络
日本七鳃鳗几丁质酶基因的克隆及功能的初步研究
几丁质酶是具有裂解几丁质多聚物之间β-1,4-糖苷键能力的一种水解酶,在许多物种中广泛存在。但是,包括人类在内的哺乳动物中,至今尚未发现几丁质的存在,却相继发现了体内存在几丁质酶。近几年研究证明,哺乳动物几丁质酶可能在机...
刘雪娇侯林马飞
关键词:几丁质酶性腺发育抗真菌
文献传递
Cloning of the kininogen gene from Lampetra japonica provides insights into its phylogeny in vertebrates被引量:3
2009年
Kininogens, the precursors of bradykinins, ubiquitously exist in vertebrates, including mammals, birds, amphibians, and fishes. To elucidate the phylogeny of kininogen genes in early vertebrates, we cloned the full-length cDNA of kininogen gene from the liver of Lampetra japonica. The open reading frame of this sequence contained 546 bp and encoded 181 amino acids, including a cystatin domain without the canonical binding site for cysteine proteinases and a bradykinin domain. Our results suggested that in lampreys and most of other vertebrates, there might be only one kininogen gene, which was fused by certain sequences during vertebrate evolution and encoded proteins with more functions; however, another special kininogen gene, only encoding the bradykinin domain with multiple copies in some species, arose only in amphibians for adapting themselves to the unique environment. Using reverse transcription PCR, kininogen mRNA was also detected in lamprey gut, kidney, and leukocyte, but absent in lamprey buccal gland. Our findings may provide insights into the phylogeny of kininogen genes as well as other gene families in vertebrates.
Liwei Zhou Xin Liu Ping Jin Qingwei Li
关键词:KININOGENPHYLOGENY
ESTs analyses of Lampetra japonica liver and comparation transcriptome with the jawed vertebrates被引量:3
2008年
A cDNA library was constructed from the liver of Lampetra japonica. 10077 ESTs were obtained by random selecting clones for sequencing. The results demonstrated that 8515 ESTs were assembled into 648 consensus sequences, represented 2210 unique transcripts, 47.06% of which were predicted as full length cDNAs. In addition, 1562 ESTs were singlets. Using the BLAST to align the assembled ESTs, we found that 93.9% (2053) transcripts shared similarity to sequences published in GenBank databases. The functional annotations to assembled ESTs showed that the genes, involved in immu-nology, blood coagulation and metabolism of jawed vertebrates, were highly expressed in the liver of L. japonica. Furthermore, 8 potential novel genes were identified. Further comparing liver transcriptome of L. japonica with Fundulus heteroclitus, Mus musculus, Bos Taurus, and Homo sapiens revealed that the genes of Chitinase and Polysaccharides metabolism were more highly expressed in L. japonica than the others, which implied that they may play an important role in immunity of L. japonica. In addi-tion, using the TargetScan, we marked microRNA target within 3′ UTR of L. japonica liver transcriptome. The data indicated that some microRNA targets were homology with the targets embeded in human cancer genes. The result seems to provide a useful clue to the treatment of human cancer. Therefore, the present work will be an important resource for investigating the functional genomics and pro-teomics of L. japonica as well as evolution of vertebrates.
ZHU LiNa1, DAI YaLi2, MA Fei1 & LI QingWei1 1 College of Life Sciences, Liaoning Normal University, Dalian 116029, China
关键词:JAPONICALIVEREXPRESSEDTRANSCRIPTOME
人类选择性剪接基因与选择性启动子关联的系统分析
基因选择性剪接和基因调控区启动子的选择性使用是真核生物两个极其重要的基因微调机制,在促使蛋白质功能多样化和生物复杂性上都能起到十分重要的作用。启动子的选择性使用是否与选择性剪接有着潜在的联系?到目前为止仍然还不十分清楚。...
马小娟侯林陈曦马飞
关键词:选择性剪切CPG岛人类基因组
文献传递
一类混合正态分布参数估计的EM算法和数据扩张被引量:6
2007年
从解析的角度得到混合正态分布参数的ML估计是很困难的.通过引入"缺失数据",利用Little和Schluchter(1985)提出的处理分类和连续数据的方法,给出具有相同协方差阵的混合正态分布参数估计的EM算法和数据扩张算法.
陈晓林汪四水
关键词:混合正态分布EM算法
日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆与分析被引量:4
2008年
采用RT-PCR和RACE技术,从日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺、肝脏中分离获得了3条Y-box基因序列,分别命名为Lyb1、Lyb2和Lyb3,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为331、181和171个氨基酸残基。采用DNAMAN软件,将七鳃鳗的3个Y-box蛋白氨基酸序列蛋蛋蛋、蛋马蛋、蛋蛋、蛋蛋蛋和小鼠Y-box蛋白进行同源性分析,结果显示他们共有一个保守的冷休克结构域,其中包含两个RNA结合基序RNP-1和RNP-2,表明获得的Lyb基因属于Y-box基因家族成员。此外,从Swiss-Prot下载了经实验验证过的Y-box蛋白序列数据,结合实验克隆得到的Lyb基因所编码的氨基酸序列构建系统发育树,发现Y-box基因在有颌类出现以前只有一种类型,有颌类出现以后,Y-box基因分化成YB1、YB2和CSDA三种类型。
金萍张玮玮黄惠芳马飞
关键词:系统发育分析
日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆及脊椎动物Y-box基因的系统发育分析
采用RT-PCR和RACE技术,从日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺、肝脏中分离获得了3条Y-box基因序列,分别命名为Lyb1、Lyb2和Lyb3,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为331、...
金萍侯林马飞
关键词:系统发育分析
文献传递
噬菌体及其宿主终端酶序列的系统进化研究被引量:1
2009年
在原核生物的进化过程中,基因的横向转移(HGT)是一个重要的进化机制。为了研究HGT在噬菌体及其宿主体内的发生情况,分析多个物种的终端酶蛋白质序列。结果显示,大部分噬菌体与其宿主间的蛋白质序列中,终端酶的大、小亚基的同源性都非常之高,小亚基的序列几乎与其宿主完全一致。相比之下,噬菌体间的蛋白质序列同源性非常低。系统发生分析显示,序列相似性高的噬菌体较容易与其宿主聚集,产生寄生关系。结果表明,在噬菌体及其选择的宿主之间存在HGT,而且这种作用可能对终端酶的进化产生重要的影响。
沙诗宇张玮玮马飞
关键词:细菌噬菌体分子进化
共2页<12>
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