江苏省自然科学基金(BK2003213)
- 作品数：8 被引量：68H指数：5
- 相关作者：施季森童春发王桂凤周猛杨立伟更多>>
- 相关机构：南京林业大学浙江工业大学上海植物园更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家重点基础研究发展计划引进国际先进农业科技计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 萱草属野生资源遗传距离和多态性分析被引量：7
- 2007年
- 以萱草属的9个野生种和1个变种为材料，应用ISSR-PCR分子标记技术，对野生种间的亲缘关系和多态性进行了研究。从123条ISSR通用引物中筛选出了10条扩增产物清晰且多态性高的引物，对实验样本进行扩增，共产生了218条条带，多态率为100％，野生种间遗传多态性丰富。采用TFPGA数据分析软件，计算出Nei＇s相似系数和遗传距离，构建亲缘关系树状聚类图。野生种之间的遗传距离为0．0187～0．4941，种间遗传差异明显。其中，北黄花菜与黄花菜的遗传距离最小，矮萱草与黄花萱草之间的遗传距离最大。亲缘关系聚类图显示各种被聚为4组：北黄花菜、黄花某、萱草、小萱草、重瓣萱草为一组；西南萱草、折叶萱草和小黄花菜聚为另一组；黄花萱草和矮萱草各为一组。因此，矮萱草与其他种间亲缘关系最远；黄花萱草其次；黄花菜与北黄花菜亲缘关系最近；萱草、小萱草、重瓣萱草亲缘关系接近；西南萱草与折叶萱草、小黄花某亲缘关系接近。
- 朱云华苏倩武文婷李霞施季森
- 关键词：萱草属ISSR亲缘关系多态性
- 杉木木材形成过程特异表达基因的鉴定与分析被引量：12
- 2007年
- 为了获得杉木木质化过程中特异表达的基因,本研究利用抑制差减杂交技术,以杉木突变体独干杉无性系为测试方(Tester),正常的句容0号无性系为驱动方(Driver),构建了正向差减文库,获得了618个克隆。利用通用引物T7和SP6进行PCR及EcoRⅠ酶切鉴定文库重组子,同时,利用点杂交技术,以正向差减、反向差减及未差减的测试方和驱动方四种探针,进行了进一步的筛选阳性克隆。用定量PCR对结果进行了初步验证。260个单一ESTs中60%的与已知蛋白具有显著同源性,可分为4个主要类别:新陈代谢、细胞壁生成和结构重构、信号传导和胁迫。系统分析参与杉木木材形成的基因对了解木质部分化的分子机制具有重要意义,是了解木材形成遗传控制的直接信息来源,也是改良材形和纤维性质的潜在候选基因。
- 王桂凤高燕杨立伟施季森
- 关键词：杉木木材形成抑制差减杂交
- 杨树部分基因起始密码子AUG侧翼序列特征分析被引量：2
- 2008年
- 对297条杨树基因序列的起始密码子AUG侧翼区序列(-20位点-+6位点)的碱基分布特性进行了统计学分析,并对高表达基因和低表达基因翻译起始位点侧翼序列碱基的保守性和关联性进行了对比分析。结果表明:紧邻起始密码子5′端的-1、-2、-3、-4、-5和-6位点均强烈偏好A,+4位点强烈偏好G,同时高表达和低表达基因的-20位到+4位中某些位点的保守性存在较大差异,其中高表达基因的-6,-3和+4位可能与其高表达的特性有关;通过关联性分析可以看出,在起始密码子侧翼序列的某些特定区域碱基之间的关联性可能也与翻译起始效率有关系;相关性分析表明低表达基因的AUGCAI主要受到"AUG"侧翼区序列的GC含量的影响,低表达基因在"AUG"侧翼区富集GC对翻译有一定影响。
- 单文娟周猛卫巍童春发施季森
- 关键词：杨树保守性
- 基因芯片筛选差异表达基因方法比较被引量：5
- 2008年
- 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面,SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好;数据分布方面,正态分布的识别效果较好,卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明,SAM、Samroc和回归模型方法相近,而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。
- 单文娟童春发施季森
- 关键词：基因芯片杨树
- 杨树同义密码子用法的初步分析(英文)被引量：23
- 2007年
- 杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：密码子用法基因长度基因表达水平杨树
- 杉木雄球花减数分裂及其进程被引量：2
- 2007年
- 利用压片法,通过连续的采样,研究了杉木雄球花花粉母细胞减数分裂的规律。结果表明:杉木雄球花花粉母细胞减数分裂与一般植物的花粉母细胞(PMCs)减数分裂相似,但其减数分裂的染色体进程因个体的不同而不同,甚至同一个体不同部位的减数分裂时期也表现为不同步。在某一雄球花内,小孢子叶从中央向两端逐步成熟。杉木花粉母细胞减数分裂时期与颜色和大小变化有密切的关系,其颜色发生从黄褐色—翠绿色—绿色—褐色—深褐色的变化,其中杉木雄球花颜色变化与其减数分裂进程有极其密切的关系。
- 徐进施季森王桂凤
- 关键词：杉木雄球花减数分裂进程
- 杉木花粉母细胞减数分裂的细胞学特性及异常现象的观察被引量：12
- 2007年
- 用2种荧光染料(CMA、DAPI)对3个杉木无性系花粉母细胞减数分裂的染色体进行荧光染色,发现在减数分裂的花粉母细胞的各个时期,染色质或染色体上有CMA荧光亮点出现,而无DAPI荧光亮点。在杉木花粉母细胞减数分裂过程中观察到一些异常细胞学行为,即单价体和多价体、染色体桥、滞后染色体、不均等分离、微核等异常现象。对杉木花粉的生活力差异与杉木小孢子形成过程中减数分裂异常现象之间的关系进行了讨论。
- 徐进施季森杨立伟王桂凤
- 关键词：杉木染色体减数分裂
- 杉木木材形成过程扩展蛋白基因的克隆与表达分析被引量：6
- 2011年
- 扩展蛋白是一类细胞壁结合蛋白,在一定的pH值下无需任何激活蛋白就可诱导细胞壁的伸展。以杉木木材形成的特异表达基因文库中获得的扩展蛋白ESTs序列为基础,通过RLM-RACE技术成功克隆到3条全长扩展蛋白基因。其中ClEXPA1 cDNA全长1033 bp,包括247个氨基酸的开放阅读框(ORF)区;ClEXPA2cDNA全长1374bp,包括268个氨基酸的开放阅读框;ClEXLA1cDNA全长1023bp,包括272个氨基酸的开放阅读框。进化树重建结果表明:ClEXPA1和ClEXPA2属于α-expansin(EXPA);ClEXLA1属于γ-expansin(EXLA)。实时定量PCR显示:ClEXPA1和ClEXPA2具有较为相同的表达模式,在形成层区域表达最高,在针叶及茎尖中度表达,成熟木质部表达较低,而根和花粉中几乎不表达;ClEXLA1在形成层及针叶中均有较高的表达,在木质部及茎尖中度表达,花粉中表达较低,而根中几乎检测不到。该组扩展蛋白的成功克隆,将为系统研究扩展蛋白在木材形成过程中的表达、功能及调控机制提供基因资源。
- 高燕
- 关键词：杉木木材形成
