上海市自然科学基金(10ZR1433100)
- 作品数：8 被引量：21H指数：3
- 相关作者：刘兴元郑桂芬赵红周宁魏东更多>>
- 相关机构：同济大学附属同济医院上海市胸科医院同济大学更多>>
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- 相关领域：医药卫生更多>>
- 法洛四联症相关GATA6基因新突变的识别被引量：2
- 2012年
- 目的识别法洛四联症（TOF）相关GATA6基因新突变。方法收集2007年1月至2011年10月在上海同济医院连续就诊的120例汉族TOF患者（男63例，女57例，年龄0．5～8．0岁）和200名种族匹配的健康对照者的临床资料和血标本，应用PCR扩增GATA6基因的全部编码外显子及其两侧的部分内含子，采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序。借助BLAST程序将所测序列与GenBank中的已知序列进行比对以识别基因突变，利用ClustalW软件分析突变氨基酸的保守性并用MutationTaster软件预测突变的致病性。结果在其中3例TOF患者的GATA6基因各识别出1个新的杂合错义突变，即第73、364和591位的密码子分别由CCC、AGC和GCC变为CTC、CGC和GGC，导致第73、364和591位的氨基酸分别由脯氨酸、丝氨酸和丙氨酸变为亮氨酸、精氨酸和甘氨酸，亦即P．P73L、P．S364R和P．A591G突变。这3种突变均不存在于200名正常对照者中，多物种GATA6序列比对显示突变氨基酸在进化上高度保守，致病性预测显示这3种变异均为致病性突变。结论识别出TOF相关GATA6基因新突变，有助于TOF的早期防治。
- 郑桂芬赵红魏东周宁刘兴元
- 关键词：法乐四联症遗传学
- 房间隔缺损患者GATA4基因新突变的识别被引量：2
- 2010年
- 目的 识别房间隔缺损患者新的分子遗传缺陷.方法 收集180例房间隔缺损患者的临床资料和血液标本.以200名健康者作为对照.应用聚合酶链反应扩增GATA4基因的全部外显子,采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序.借助BLAST程序将所测序列与GenBank中的已知序列进行比对以识别基因突变,并用Clustal W软件分析突变氨基酸的保守性.结果 在2例房间隔缺损患者的GATA4基因中各识别出1个新的杂合错义突变,即第21和第87位的密码子分别由GGC和CCG变为GTC和TCG,导致第21和87位的氨基酸分别由甘氨酸和脯氨酸变为缬氨酸和丝氨酸,即G21V和P87S突变.而健康者GATA4基因中未识别出这2个突变.多物种GATA4序列比对显示,突变氨基酸在进化上均高度保守.此外,还识别出1个不改变氨基酸的单核苷酸多态,即c.99 G＞T多态,但是ASD患者与健康者之间基因型和等位基因频率分布差异无统计学意义（GG比GT,x2=0.7556,P=0.3847;G比T,x2=0.7235,P=0.3950）.结论 识别出新的GATA4基因杂合错义突变,有助于房间隔缺损的早期防治.
- 刘兴元杨奕清马军林小平郑景浩白凯陈义汉
- 关键词：心脏缺损先天性突变转录因子
- 先天性房间隔缺损相关GATA6基因新突变的检测与临床意义被引量：8
- 2012年
- 目的识别先天性房间隔缺损（ASD）相关GATA6基因新突变。方法本研究为病例对照研究。选取2008年1月至2011年10月同济大学附属同济医院220例无血缘关系的汉族先天性ASD患者以及200名种族匹配的健康对照者。抽取外周血标本，应用聚合酶链反应扩增GATA6基因的全部编码外显子及其侧翼序列，采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序。借助BLAST程序将所测序列与GenBank中的已知序列进行比对以识别基因突变，并用ClustalW软件分析突变氨基酸的保守性。结果在3例ASD患者的GATA6基因各识别出1个新的杂合错义突变，即c．250G〉A（P．A84T）、c．649G〉C（P．G217R）和c．1270A〉C（P．S424R）突变。这3种突变均不存在于200名健康对照者中，多物种GATA6序列比对显示突变氨基酸在进化上相对保守。结论发现先天性ASD相关GATA6基因新突变，有助于揭示ASD的发病机制。
- 郑桂芬赵红魏东周宁刘兴元
- 关键词：房间隔缺损突变
- 先天性心脏病相关PITX2c基因新突变研究被引量：2
- 2015年
- 目的:研究先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)相关PITX2c基因的新突变。方法:收集150例CHD患者和200名正常对照者的外周静脉血标本,使用DNA纯化试剂盒分离基因组DNA。使用DNA聚合酶扩增PITX2c基因的编码区和剪接位点,应用DNA测序试剂盒在DNA分析仪上对扩增片段进行测序。将所测序列与GenBank数据库中的PITX2c基因序列进行比对以发现PITX2c基因突变。使用在线程序MUSCLE分析突变氨基酸的保守性,分别应用MutationTaster和PolyPhen-2分析突变氨基酸的致病性。结果:在1例散发性CHD患者发现了1个新的PITX2c基因杂合错义突变,即p.S101G突变,突变率约为0.67%。该错义突变不存在于200名正常对照者。跨物种PITX2c蛋白之氨基酸序列对比显示第101位的丝氨酸在进化上完全保守,致病性预测显示所发现的PITX2c基因变异是致病性突变。结论:本研究揭示了CHD相关PITX2c基因新突变,对于制定新的CHD防治策略具有潜在的意义。
