国家自然科学基金(31270593)
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
- 相关作者：魏建华张杰伟陈亚娟王宏芝丁莉萍更多>>
- 相关机构：北京市农林科学院农业生物技术研究中心东北林业大学北京市农林科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划北京市农林科学院科技创新能力建设专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 毛果杨CBF/DREB1基因家族生物信息学分析被引量：6
- 2018年
- 【目的】为了对毛果杨CBF基因家族进行系统分析,利用毛果杨基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定毛果杨CBF基因家族的染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测。【方法】通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】毛果杨含有6个CBF基因,均不含内显子,分布于毛果杨的5条染色体上。【结论】MEME保守基序分析显示,杨树CBF蛋白均含有2个保守的基序,他们共同构成AP2结构域。磷酸化位点预测分析表明毛果杨CBF蛋白均含有大量的磷酸化位点。以上结果将为今后揭示毛果杨CBF蛋白的功能提供重要的线索。
- 丁咚陈亚娟崔进荣魏建华张玉红张杰伟
- 关键词：杨树基因家族进化分析
- 酵母双杂交筛选与杨树Subgroup 4 MYB转录因子相互作用的蛋白质被引量：2
- 2014年
- MYB转录因子在次生细胞壁合成转录调控过程中发挥重要的作用。为了深入研究杨树Subgroup 4MYB转录因子的作用机制,应用酵母双杂交的方法,以杨树Subgroup 4 MYB基因Poptr_0004s18020.1(MYB221)、Poptr_0009s13640.1(MYB156)和Poptr_0019s00750.1(MYB057)为诱饵蛋白,从毛白杨次生维管组织均一cDNA文库中筛选互作蛋白,获得了9个与Subgroup 4 MYB互作的蛋白质,并通过生物信息学方法分析候选蛋白可能的生物学功能。为进一步研究杨树Subgroup 4 MYB转录因子的作用机制奠定了基础。
- 宫宇魏建华张少斌王宏芝
- 关键词：MYB转录因子酵母双杂交
- 杨树磷酸肌醇特异性磷脂酶C基因家族鉴定与分析被引量：5
- 2016年
- 为了对已测序杨树Populus trichocarpa Torr.＆Gray中磷酸肌醇特异性磷脂酶C（phosphoinositidespecific phospholipase C,PI-PLC）家族基因进行系统分析,利用杨树基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定杨树PI-PLC家族基因的基因结构、染色体定位和编码蛋白,通过蛋白序列比对进行进化和分类分析。结果表明,杨树中含有7个PI-PLC家族基因,含有8-10个外显子,分布于杨树的4条染色体上。MEME和Pfam保守结构域分析显示,杨树PI-PLC蛋白均含有4个保守的EF、X、Y和C2结构域。蛋白质进化树分析结果表明PI-PLC可分为2个亚家族。
- 张杰伟丁莉萍陈亚娟王宏芝魏建华
- 关键词：杨树进化分析基因家族
