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江苏省海洋资源开发研究院科技开放基金(JSIMR11B19)

作品数：8 被引量：14H指数：3
相关作者：孟学平申欣程汉良赵娜娜阎斌伦更多>>
相关机构：淮海工学院南京农业大学江苏省海洋资源开发研究院更多>>
发文基金：江苏省海洋资源开发研究院科技开放基金江苏省自然科学基金江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金更多>>
相关领域：生物学农业科学更多>>

文献类型

  • 8篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学
  • 3篇农业科学

主题

  • 4篇西施舌
  • 4篇基因
  • 3篇线粒体基因
  • 3篇线粒体基因组
  • 3篇基因组
  • 2篇盘鲍
  • 2篇皱纹盘鲍
  • 2篇九孔鲍
  • 2篇蛤蜊
  • 2篇RRNA
  • 1篇中国蛤蜊
  • 1篇双壳
  • 1篇双壳类
  • 1篇四角蛤蜊
  • 1篇头足纲
  • 1篇物种
  • 1篇系统发育
  • 1篇细菌
  • 1篇线粒体基因组...
  • 1篇壳类

机构

  • 8篇淮海工学院
  • 6篇南京农业大学
  • 1篇江苏省海洋资...

作者

  • 8篇申欣
  • 8篇孟学平
  • 6篇赵娜娜
  • 6篇程汉良
  • 4篇阎斌伦
  • 3篇田美
  • 3篇董志国
  • 2篇刘兆普
  • 2篇陈丽
  • 2篇郑立波
  • 1篇陈建安
  • 1篇王兴强
  • 1篇曾云
  • 1篇郝珏
  • 1篇于清
  • 1篇秦银银
  • 1篇杨玉钗
  • 1篇梁猛

传媒

  • 4篇水产科学
  • 2篇生态学报
  • 1篇海洋学报
  • 1篇广东海洋大学...