- 潘云周宁赵红郑桂芬刘兴元
- 关键词：先天性心脏病室间隔缺损遗传学转录因子
- 先天性心脏病患者GATA4基因突变谱分析被引量：1
- 2012年
- 目的:分析先天性心脏病患者GATA4基因的突变谱,揭示先天性心脏病的分子病因。方法:收集110例无血缘关系的先天性心脏病患者的临床资料和血标本,以100名无血缘关系的健康者为对照。应用聚合酶链反应扩增先天性心脏病相关基因GATA4的全部编码外显子和外显子两侧的部分内含子,采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序。将所测的序列与GenBank数据库中的GATA4基因序列进行比对,识别出GATA4基因突变,并用序列比对在线软件ClustalW2分析突变氨基酸的保守性。结果:在3例无血缘关系的先天性心脏病患者的GATA4基因各识别出1个新的杂合错义突变,即P42T、V48M和S191I突变,这些突变不存在于正常对照者,而且突变氨基酸在哺乳动物进化上有高度的保守性。结论:该研究结果可能揭示了先天性心脏病新的分子病因,有助于先天性心脏病患者的早期防治。
- 董斌斌郑桂芬赵红魏东刘兴元
- 关键词：先天性心脏病遗传学转录因子
- 先天性室间隔缺损中的一个GATA4基因新突变被引量：4
- 2010年
- 目的 研究GATA4基因新突变导致先天性室间隔缺损（ventricular septal defect,VSD）的分子机制.方法 收集185例先天性VSD患者的临床资料和血标本,以200名健康者为对照.应用PCR扩增GATA4基因的全部外显子,采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序以识别基因突变.克隆GATA4基因,通过定位诱变获得相应的突变体,应用脂质体将GATA4基因重组表达质粒及心房利钠肽基因启动子启动绿色荧光蛋白表达的报告载体转染HeLa细胞,应用逆转录-PCR研究GATA4基因突变对其编码的转录因子的活性的影响.结果 在1例VSD患者的GATA4基因发现1个新的杂合错义突变c.191G＞A,即第64位的密码子由GGA变为GAA,导致第64位的甘氨酸变为谷氨酸,即G64E突变.细胞表达分析显示GATA4突变G64E使转录因子的活性降低.结论 在先天性VSD患者发现GATA4新突变G64E,该突变可能通过抑制转录因子的活性而参与先天性VSD.
- 杨奕清汤永庆刘兴元林小平陈义汉
- 关键词：先天性心脏病GATA4基因转录因子突变
- 先天性心脏病相关GATA5基因突变研究被引量：5
- 2013年
- 目的:识别先天性心脏病(CHD)相关GATA5基因新突变。方法:收集100例无血缘关系的CHD患者和200名无血缘关系且种族匹配的健康对照者的临床资料和血标本。抽提基因组DNA,通过聚合酶链反应扩增GATA5基因的编码外显子及其剪接位点,采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序。将所测的序列与GenBank数据库中的GATA5基因序列进行比对以发现GATA5基因突变。应用多序列比对软件ClustalW评估突变氨基酸的保守性,应用致病性预测软件MutationTaster预测突变的致病性。结果:在2例CHD患者各发现1个新的GATA5基因杂合错义突变,突变率为2%。其中1个是GATA5基因编码核苷酸序列第395位的鸟嘌呤(guanine,G)变为胸腺嘧啶(thymine,T),即c.395G>T突变;另一个是GATA5基因编码核苷酸序列第991位的胞嘧啶(cytosine,C)变为腺嘌呤(adenine,A),即c.991C>A突变。多序列比对显示2种突变氨基酸在进化上均高度保守。致病性预测显示2种突变均有致病性。结论:本研究发现了CHD相关GATA5基因新突变,有助于揭示CHD新的分子机制。
- 毛红柳刘兴元
- 关键词：先天性心脏病遗传学转录因子突变
- 先天性室间隔缺损患者GATA4基因新突变的识别被引量：2
- 2010年
- 目的识别先天性室间隔缺损患者新的GATA4基因突变，以确定其在室间隔缺损中的防治价值。方法收集160例先天性室间隔缺损患者的临床资料和血标本，以200名健康者为对照。应用PCR扩增GATA4基因的全部外显子，采用双脱氧核苷链末端合成终止法对全部扩增片段进行测序。借助BLAST程序将所测序列与GenBank中的已知序列进行比对，以识别基因突变，并用Clustal W软件分析突变氨基酸的保守性。结果从160例先天性室间隔缺损患者中，发现3例室间隔缺损患者的GATA4基因中各有1个新的杂合错义突变，即第191、267和380位的密码子分别由AGC、GTG和GTG变为GGC、ATG和ATG，导致第191、267和380位的氨基酸分别由丝氨酸、缬氨酸和缬氨酸变为甘氨酸、蛋氨酸和蛋氨酸，亦即S191G、V267M和V380M突变；200名健康对照者均无这些突变。多物种GATA4基因编码氨基酸序列比对显示，第267位的缬氨酸在进化上高度保守。此外，还发现了1个不改变氨基酸的单核苷酸多态，即c．99G〉T多态，但这些多态在室间隔缺损组（GG基因型87．5％，GT基因型12．5％，TT基因型0％）和健康对照组（GG基因型93．0％，GT基因型7．0％，TF基因型0％）间的频率分布差异无统计学意义（两组基因型频率比较，x^2=3．1441，P=0．0762；等位基因频率比较,x^2=2．9877，P=0．0839）。结论从先天性室间隔缺损患者的GATA4基因中识别出新的杂合错义突变，揭示了室间隔缺损的新分子病因，这将有助于室间隔缺损的早期防治。
- 刘兴元杨奕清马军林小平陈义汉
- 关键词：室间隔缺损突变
