中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)
- 作品数：7 被引量：21H指数：2
- 相关作者：郑浩然王煦法陈双平马猛童庆更多>>
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- 离散稳恒信号的多重分形谱的计算及其应用被引量：2
- 2007年
- 对于未知信号而言,一般将其视为稳恒信源的输出。因而,利用统计的方法计算信源输出信号的多重分形谱,与理论上计算的结果加以比较,据此就可以判断信源模型参数估计的合理性。该文给出了计算信号多重分形谱的一般方法,并且探讨了计算过程中的相关问题。并将该方法应用于染色体中碱基序列的分析中,实验结果表明,在某种程度上,碱基序列可视为某个离散稳恒信源的输出。。
- 陈双平郑浩然刘金霞童庆王煦法
- 关键词：多重分形谱统计分析
- 生物序列的描述复杂性分析
- 将生物的进化过程视为一种通用计算过程,这样DNA序列可视为该计算过程的输出,从而建立了计算和进化之间的联系。在计算理论中,描述复杂性是度量序列复杂程度的一种客观属性。对酵母DNA序列的描述复杂性的计算表明,描述复杂性能反...
- 陈双平郑浩然王习书王煦法
- 关键词：DNA序列
- 文献传递
- 生物序列的描述复杂性分析
- 将生物的进化过程视为一种通用计算过程,这样DNA序列可视为该计算过程的输出,从而建立了计算和进化之间的联系。在计算理论中,描述复杂性是度量序列复杂程度的一种客观属性。对酵母DNA序列的描述复杂性的计算表明,描述复杂性能反...
- 陈双平郑浩然王习书王煦法
- 关键词：DNA序列
- 染色体碱基序列的联合多重分形分析被引量：8
- 2008年
- 多重分形谱可以用于分析一条染色体碱基序列的概率分布情况,联合多重分形谱可以区分两条染色体碱基序列的概率分布之间的差异。该文将联合多重分形谱应用于实际染色体中碱基序列和随机产生碱基序列的比较分析中。实验结果表明:同一物种的不同染色体上的碱基序列可视为来自同一信源的输出;而不同物种的染色体碱基序列是由不同信源产生;且染色体碱基序列不同于随机产生的碱基序列。该方法还可以应用于其他信号的分析和模型评估中。
- 陈双平韩凯马猛王煦法
- 关键词：DNA序列
- 一种基于多agent系统的生化系统分布式随机仿真算法被引量：1
- 2007年
- 系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段。Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高。基于并行思想提出一种基于多agent系统实现的分布式随机仿真算法(DSSA),利用分布式计算来提高SSA算法的计算性能,为建模与仿真大规模生化反应系统提供了一种有效的方式。实验显示DSSA算法在时间性能上带来显著的提升。
- 钮俊清郑浩然陈久生马猛王煦法
- 关键词：系统生物学
- 一种可视化代谢网络建模工具被引量：1
- 2009年
- 针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好解决现有建模软件面临的问题。
- 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏
- 关键词：代谢网络可视化建模
- 一个基于同位素标记实验的代谢通量估计高效率算法被引量：2
- 2007年
- 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析(13CMFA)是代谢工程中的重要方法,它可以对微生物中心代谢网络中的所有代谢通量进行精确量化分析。13CMFA通过逐步拟合同位素标记状态测量数据对胞内的代谢通量进行估计,这对应于一个测量结果和计算结果之间误差平方和极小化的优化问题,该优化问题具有非线性、带有众多约束条件和存在多个局部极小点等特点,如何高效地求解是13CMFA中的难点,也是实现通量精确估计的关键。论文在对目标问题解空间的特性分析基础上,将空间知识引入到搜索过程中,针对通量估计问题提出了一个进化优化算法。实验结果和分析表明,该算法较普通进化算法具有更快的收敛速度和更好的全局寻优能力。
- 陈久生郑浩然娄慧
- 关键词：代谢通量分析进化优化凸集大肠杆菌
- 二态隐马尔可夫过程熵率的逼近算法被引量：1
- 2006年
- 基于熵率上下界收敛性,该文提出了一个算法以计算二态隐马尔可夫过程的熵率.该算法能以任意精度逼近熵率的理论值,且可计算最大偏差.算法的复杂度的对数和误差的对数为线性关系,因此其计算代价是可以接受的.该算法为计算一般隐马尔可夫模型的熵率提供了一种新途径.
- 陈双平郑浩然童庆王煦法
- 蛋白质序列中的关联规则发现及其应用被引量：6
- 2006年
- 随着蛋白质序列-结构分析中使用的机器学习算法越来越复杂,其结果的解释和发现过程也随之复杂化,因此有必要寻找简单且理论上可靠的方法。通过引入原理简单、理论可靠、结果具有很强实际意义的关联规则发现算法,找到了蛋白质序列中数以万计的模式。结合实例演示了如何将这些模式应用于蛋白质序列分析中,如保守区域发现、二级结构预测等。同时根据这些结果构建了一个二级结构规则库和一种简单的二级结构预测算法,实验结果表明,约81%的二级结构可以由至少一条关联规则预测得到。
- 陈双平郑浩然刘海燕王煦法
- 关键词：蛋白质序列关联规则二级结构预测
