辽宁省高等学校优秀人才支持计划(2009R26)
- 作品数：14 被引量：14H指数：2
- 相关作者：宋有涛李辉徐利楠何剑为沈曼莉更多>>
- 相关机构：辽宁大学沈阳医学院更多>>
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- 相关领域：生物学医药卫生理学农业科学更多>>
- Hsp70核苷酸结合域突变体影响酶活的分子动力学模拟研究被引量：2
- 2013年
- 分子伴侣蛋白Hsp70氮端核苷酸结合域(NBD,nucleotide-binding domain)的ATP酶活性变化对其行使分子伴侣功能具有重要作用。本文采用分子动力学模拟方法研究酵母分子伴侣Hsp70氮端NBD内残基A17,R23,G32和R167点突变对其ATP酶活性区域构象影响及功能关系。结果表明,突变体A17V,T23H,G32S的ATP结合口袋袋口的loop1(第一个转角,连接β1与β2)结构柔性增强,活性残基T11侧链明显向内移动,从而更加接近ATP的γ-磷酸基团,更容易使ATP水解。这可能最终导致ATP酶活性增强,从而引起分子伴侣功能的变化。
- 周小红徐利楠薛友林宋有涛
- 关键词：HSP70分子动力学模拟突变体
- Val55点突变对鸡胱抑素I66Q结构稳定性影响的分子动力学研究
- 2012年
- Val55是鸡胱抑素(Chicken cystatin,cC)铰链环状区的重要位点。本文采用分子动力学模拟的方法研究了V55位点突变对cC典型的淀粉样突变体I66Q结构稳定性的影响情况,并深入探讨了其分子机制。研究表明V55N和V55D对I66Q突变体都有稳定其结构的作用,但V55N的稳定作用更显著。进一步研究发现V55N和V55D对I66Q的这种稳定作用是由于突变后的55位残基与邻近残基形成了较多稳定的氢键,从而增加了自身位点及Loop1、β2-β3的稳定性,并进一步稳定了I66Q的α-螺旋和疏水核心结构。这可能最终阻碍胱抑素淀粉样突变体I66Q结构域交换的发生。
- 张梦媛徐利楠沈曼莉何剑为宋有涛
- 关键词：胱抑素分子动力学模拟
- 马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子动力学和分子对接的研究被引量：2
- 2014年
- 马铃薯贮藏蛋白Patatin具有水解脂肪的能力,且特定位点的突变能够影响Patatin的水解酶活性.Patatin的水解酶活性中心是由Ser77和Asp215组成,首先采用分子动力学方法研究Patatin及其突变体的稳定性和构象变化,通过结构比对没有发现构象规律性的变化,然后采用分子对接方法,发现了两个基团(Patatin及其突变体活性位点Ser77的羟基与底物p-硝基苯基癸酯的酯键)间的距离具有规律性:即H109A和D182A(活性减弱)两个基团之间的距离偏大,而R368A,E140A,H109N(活性增强)两个基团之间的距离偏小,符合之前的生化数据.这说明Ser77的羟基与底物PNPC10的酯键间的距离可能能够影响底物小分子与Patatin蛋白的结合,从而影响Patatin酯酶的活性.同时,根据细胞内溶质磷脂酶A2(cPLA2)反应过程,我们推测了Patatin与底物之间可能的催化机制.
- 宋有涛徐姣周雷孙玉娜周小红张桥石薛友林
- 关键词：PATATIN动力学模拟分子对接突变体
- Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟被引量：2
- 2014年
- Hsc70与auxilin蛋白组成的系统是Hsp70/Hsp40分子伴侣系统家族的一员,在热休克反应中发挥重要作用。本文为得出auxilin蛋白J结构域的关键氨基酸,首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C与auxilin D876C的复合物结晶结构作为初始模型,进行分子动力学模拟,通过比较平衡后的结合部位发现,将形成二硫键的氨基酸突变为原来的氨基酸结构在结合位点上与生化结果较为相近,之后利用此结构通过拉伸动力学模拟分析了auxilin蛋白J结构域与Hsc70的ATPase功能域的解离过程,并探讨了Hsc70与auxilin蛋白之间的相互作用力。结果表明位于HPD loop上的His874,Asp876,Thr879,螺旋Ⅲ上的Glu884,Asn895,Asp896,Ser899,Glu902,Asn903为关键氨基酸,这些数据符合之前核磁共振实验证实的T抗原J结构域的HPD基序和螺旋Ⅲ与Hsc70的ATPase功能域之间的相互作用。
- 周雷徐利楠周小红薛友林李辉宋有涛
- 关键词：AUXILINJ-DOMAIN蛋白相互作用
- NaF、NaBr、NaI对酵母朊病毒[PSI^+]形成的影响
- 2014年
- 为研究NaF、NaBr、NaI对酵母朊病毒[PSI+]形成的影响,利用表达融合蛋白GFP-Sup35p酵母朊病毒模型,借助半变性琼脂糖凝胶电泳技术,结合免疫印迹方法在蛋白水平上定量分析NaF、NaBr、NaI对酵母朊病毒[PSI+]形成的影响。结果显示,在细胞表型方面NaF、NaBr诱导出酵母朊病毒[PSI+],且所需浓度分别为0.02、1.0 mol/L;NaI在浓度为0.25 mol/L可以诱导出[PSI+]经盐酸胍治愈后的酵母朊病毒[psi-]。在蛋白水平,NaF、NaBr、NaI盐作用后的[psi-]细胞内Sup35p并没有形成聚集体。
- 李辉张波窦爽宋有涛
- 关键词：聚集体
- 氯化镁促进溶菌酶淀粉样聚集的分子机制研究被引量：2
- 2012年
- 高浓度氯化镁能够在一定的条件下促进溶菌酶发生聚集,但其具体的作用机制尚不明确.采用分子生物学实验和分子动力学模拟相结合的方法研究了鸡溶菌酶在不同浓度的MgCl2溶液中的聚集特性和结构稳定性.分子生物学实验结果表明,200 mmol/L MgCl2能够显著促进鸡溶菌酶形成二聚体和三聚体,但效果没有NaCl显著.分子动力学模拟分析显示,200 mmol/L MgCl2能够引起螺旋3和螺旋4的显著偏移,同时能够减弱溶菌酶聚集关键区域(40-110位残基)内二硫键Cys76-Cys94的结合强度;另一方面,MgCl2也能减少疏水核心内部氢键的数量,促使疏水核心的稳定性显著降低,从而促进了溶菌酶分子间的相互作用.
