内蒙古自治区自然科学基金(200308020405)
- 作品数：8 被引量：13H指数：2
- 相关作者：关平原乌日罕马立峰特木尔巴根于富丽更多>>
- 相关机构：内蒙古农业大学内蒙古自治区动物疫病预防与控制中心中华人民共和国农业部更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 禽呼肠孤病毒C-98分离株M1基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2008年
- 参考GenBank发表的禽呼肠孤病毒M1基因序列设计2对引物(M1-1、M1-2)。应用RT-PCR扩增禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的M1基因序列。将纯化的目的基因片断与PMD19-T载体连接并转化DH5α感受态细胞,将经鉴定为阳性的重组菌送生物工程公司测序。结果表明,ARVC-98株M1基因片段长2283bp,具有完整的开放性阅读框架,编码732个氨基酸残基的μ1蛋白。ARVC-98分离株M1基因与ARV参考毒株M1的核苷酸同源性为89.1%～99.7%,与哺乳动物M1基因序列同源性较低,约为28%。
- 祁海波关平原乌日罕钟罡特木尔巴根马立峰于富丽李瑞纲
- 关键词：禽呼肠孤病毒克隆
- 禽呼肠孤病毒C-98分离株L1基因的克隆与序列分析被引量：4
- 2008年
- 参考禽呼肠孤病毒s1133株（GenBank）L1基因序列设计3对特异性引物，采用RT—PCR方法对禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的L1基因进行了克隆和序列测定。结果表明：获得的C-98L1基因全长3959bp，其中包括21bp的5’非编码区和56bp的3’非编码区，阅读框位于5’端第22位核苷酸与3’端第3903位核苷酸之间。将C一98株与国内外禽呼肠孤病毒群和哺乳动物呼肠孤病毒群的不同分离株进行序列比较，结果显示：C-98与台湾地区分离株919和美国分离株1733、2408、S1133亲缘关系最近，其核苷酸同源性分别为99．8％、99．7％、99．7％、99．4％；与哺乳动物呼肠孤病毒L3基因核苷酸及其编码的氨基酸同源性较低，为43％～45％。
- 郝瑞峰关平原乌日罕特木尔巴根马立峰于富丽李瑞纲
- 关键词：禽呼肠孤病毒L1基因分子克隆
- 禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S2基因的克隆及序列分析
- 2013年
- 参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S2基因设计引物,对禽呼肠孤病毒内蒙古地区分离株C-98和禽呼肠孤病毒天津地区分离株T-98进行总RNA的提取,以其为模板,应用RT-PCR方法扩增病毒S2基因的cDNA片段,将纯化的cDNA片段克隆到pEASY-T1载体后进行序列测定。结果表明,获得的ARV C-98和ARV T-98的S2基因全长为1324bp,包括15bp的5′非编码区和58bp的3′非编码区,阅读框位于5′端第16位核苷酸和第1266位核苷酸之间。ARV C-98和ARV T-98分离株S2基因的核苷酸同源性很高,达到了99.8%,将C-98、T-98株的S2基因核苷酸序列和参考毒株的S2基因序列进行同源性分析,结果表明,ARV C-98和ARV T-98分离株的S2基因与参考毒株ARV 176、ARV 918、ARV 919、ARV 1733、ARV GX2010、ARV S1133和DRV YJLS2基因的核苷酸同源性最高,在99.2%～99.8%之间;与参考毒株ARV 138和ARV AVS-BS2基因的核苷酸同源性在92.1%～94.1%之间;与参考毒株ARV601SI、ARV 916和ARV 1017-1S2基因的核苷酸同源性在87.3%～87.8%之间;与参考毒株DRV 091、DRV S12和DRV S14 S2基因的核苷酸同源性在77.3%～78.2%之间;与参考毒株MRV 3、MRV 3-jin-1和MRV 3-T3D S2基因的核苷酸同源性最低,在2.4%～5.5%之间。遗传进化树分析显示:ARV C-98和ARV T-98分离株与参考毒株共分为4个遗传进化分支。
- 何建文党娟关平原李平安高魁
- 关键词：禽呼肠孤病毒S2基因RT-PCR克隆
- 禽呼肠孤病毒C-98分离株S3基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2007年
- 参考GenBank中禽呼肠孤病毒S3基因序列设计一对引物,以禽呼肠孤病毒内蒙古分离株(C-98)基因组RNA为模板,应用RT-PCR方法获得病毒的S3基因,并克隆到pMD19-T载体后测序。应用计算机软件将所测定序列与参考毒株ARV 176、ARV S1133、ARV 138的S3基因序列进行比较,核苷酸同源性分别为99.8%,99.6%,87.7%,推导其氨基酸同源性分别为99.5%,98.9%,94.8%。应用PHD程序和DNAStar软件,对S3基因所编码的σB蛋白结构进行预测,结果表明,σB蛋白为结构紧密的球状蛋白分子。