年份

  • 2篇2015
  • 1篇2014
  • 5篇2013
共 8 条 记 录，以下是 1-8
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排序方式：
基于ITS2和16S rRNA的西施舌群体遗传差异分析被引量：1
2013年
目前,我国西施舌群体分子遗传差异研究结果存在争议。分析我国南北沿海(9个群体)、与广西北海毗邻的越南(1个群体)西施舌核DNA的内转录间隔区2(ITS2)和线粒体DNA的16S rRNA基因(16S)片段核苷酸序列及其二级结构,为解决争议问题提供分子生物学资料。扩增获得西施舌ITS2片段和16S序列,其长度分别为389—402 bp和306 bp,加之下载序列共147条;序列分析显示,74个ITS2序列共有17种基因型,73个16S序列有15种单倍型,其中,长乐(CL)群体独享9种ITS2基因型和5种16S单倍型,非长乐群体(nCL)多数为群体间交叉共享1种或几种基因(单倍)型;基因(单倍)型核苷酸变异位点占5.7%(ITS2)和11.8%(16S);基于ITS2和16S的CL群体和nCL群体间的遗传距离与群体内遗传距离之比分别为2.42和11.08,nCL群体间的平均遗传距离均为0.007;二级结构显示CL群体ITS2的9种基因型和16S的5种单倍型均区别于nCL群体,nCL的ITS2和16S二级结构分别相似;ITS2和16S基因的系统发育分析显示,CL西施舌形成支持率很高(98,96)的单系支,而nCL群体则交叉聚为另一支(98,96)。研究结果揭示,福建西施舌是腔蛤蜊属(Coelomactra)的一个新种。
孟学平申欣赵娜娜田美曾云陈建安董志国程汉良阎斌伦
关键词：西施舌ITS1RRNA
皱纹盘鲍和九孔鲍遗传差异nad2-cox1分析及鲍属系统发育被引量：1
2015年
基于nad2-cox1核苷酸序列分析了皱纹盘鲍和九孔鲍3个养殖群体的遗传差异,基于cox1分析了鲍属19种鲍的系统发育关系。共获得625 bp的DNA片段,33个片段共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍2个群体26个个体15种单倍型,九孔鲍7个个体2种单倍型。皱纹盘鲍大连群体与厦门群体有6种交叉共享单倍型,皱纹盘鲍与九孔鲍之间无共享单倍型。皱纹盘鲍群体内个体间的遗传距离（D）为0.002~0.015,九孔鲍个体间D值为0.003,两种鲍间的遗传距离为0.300~0.320。鲍属系统发育分析显示,皱纹盘鲍与日本鲍、盘鲍聚为一支（D值为0.000~0.004）,而后与大鲍聚在一起（支持率为100﹪）（D值为0.018）,九孔鲍、细纹九孔鲍、杂色鲍聚为一支（D值为0）。九孔鲍与马蹄螺科的Diloma bicanaliculata聚为一支,白鲍、黑鲍、红鲍、北国鲍、堪察加鲍聚为一支（支持率87﹪）。
陈丽申欣孟学平王兴强杨玉钗
关键词：皱纹盘鲍九孔鲍
头足纲线粒体基因组结构分析被引量：3
2013年
用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306bp,基因组编码链的A+T含量为59.58%～78.12%,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致。
赵娜娜孟学平申欣程汉良阎斌伦郑立波朱笑琳刘兆普
关键词：头足纲线粒体基因组基因特征
基于nad5的西施舌漳州群体遗传分化水平分析——以蛤蜊属2个物种差异水平为参照被引量：1
2015年
扩增了西施舌日照、连云港、北海、漳州4个野生群体、四角蛤蜊和中国蛤蜊各1个群体共73个样本的NAD5基因片段,测序获得了480bp核苷酸序列,分析核苷酸的多态性,旨在评估福建漳州西施舌与日照、连云港、北海西施舌之间的分化水平。结果:从73个序列中共检测到44种单倍型(Hap),其中西施舌4个群体有29种Haps,四角蛤蜊和中国蛤蜊分别有10种和5种Haps,漳州群体与北海、日照、连云港群体单倍型有明显差异;将西施舌分为北海、日照、连云港组(GP1)和漳州组(GP2)2个组,分析核苷酸差异,GP1与GP2间的T、A、G含量差异极显著(P<0.01)。GP1与GP2间的遗传距离与组内(GP1、GP2)遗传距离之比为25.1—41.8,四角蛤蜊与中国蛤蜊之间的遗传距离与种内个体间遗传距离之比为24.4—36.7,GP1、GP2间的差异达到了四角蛤蜊和中国蛤蜊种间差异水平,而日照、北海群体间的遗传距离只有0.009,北海与日照群体地理位置虽远,但遗传差异则很小;AMOVA分析显示漳州西施舌发生了极显著遗传分化(FST=0.966—0.978,P<0.01)。
孟学平申欣屠海淼朱笑琳赵娜娜程汉良阎斌论
关键词：西施舌四角蛤蜊中国蛤蜊
两株西施舌内脏团细菌的分离及初步鉴定
2013年
自健康西施舌内脏团中分离得到两株细菌,命名为NZT-1、NZT-2,并进行形态学观察、生理生化试验和16SrRNA基因分析。电镜观察结果显示,两株菌均为短杆状,革兰氏阴性;生化反应显示,菌株NZT-1为梅氏弧菌的概率为89.07%,NZT-2为梅氏弧菌的概率为66.21%,两菌株均产纤维素酶、蛋白质酶、右旋糖酐酶,NZT-1产淀粉酶;16SrRNA基因分析结果显示菌株NZT-1、NZT-2与弧菌属的EHP1菌株的核苷酸序列相似度分别为96%、95%,初步鉴定两株菌属弧菌属。生物学特性研究表明两株菌生长的最适pH范围为5.0～10.0,最适生长温度28℃。