- 宋有涛于东润徐利楠邹志远沈曼莉周小红何剑为
- 关键词：溶菌酶MGCL2寡聚体分子动力学模拟
- 氯化钠促进溶菌酶聚集机制的分子动力学研究被引量：4
- 2011年
- 氯化钠能够在一定的条件下促进溶菌酶发生聚集,但其具体的作用机制目前还尚不明确.采用分子动力学模拟的方法研究了鸡溶菌酶单体在含500mmol/L NaCl和不含NaCl两种体系中的结构变化.模拟的结果表明:NaCl能够使溶菌酶聚集关键区域(40～110位残基)内二硫键cys76-cys94的结合强度减弱,同时破坏了该区域内的氢键网络,从而导致了蛋白结构的不稳定性;另一方面,NaCl也促使疏水核心发生了一定的扩张,使疏水核心内氨基酸残基的结合变得更加松散,从而促进了溶菌酶分子间的相互作用.
- 关婧李辉邹志远何剑为宋有涛
- 关键词：溶菌酶氯化钠分子动力学模拟
- 羟基脲抑制盐酸胍对于酵母朊病毒[PSI^+]的治愈被引量：1
- 2012年
- 目的研究细胞分裂与盐酸胍作用下酵母朊病毒[PSI+]聚集体解聚的关系。方法本研究借助重组表达Sup35p-GFP的菌株,采用表型分析方法与半变性琼脂糖凝胶电泳(SDD-AGE)结合蛋白质免疫印迹技术,分析羟基脲抑制细胞分裂情况下对盐酸胍解聚酵母朊病毒聚集体的影响。结果羟基脲抑制细胞分裂的情况下,表型分析的数据显示盐酸胍不能治愈酵母朊病毒[PSI+],蛋白水平的实验数据证实了这一结果,并发现羟基脲的存在使得盐酸胍解聚酵母朊病毒聚集体的能力明显下降。结论暗示着盐酸胍治愈朊病毒[PSI+]是需要细胞进行分裂的。
- 王莉洁沈曼莉李辉宋有涛
- 关键词：盐酸胍羟基脲细胞分裂
- 远志等中药对脑淀粉样血管病相关蛋白胱抑素聚集的影响
- 2012年
- 目的研究多种中药对于脑淀粉样血管病相关蛋白胱抑素聚集的影响。方法通过在胱抑素酵母表达系统的诱导培养基中添加亚适量浓度中药成分的方式,应用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)技术结合蛋白质免疫印迹(Western blotting)技术,在胞外和胞内检测中药对鸡胱抑素蛋白聚集的影响。结果胞外的药物筛选实验表明远志对于胱抑素的聚集有明显的抑制作用,而且远志的浓度在500μg/mL以下时,药物剂量与抑制胱抑素聚集效果呈现较好的正相关性;胞内实验表明远志对细胞内胱抑素聚集没有影响。结论远志对于分泌至胞外的胱抑素聚集有明显的抑制作用。
- 何剑为马婧思于东润张朔邹志远宋有涛
- 关键词：脑淀粉样血管病远志胱抑素
- 淀粉样蛋白纯化方法的研究进展
- 2012年
- 淀粉样纤维是一种富含β折叠的高度有序的由淀粉样蛋白前体聚集而成的蛋白聚集体。由于淀粉样蛋白较普通蛋白具有不稳定、易于聚集的特性,此类蛋白的表达和纯化与常规方法有较明显的差别,主要体现在更为严格的技术和过程要求。基于近年来淀粉样蛋白分离纯化技术领域取得的进展,并结合作者的相关研究,总结淀粉样蛋白的分析和制样方法,为淀粉样蛋白沉积疾病的分子机理研究提供理论依据和技术支撑。
- 何剑为陈应广王禹宋有涛
- 关键词：淀粉样蛋白纯化
