温州市科技局科研基金(Y2003A005)
- 作品数：3 被引量：0H指数：0
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- 相关机构：温州医学院杭州华大基因研发中心更多>>
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- 2株SARS相关冠状病毒主要结构蛋白基因的多态性分析
- 2006年
- 目的:分析2株SARS相关冠状病毒(Severeacuterespiratorysyndrome-associatedcoronavirus,SARS-CoV)HK21378和BJ104的主要结构蛋白基因序列的多态性以及蛋白质结构变化与功能的关系。方法:提取组织培养物中的SARS-CoV基因组RNA,对RT-PCR产物进行测序;以GZ02为参照序列,对蛋白质编码序列进行基因多态性分析和蛋白质结构与功能关系分析。结果:①与SARS-CoVGZ02株相比较,HK21378和BJ104主要结构蛋白编码序列共有14个变异位点,其中9个变异位点为两者共有3,个变异位点见于HK21378,2个变异位点见于BJ104;与GenBank数据库已发表的103株SARS-CoV基因组数据比较,变异位点22901(T→G)为BJ104特有,未见于已发表的其他SARS-CoV基因组中;在14个多态位点中,有5个多态位点为同义突变,其余9个为非同义突变。②14个变异位点中有11个变异发生在S蛋白编码区,其碱基变异频率为3.7/kb;2个见于M蛋白编码区,其碱基变异频率为3.0/kb;1个见于N蛋白编码区,碱基变异频率为0.8/kb;而E蛋白编码区未见变异位点。结论:SARS-CoV的主要结构蛋白编码区容易发生变异,尤其是膜表面S蛋白和M蛋白编码区。
- 齐艳包其郁田薇徐建成
- 关键词：SARS相关冠状病毒结构蛋白基因多态性
- SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因克隆和变异分析
- 2005年
- 目的 :获得SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因的克隆。方法 :将SARS病毒RNA基因组逆转录合成cDNA ,PCR得到阳性条带 ,将其亚克隆到pUCm T载体中进行酶切及测序分析 ,并与Genbank中核苷酸序列进行同源性分析。结果 :阳性克隆经酶切鉴定 ,目的基因片段长度为 1 90 5bp ,与Genbank中另外 4 5株的SARS病毒株的S蛋白S1片段基因比较 ,共有 1 3个位点发生突变 ,其中有 8处为同义突变 ,5处为错义突变。结论 :成功克隆SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因 ,为该基因的表达及功能研究奠定了基础。
- 吴淑珍张洪勤包其郁毕云天黄慧聪
- 关键词：SARS冠状病毒
- SARS冠状病毒Orf3和Orf4的克隆和分析
- 2005年
- 目的 :克隆SARS冠状病毒的Orf3和Orf4两个开放性读框 ,并对其进行DNA序列和蛋白质结构分析。方法 :通过RT PCR ,从SARS冠状病毒基因组中扩增得到特异性片段 ,利用TA克隆将PCR产物克隆入PUCm T载体并进行测序、同源性比较和蛋白质结构分析。结果 :RT PCR扩增出的特异产物与预期长度相符 ,序列分析表明 ,其核苷酸序列与已发表的SARS病毒的Orf3和Orf4同源性在 99%以上。结论 :成功克隆SARS冠状病毒Orf3和Orf4两个开放性读框 ,为表达及功能研究奠定了基础。
- 张洪勤吴淑珍毕云天包其郁
