基于SSR核心引物，采用荧光毛细管电泳检测系统与多重PCR技术相结合，构建我国棉花DUS（Dis-tincmess，Uniformity and Stability）测试标准品种的DNA指纹数据库并进行遗传多样性分析。依据多重PCR组合的基本原则与五色荧光检测系统的特点，采用40对核心引物构建了10个4重PCR组合．利用DNA遗传分析仪进行指纹检测与数据采集。40对荧光引物在30份DUS测试标准品种中共扩增产生146个等位变异．每对引物的等位变异数为2～7个不等，平均每对引物产生3．65个等位变异。海7124与陆地棉品种明显划分为2类，来源于新疆的新陆早1号区别于其他陆地棉品种，单独聚为1类。多色荧光检测系统相比常规聚丙烯酰胺凝胶电泳具有高精度、高通量、自动化程度高的优点，尤其适用于大规模指纹数据库的构建．提出了通过构建已知品种DNA指纹数据库，将分子标记技术应用于棉花DUS测试的初步设想。
