应用改良CTAB法提取了无患子基因组DNA,该方法具有操作过程简单、耗时少、能有效降低无患子基因组DNA提取过程中酚类化合物、多糖等杂质的污染。正交试验研究了dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶这3个因素对ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适合于无患子ISSR-PCR的反应体系。优化的反应总体系20μl含1×PCR Buffer,0.4 mmol.L-1dNTP,0.8μmol.L-1引物,0.75 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。使用此ISSR扩增反应体系,获得了部分不同种质无患子DNA的清晰条带,验证了该体系的稳定性。优化的反应体系为后续无患子遗传多样性的研究奠定了基础。