赵娜娜孟学平申欣程汉良于清刘兆普
关键词：西施舌细菌RRNA
漳州西施舌线粒体基因组全序列:腔蛤蜊属(Coelomactra)存在新种的证据被引量：5
2013年
利用长PCR扩增漳州西施舌线粒体DNA(ZZ-mtDNA),用引物步移法测序,获得线粒体基因组DNA全序列,研究其基因组特点。结合双壳类49个物种线粒体全基因组,分析基因间核苷酸和蛋白质氨基酸序列的差异,构建系统进化树,探讨漳州西施舌系统演化地位。研究结果表明:漳州西施舌线粒体基因组DNA全长17 199bp,A+T含量为64.2%,编码36个基因,其中12个蛋白质编码基因,22个转运RNA基因(tRNAs),2个核糖体RNA基因(lrRNA和srRNA),全部基因均位于重链上,tRNASer为单拷贝,tRNAMet为双拷贝;非编码区占10.9%(1 882bp/17 199bp),其中,主非编码区为882bp,与RZ-mtDNA主非编码区差异明显,另有一个较大(400bp)的非编码区为漳州西施舌特异性非编码区;以双壳纲帘蛤目文蛤属3种贝类、贻贝目贻贝属4种贝类、珍珠贝目牡蛎科的6种贝类为参照,对编码基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列进行差异分析显示,漳州西施舌与日照西施舌达到了种间差异水平。线粒体基因组编码的基因、tRNA组成、非编码区均揭示漳州西施舌是腔蛤蜊属的一个新种。
孟学平申欣赵娜娜田美梁猛郝珏程汉良阎斌伦董志国
关键词：西施舌线粒体基因组
皱纹盘鲍4个群体与九孔鲍16S rRN A基因遗传差异分析被引量：1
2014年
采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍（4个群体）和九孔鲍（1个群体）共5个群体（53个样本）16S rRNA基因片段（16S），测序获得了1000 bp核苷酸序列，其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析，旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型，其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型，九孔鲍1个群体（9个样本）有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示，变异位点占比对位点的20．5％，基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0．002～0．011，平均为0．005；九孔鲍群体内的平均遗传距离为0．004，两种鲍间的平均遗传距离为0．218；两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0．982，皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0．0051～0．0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系，显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支，九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支，4个种类未聚成单系支。
陈丽申欣向治楚秦银银林权享孟学平
关键词：皱纹盘鲍九孔鲍RRNA基因
双壳类线粒体基因组结构分析被引量：5
2013年
自GenBank检索到双壳类线粒体基因组，对其进行基因结构比较分析，以揭示线粒体基因组的演化规律，为线粒体基因组在物种演化和鉴定上的应用研究提供资料。结果共获得45个物种线粒体基因组序列，分布于双壳类5个目中。多数种类线粒体基因组大小为15～32 kb。平均 A＋ T ＝62．9％。多数种类基因分布在重链上，而蚌目的基因分布在2条链上；少数种类（蚌目13个、帘蛤目的2个、贻贝目的1个、海螂目的1个，巨蛎属的贝类）的线粒体基因组含有13种蛋白质基因，其余种类为12种，缺少atp8；文蛤属4个种类、巨蛎属中4个种类、蚌目的11个种类、贻贝属中的紫贻贝和地中海贻贝的PCGs、rRNA基因排序在同属内或科内相同；珍珠贝目牡蛎科的10个种类线粒体基因组可分为7种类型；扇贝科海湾扇贝2个线粒体基因组基因结构相似外，其余种类无共享基因块；贻贝科的紫贻贝和海湾贻贝基因结构极相似。绿贻贝的结构独特，co x 2为双拷贝；海螂目的北方钻岩蛤基因结构与其它目的相似性极低。多数双壳类线粒体基因组非编码区占7．64％～40．26％，主非编码区大小为374～4341 nt。基于12种PCGs核苷酸/氨基酸的属内种间最小分歧度分别为0．2～1．0/0～1．0（文蛤属）、0．4～2．0/0～3．2（贻贝属）和1．9～13．9/0～6．4（巨蛎属）。
孟学平申欣赵娜娜田美郑立波程汉良阎斌伦董志国
关键词：双壳类线粒体基因组基因组结构
全选 清除 导出
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