化学生物传感与计量学国家重点实验室开放基金(2005012)
- 作品数：6 被引量：18H指数：3
- 相关作者：李志良梅虎杨善彬李根容周原更多>>
- 相关机构：重庆大学第三军医大学宜宾学院更多>>
- 发文基金：化学生物传感与计量学国家重点实验室开放基金重庆市应用基础研究项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 将潜因多元建模技术与遗传虚拟筛选模式相结合：改善定量构效关系被引量：1
- 2008年
- 提出了改进的定量构效关系(mmQSAR)研究方法,即认为在知晓配基与受体相互作用模式前提下建立一种较可靠的定量构效关系模型,从而克服了传统做法中仅根据样本集分子自身信息来构建预测模型的某些弊端.将此思路应用于功能肽/蛋白质亲和活性考察,采用遗传算法(GA)筛选虚拟受体结合靶点及相互作用模式,结合偏最小二乘(PLS)潜因多元建模技术,通过交互检验均方根误差(RMSCV)作适应度评价函数筛选变化位点和受体残基,完成种群进化以最优个体为最终确定模型,得到一种新颖QSAR方法(mmQSAR):基于功能肽/蛋白质作用模式的遗传虚拟筛选(暂称GVSPPC).该法成功解决了诸多QSAR研究难题,即大多数情况下受体结构未知而难以了解的配基与之结合方式.分别使用生物功能寡肽和多肽体系对GVSPPC加以检验,其结果表明,GVSPPC得到了优于传统方法QSAR结果(R2cu>0.75～0.91,Q2cv>0.71～0.86,ERMS为0.19～0.95)且深入阐明配基与受体间作用机理,物理意义较为明确;同时计算选中模式作用能并与样本活性建立PLS模型,以其交互检验均方根误差(ERMScv)作评价函数完成种群进化.通过大规模迭代直到规定的终止条件或到达最大繁殖代数,以该过程最优个体作为最终确定QSAR模型.
- 李志良田菲菲吴世容杨善彬杨胜喜张巧霞周原覃仁辉梅虎陈刚李根容
- 关键词：定量构效关系偏最小二乘遗传算法评价函数
- 虚拟原子探针随机采样法用于氨基酸结构描述及其构效关系研究被引量：4
- 2007年
- 考虑药物与蛋白质受体的3类非键作用模式,利用8类虚拟原子探针和MonteCarlo随机采样技术,得到了一套新的氨基酸侧链表面静电、立体及疏水势能场(ASSPF)参数.在此基础上对苦味二肽和血管舒缓激五肽进行了结构表征和QSAR研究,所建模型复相关系数R2和留一法交互检验复相关系数Q2LOOCV分别为0·8457,0·851和0·7688,0·7952,同时分析了肽链不同位置上氨基酸侧链对活性的影响,取得较好的结果.
- 周原梅虎杨力周鹏杨善彬李志良
- 关键词：定量构效关系
- 柱前衍生高效液相色谱法分离分析1-氮杂双环[2,2,2]辛-3-基胺对映异构体被引量：3
- 2006年
- 1-氮杂双环[2,2,2]辛-3-基胺是制备5-羟色胺拮抗剂药物盐酸帕洛诺司琼等的重要中间体,手性帕洛诺司琼可以通过中间体的手性分离来制备。用柱前衍生化-反相高效液相色谱法对1-氮杂双环[2,2,2]辛-3-基胺对映体进行分离并建立了检测方法。结果表明,用2,3,4,6-四-O-乙酰基-β-D-葡萄糖异硫氰酸酯(GITC)为柱前手性衍生化试剂,C18柱(300mm×4.6mm,5μm)为色谱柱,可将1-氮杂双环[2,2,2]辛-3-基胺对映体分离,其它色谱条件:流动相组成为[甲醇-乙腈-0.01mol/L四丁基溴化铵(20∶10∶75,V/V)]-(三乙胺)0·1%-(冰醋酸)0.15%,流速0.7mL/min,检测波长为266nm。在选择的测定条件下,衍生后的两非对映异构体分离度达4以上。
- 邓婕李志良肖玉梅陈小勇刘学国邓祥林刘启平周素容
- 关键词：手性分离手性拆分高效液相色谱
- 嘌呤类化合物^(13)C与^(15)N NMR化学位移的定量构谱相关研究被引量：1
- 2007年
- 利用原子电性作用矢量(AEIV)和原子杂化状态指数(AHSI)对嘌呤类化合物中的N原子与C原子进行结构表征并与其核磁共振碳谱(13C NMR与15N NMR)建立了优良的定量构谱相关(QSSR)模型,并用留一法(Leave-One-Out,LOO)交互校验(Cross-Validation,CV),对构建的模型进行了预测。其中12个嘌呤类化合物的60个C原子建模的计算值、留一法交互校验预测值的复相关系数(R)分别为0.961,0.970;12个嘌呤类化合物48个N原子建模的计算值、留一法交互校验预测值的R分别为0.987,0.989。说明AEIV与AHSI描述子具有普适性,对不同的原子均能进行有效的相关预测。
- 王娇娜梅虎杨力龙海周原李根容李志良
- 关键词：嘌呤原子电性作用矢量核磁共振波谱定量构谱关系
- 一种新型氨基酸拓扑结构信息矢量及在肽定量构效关系研究中的应用被引量：7
- 2008年
- 从表征分子的66个结构参量和拓扑指数出发,经主成分分析(PCA)得到一种包含134个氨基酸体系的特征描述子:氨基酸拓扑与结构信息矢量(VTSA).将其应用于58个血管紧张素转化酶抑制剂(ACEI)和88个弹性蛋白酶模拟底物催化动力体系(ESCK)的定量构效关系(QSAR)或定量序效模拟(QSAM)研究中,结合遗传偏最小二乘(GPLS)、支持向量机回归(SVMR)以及本文设计的免疫神经网络(INN)技术,成功建立了上述两个肽类似物样本集定量预测模型,并取得优于已有文献报道的结果:ACEI,Rcu2≥0.82,Rcu2≥0.77,Ermse≤0.44(GPLS+SVM);ESCK,Rcu2≥0.84,Rcu2≥0.82,Ermse≤0.20(GPLS+INN).
- 李志良李根容舒茂孙家英杨善彬梅虎张梦军周萍吴世容陈国华吕凤林吕廷亭
- 氨基酸描述子VHSEH用于多肽定量序效建模研究被引量：8
- 2008年
- 从20种天然氨基酸的171个物化性质出发,按照疏水、立体和电性特征及氢键贡献将其分类后,分别进行主成分分析,得到一个新描述子VHSEH(Principal component score vector of hydrophobic,steric,electronic properties and,hydrogen bonds contributions).对后叶催产素的结构进行了表征,并以偏最小二乘法及D-优化划分样本建立了PLS定量序效关系模型,得到复相关系数R2分别为0.958和0.957,Q2分别为0.903和0.845,约高于VHSE描述子模型值;对抗菌肽进行了结构表征,建立了PLS和OSC-PLS模型,其R2分别为0.84和0.995,Q2分别为0.546和0.926,较SZOTT描述子结果好;对58个血管紧张素转化酶抑制剂进行QSAM研究,得到R2,Q2及RMS分别为0.877,0.838和0.361.研究结果表明,VHSEH描述子信息量大,物化意义明确,结果更易解释.
- 杨善彬夏之宁舒茂梅虎吕凤林张梅吴玉乾李志良
- 关键词：偏最小二乘法
