云南省应用基础研究基金(2007A023M)
- 作品数：8 被引量：12H指数：2
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- 相关领域：生物学更多>>
- 不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
- 2010年
- 不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。
- 潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子MARKOV模型
- 小鼠基因内含子中CpG岛和几个转录调控元件分析
- 2012年
- 内含子在基因转录调控中的作用已多次被实验报道,然而对其参与调控的普遍性还缺乏足够的理论支持。本研究利用计算分析方法,对小鼠基因内含子中的CpG岛(CpGisland)、TATA框(TATAbox)、CAAT框(CAATbox)以及GC框(GCbox)等元件的出现频率进行分析。结果发现,分别有56.01%、57.16%、65.88%和41.86%的第一内含子具有CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框,而它们在其它内含子中的平均出现频率则分别为14.07%、45.24%、49.91%和13.19%。即使考虑到不同位置的内含子,这些元件在第一内含子中的出现频率也显著高于它们在其它任何位置内含子中的出现频率。由于CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框均与基因的转录调控有关,据此推测小鼠第一内含子在基因转录调控过程中具有潜在的重要性。本研究结果为内含子参与转录调控提供了更多的理论依据。
- 李慧敏陈丹
- 关键词：小鼠内含子CPG岛调控元件
- 酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析被引量：1
- 2010年
- 分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
- 胡俊潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子
- 酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析被引量：1
- 2010年
- 真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0～100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用。这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识。
- 田瑞琴张静胡俊
- 关键词：酵母基因启动子转录因子结合位点
- 基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析
- 2011年
- 识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性。本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体。这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%。本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断。本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对。研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性。这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况。
- 周荣阁张静
- 关键词：酵母基因启动子
- 人与小鼠核糖体蛋白基因内含子中的转录调控位点分析被引量：2
- 2012年
- 前期对酵母和果蝇核糖体蛋白(Ribosomal protein,RP)基因内含子序列中的寡核苷酸分析表明,内含子中含有潜在的转录因子结合位点。为进一步发掘核糖体蛋白基因内含子参与转录调控的证据,文章首先基于频率分析方法抽提出人和小鼠核糖体蛋白基因第一内含子中高频(Over-represented)出现的寡核苷酸片段(亦称模体,Motif),这些寡核苷酸中超过85%与已知的转录因子结合位点吻合,是潜在的转录调控元件。对抽提出的寡核苷酸进行碱基组成分析,发现95%以上的寡核苷酸富含碱基C和G,而较少富含A和T。从寡核苷酸在内含子中的分布情况看,它们相对靠近第一内含子的5′端,即距离基因转录起始位点和上游区域较近。推测这些特征可能与基因转录调控有关。
- 李慧敏陈丹
- 关键词：小鼠内含子转录调控
- 基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取被引量：3
- 2013年
- 基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段。借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法。鉴于肿瘤基因表达谱样本数据维数高、样本量小以及噪音大等特点,提出一种结合支持向量机应用平均影响值来寻找肿瘤信息基因的算法,其优点是能够搜索到基因数量尽可能少而分类能力尽可能强的多个信息基因子集。采用二分类肿瘤数据集验证算法的可行性和有效性,对于结肠癌样本集,只需3个基因就能获得100%的留一法交叉验证识别准确率。为避免样本集的不同划分对分类性能的影响,进一步采用全折交叉验证方法来评估各信息基因子集的分类性能,优选出更可靠的信息基因子集。与基它肿瘤分类方法相比,实验结果在信息基因数量以及分类性能方面具有明显的优势。
- 李凌波张静陈丹
- 关键词：基因表达谱秩和检验支持向量机
- 果蝇核糖体蛋白基因中潜在转录协同作用模体的统计分析被引量：5
- 2010年
- 首先基于频率分析方法抽提出果蝇核糖体蛋白(RP)基因外显子上游直至第1个内含子结束的序列(称为启动子)中潜在的调控模体,这些模体中有85%与实验上的转录因子匹配.然后将抽提出的模体两两配对,运用超几何分布找出出现条数比例在RP基因中显著高于在背景启动子中的模体对,并进一步用K-S检验提取出它们在RP基因中的距离分布与背景距离分布有显著差异的模体对,这些模体对被认为具有转录协同作用.它们中的一部分与实验结果匹配.分析提取出的模体对在序列中的位置分布,发现它们主要的协同作用区域是上游区,而上游和内含子之间的协同作用也是一种重要的组合调控形式,同时发现模体对的模体间距离大部分位于300bp以内,并且在第一外显子附近较为集中.这些结果将有助于对RP基因转录调控机制的认识.
- 李慧敏胡俊张静
- 关键词：果蝇基因上游外显子内含子