- 李建云关平原王宇乌日罕苏丽娅马立峰特木尔巴根于富丽菊花
- 关键词：禽呼肠孤病毒克隆蛋白结构预测
- 禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S4基因的克隆与序列分析
- 2012年
- 参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S4基因序列设计两对引物,分别提取禽呼肠孤病毒T-98和C-98分离株病毒总RNA,应用RT-PCR技术扩增病毒的S4基因,将纯化的目的 DNA与pEASY-T1载体连接、转化后测序。应用计算机软件将所测定序列与参考毒株序列进行比较,结果显示,S4基因核苷酸序列长为1 192bp,均含1个完整的开放性阅读框(24～1 127)。ARV T-98和ARV C-98分离株S4基因的核苷酸同源性很高,为99.9%;与参考毒株ARV 1733、ARV S1133、ARV 750505、ARV 601SI、ARV 919、ARV T6、ARV OS161和DRV YJL S4基因的核苷酸同源性均较高,在99.4%～99.9%之间;与ARV 601G、ARV 1017-1、ARV 916、ARV 918和DRV S14S4基因的核苷酸同源性在80.1%～83.6%之间;与NBV、BRV和MRV 3的S4基因核苷酸同源性在2.4%～53.1%之间。进化树分析显示:11株禽呼肠孤病毒分离株和ARV T-98、C-98分离株的S4基因可分成3个不同的系谱。
- 党娟霍金山何建文关平原
- 关键词：禽呼肠孤病毒克隆
- 鸡病毒性关节炎病毒B-98株S1基因的克隆与序列分析被引量：1
- 2007年
- 本试验对鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)包头地区分离株(B-98株)进行总RNA的提取。参考GenBank中ARV-S1133株S1基因组序列设计两对引物,应用RT-PCR技术特异性地扩增病毒的S1基因的cDNA片段,将S1基因cDNA克隆到pGEM-TEasy载体后进行测序。ARV S1基因包含3个开放阅读框(ORF1,ORF2和ORF3),分别编码P10、P17和SigmaC蛋白。应用计算机软件把所测得的序列与参考毒株ARV-176,ARV-138,ARV-S1133,Muscovy duck reovirus strain YJL(MDRV-YJL)的S1基因3个阅读框的核苷酸序列进行比较分析。结果表明:AVAV B-98株与ARV-176株P10、P17和SigmaC蛋白的核苷酸序列的同源性最高,与ARV-S1133株、MDRV-YJL株的同源性次之,与ARV-138株的同源性最低。
- 张晓凤常继涛关平原李海念乌日罕马立峰菊花
- 关键词：鸡病毒性关节炎病毒S1基因克隆
- 鸡病毒性关节炎病毒C-98分离株S1基因的克隆与序列分析被引量：5
- 2006年
- 提取鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)内蒙古分离株(C-98株)总RNA,参考GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)S1133株S1基因序列设计了2对引物,应用RT-PCR技术扩增了病毒S1基因,将S1基因cDNA克隆到pGEM-T Easy载体后测序。将测定序列拼接后与参考毒株ARV-176、ARV-138、ARV-S1133、MDRV-YJL的S1基因序列进行了比较。结果显示,AVAV C-98分离株的S1基因与强毒株ARV-176株的同源性最高,达99.9%;与MDRV-YJL的同源性为99.3%,与弱毒疫苗株ARV-S1133的同源性也达97.9%;与ARV-138株的同源性最低,为81.2%。表明,AVAV C-98株与参考毒株的差异较小,与疫苗株ARV-S1133有很高的同源性。
- 常继涛关平原乌日罕马立峰于富丽特木尔巴根
- 关键词：鸡病毒性关节炎病毒S1基因
- IBRV内蒙古分离株gD基因的分子克隆与序列分析被引量：1
- 2011年
- 根据已发表的牛传染性鼻气管炎病毒(GenBank NC_001847)gD基因序列设计1对特异性引物,采用PCR方法扩增出内蒙古分离株gD基因的cDNA,重组到PMD19-T载体中,并进行克隆及序列测定。经限制性内切酶谱分析和序列分析,证明所克隆的cDNA为gD基因。该基因片段长1 559bp,包含1个由1 251bp组成的完整开放阅读框(ORF),共编码417个氨基酸。序列比较和系统进化树分析结果显示:内蒙古分离株gD基因与GenBank上已发表的其它分离株相比,核苷酸同源性在99.1%～99.9%之间,其推导的氨基酸同源性在90..6%～99.8%之间,在系统进化树中内蒙分离株与AJ004801株亲缘关系较近,属于同1个分支。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,有3个潜在糖基化位点,可能存在2个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。
- 胡文兵关平原李平安乌日罕
- 关键词：牛传染性鼻气管炎病毒GD基因分子克隆生物信息学
