国家大学生创新性实验计划项目(CQUCX-G-2007-18)
- 作品数：2 被引量：8H指数：2
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- RNA二级结构预测的自适应鱼群算法模型被引量：6
- 2010年
- 基于人工鱼群算法的基本理论,提出了预测RNA二级结构预测的自适应人工鱼群算法模型。该模型对人工鱼群算法在处理组合优化问题时存在的缺陷进行了相应改进,在算法中加入的自适应思想既保证了算法的快速收敛,同时又有效地避免了盲目搜索。仿真实验中将本模型与基于粒子群算法的模型以及基于遗传模拟退火算法的模型进行了比较研究,结果表明,使用自适应鱼群算法进行RNA序列的二级结构预测能获得较理想的预测效果。较之另两种方法,鱼群算法能有效减少计算量、节省计算时间,特别当待测序列长度大于500时,鱼群算法在收敛速度上有着明显优势。
- 何静媛邹东升何中市
- 关键词：RNA二级结构人工鱼群算法自适应组合优化
- RNA二级结构预测SVMs模型研究被引量：2
- 2008年
- 扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点.
- 何静媛何中市陈自郁
- 关键词：支持向量机RNA二级结构
