国家高技术研究发展计划(2006AA01A119) 作品数:5 被引量:9 H指数:2 相关作者: 金钟 刘继凤 迟学斌 孙衍华 陆忠华 更多>> 相关机构: 中国科学院 四川大学 重庆邮电大学 更多>> 发文基金: 国家高技术研究发展计划 国家自然科学基金 中国科学院知识创新工程 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 石油与天然气工程 理学 更多>>
GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统 2007年 基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交高性能计算作业高效利用网格中的各种硬件、软件资源,浏览器端GridMol提供图形化的计算化学前、后处理功能,如蛋白质可视化和分子建模处理。GridMol基于Java和Java3DAPI设计实现,系统具有跨平台和网络运行等优点,目前GridMol已集成在中国国家网格(CNGrid)平台上。 孙衍华 刘继凤 汪文英 金钟 陆忠华 迟学斌关键词:网格计算 蛋白质二级结构 JAVA API GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统 基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交... 孙衍华 刘继凤 汪文英 金钟 陆忠华 迟学斌关键词:网格计算 蛋白质二级结构 GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化 被引量:3 2009年 基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol,其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题,给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法,通过GridMol和其他分子可视化软件的性能比较以及自身优化前后的性能比较,证明优化方法取得了良好的效果。 欧阳刘彬 孙衍华 刘继凤 金钟 陆忠华 迟学斌关键词:性能分析 整体式担载型Pt基催化剂上航空煤油的裂解:助剂SrO和BaO的影响 被引量:5 2013年 考察了整体式担载型Pt基催化剂上国产3号航空煤油(RP-3)的常压裂解反应,着重探讨了添加BaO和SrO助剂对裂解效果的影响,以及裂解时间对积炭量的影响.采用全自动吸附仪、程序升温还原、X射线光电子能谱以及X射线衍射和扫描电镜等方法对催化剂进行了表征.结果表明,在整体式担载型Pt基催化剂上RP-3裂解的总产气量比热裂解提高了39.7%;BaO或SrO助剂的添加又使其总产气量又分别提高了25.6%和37.0%;同时添加BaO和SrO的催化剂,其催化裂解总产气量则提高了96.5%.BaO和SrO助剂均可有效地抑制积炭的生成,而两者间的协同作用,进一步抑制了RP-3催化裂解过程中积炭的生成. 焦毅 王佳 秦莉晓 王健礼 朱权 李象远 龚茂初 陈耀强关键词:积炭 碱土金属氧化物 整体式催化剂 GridMol:基于网格的分子可视化建模软件 随着计算化学方法和计算机软硬件的快速发展,越来越多的计算化学软件被开发出来,如何有效整合各种高性能计算化学软件,实现计算输入文件产生、计算任务执行、计算结果输出和分析的一站式服务体系,日渐成为计算化学应用软件研究的热点问... 孙衍华 刘继凤 迟学斌关键词:网格计算 蛋白质二级结构 文献传递 多参考态二级微扰方法的改进 2010年 本文提出一个新的扩大模型空间的方案用于改进多参考态二级微扰理论(MRPT2)计算.新方案保持了原方案中扩大模型空间之前的简单程序结构,理论上完全可以避免势能面计算中入侵态的出现,并在一系列比较计算中得到证实.新MRPT2程序是研究分子激发态和电子光谱的有用工具. 李安阳 韩慧仙 索兵兵 王育彬 文振翼关键词:微扰理论 基于深腾7000的NAMD千核性能分析 被引量:1 2010年 NAMD是美国伊利诺伊大学厄本纳-香槟分校(University of Illinois at Urbana-Champaign,UIUC)开发的著名大规模分子动力学并行计算软件包,NAMD是当前用来在分子水平上进行生命过程模拟研究的主要软件之一。我们在中国科学院计算机网络信息中心的"深腾7000"百万亿次超级计算机上进行了移植和优化,并对STMV典型的烟草花叶卫星病毒进行了2048处理器核的模拟计算,计算测试表明取得了较好的加速效果。 刘倩 金钟 何平 刘继凤 张宝花关键词:性能分析