国家自然科学基金(81273140)
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 相关作者：张明霞张国良陈心春魏晶张晨晨更多>>
- 相关机构：深圳市第三人民医院华南理工大学深圳市人民医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金深圳市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异被引量：4
- 2013年
- 目的:应用Illumina高通量测序技术研究肺结核患者和健康人群PBMC基因表达谱差异,以寻找与肺结核发病相关的基因。方法:分离肺结核患者和健康人群PBMC,提取总RNA,并制备cDNA文库,通过接头序列固定在Flow cell上进行桥式PCR扩增,再用Illumina测序仪进行深度测序,结合生物信息方法分析两类人群基因表达谱的差异情况。结果:测序产生的原始数据经过滤、比对、注释后得到肺结核样本36 390类标签12 270个基因,正常对照样本35 009类标签12 244个基因。按照FDR≤0.001,|log2 Ratio|≥1筛选标准,筛选出3 097个差异基因,其中上调基因1 601个,下调基因1 469个。增大筛选标准至4倍,并对表达量进行控制,筛选出33个差异极显著基因,其中上调基因16个,下调基因17个。结论:差异基因大部分位于细胞内,起着连接功能(蛋白质连接),具有酶催化活性,在代谢中起着重要作用,并主要位于MAPK信号通路和趋化因子信号通路中。这些差异基因可以为今后肺结核领域筛选诊断标识和药物作用靶点做参考。
- 魏晶张晨晨张国良张明霞陈心春孟志忠
- 关键词：肺结核PBMC高通量测序表达谱
- 深圳市汉族人群转化生长因子β1基因位点多态性与结核病的相关性研究被引量：1
- 2013年
- 目的检测深圳市汉族人群TGFβ1基因rs4803455位点单核苷酸多态性(SNP)的基因类型,探讨其基因多态性与不同临床表现的结核病之间的关系。方法采用基于TaqMan探针技术的实时荧光PCR法,检测373例结核病患者(结核组)和350名健康人(对照组)TGFβ1基因rs4803455位点的等位基因型并分层分析,然后观察结核组中有病理学或者细菌学证据的肺结核患者(肺结核组)和结核性胸膜炎患者(结核性胸膜炎组)等位基因频率差异。结果rs4803455位点等位基因C/A频率在结核组373例A为31.8%(237/746),C为68.2%(509/746);对照组350名A为40.6%(284/700),C为59.4%(416/700);两组间差异有统计学意义(χ2=12.139,OR=1.466,95%CI=1.182～1.819,P=0.000)。年龄≤25岁的结核组121例A为33.5%(81/242),C为66.5%(161/242);对照组111名A为41.0%(91/222),C为59.0%(131/222);两组间差异无统计学意义(χ2=2.807,OR=1.381,95%CI=0.946～2.015,P=0.094)。年龄>25岁的结核组252例,A为31.0%(156/504),C为69.0%(348/504);对照组239名,A为40.4%(193/478),C为59.6%(285/478);两组间差异有统计学意义(χ2=9.511,OR=1.511,95%CI=1.162～1.965,P=0.002)。有病理学或者细菌学证据的肺结核组111例,A为32.4%(72/222),C为67.6%(150/222);结核性胸膜炎组57例,A为21.1%(24/114),C为78.9%(90/114);对照组350名A为40.6%(284/700),C为59.4%(416/700);前两组分别与对照组比较,差异均有统计学意义(χ2值分别为4.710、15.879,OR值分别为1.422、2.560,95%CI分别为1.034～1.957、1.592～4.116,P值均<0.05)。等位基因C在肺结核组中的频率[78.9%(90/114)]比在结核性胸膜炎组中的频率[67.6%(150/222)]高。结论TGFβ1基因rs4803455位点的基因多态性和结核病特别是结核性胸膜炎有关,等位基因C可作为预测结核病特别是结核性胸膜炎的危险因素,其中在年龄>25岁的患者中预测作用更大。
- 宋英健王正张国良李巍张明霞陈心春杨林
- 关键词：胸膜遗传学转化生长因子Β1单核苷酸聚合酶链反应
